单细胞原位空转数据哪家强？MERFISH数据来亮相！

MERSCOPE™平台的商业化是推动空间转录组学领域向前发展的一大助力，Vizgen为在这个新的研究领域中处于领先地位而感到自豪。科学研究需要更多的合作和分享，因此，本篇内容主要分享Vizgen发布的三个MERFISH公开数据集。

一、Vizgen MERFISH Mouse Brain Receptor Map开放数据集

G蛋白偶联受体（GPCR）基因介导信号传导，可能在脑老化和神经退行性疾病中发挥重要作用，但表达水平低，难以用其他技术捕获。因此本研究基于MERSCOPE平台检测GPCR相关基因，绘制小鼠脑受体基因图谱。其检测低表达基因的能力，以及在细胞背景下整个大脑的完整空间表达谱，可以帮助科学家更深入地了解脑组织结构和功能。

该小鼠脑受体基因MERFISH数据集，采用3只小鼠脑组织三个不同部位的9张组织切片，483个脑受体基因panel，共检测到73万多个细胞，5亿多个转录本。

图1. MERFISH检测了9个完整的小鼠脑冠状切片。每个切片绘制了483个基因中8个基因的表达模式，这些基因分别来自小鼠大脑3个位置的3个生物重复。

图2. MERFISH检测的483个转录本中8个RNA子集的表达及分布。

图3. (A)所有检测到的转录本；(B)由基因数据构建的细胞UMAP图；(C)检测到的细胞的空间组织由其细胞类型分类着色；(D)单分子和单细胞分辨率绘制转录组图。

二、Vizgen MERFISH FFPE Human Immuno-oncology 开放数据集

研究肿瘤微环境中肿瘤细胞、免疫细胞以及其它类型细胞的组成以及在组织中的空间分布，免疫细胞在微环境中的占比，细胞类型之间的空间临近对于肿瘤的发生和发展、肿瘤的严重程度以及肿瘤预后等具有非常重要的指导意义。

美国Vizgen公司于2022年5月份发布了针对8种人FFPE肿瘤组织样本的MERFISH data set，包括乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌、黑色素瘤、卵巢癌、前列腺癌、子宫癌。针对该8种肿瘤样本的16张组织切片，均进行了包含500个基因的MERFISH实验，共计检测到41亿多个转录本、分析了接近900万个细胞。

图1.（A)8种癌症类型，约41亿个转录本和约900万个细胞；（B)同一患者的两张人卵巢癌切片MERSCOPE数据与bulk RNA-seq(中)的相关性，以及所有被测样品与bulk RNA-seq的相关系数(右)，表明测量精度高，灵敏度高；（C) MERSCOPE对乳腺癌、结肠癌、黑色素瘤、肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、子宫癌等不同癌症样本进行分析。

图2. （A）人肝癌组织切片用Vizgen公司的细胞边界染色试剂盒进行染色，红色显示的为胞膜，蓝色显示的为胞核；（B）多边形用以显示不同的细胞边界；（C）鉴定出的17种不同的细胞类型的UMAP图；（D-F）分别显示B图框选区域中细胞类型、成纤维细胞及内皮细胞的空间分布。

图3.（A)由MERFISH转录数据生成的人类乳腺癌中鉴定的不同细胞类型的UMAP图；（B) 14种识别出的细胞类型在组织中的空间分布；（C) B框区识别的细胞类型的空间分布；（D) C框区两种成纤维细胞的空间分布（两种成纤维细胞均表达COL1A1基因，成纤维细胞2表达增殖标志物MKI67）；（E)点阵图显示每种细胞类型的标记基因。

图4. 人乳腺癌的免疫细胞类型表征。（A）对T细胞和NK细胞进行亚聚类分析得到的7种不同的免疫细胞亚型；（B）每种细胞类型特异性表达的marker基因；（C）Treg细胞（D）CD4阳性T细胞乳腺癌组织中的空间分布；（E）CD4 (绿), CD8A (蓝), FOXP3 (红), NCR1 (黄) 以及CTLA4 (白) 几个基因的空间分布。注意FOXP3阳性的Treg细胞里面表达T细胞衰竭marker CTLA4。黄色箭头所示为NK细胞。

三、Vizgen MERFISH mouse liver map开放数据集

该数据集系小鼠肝脏组织的347个基因的MERFISH实验，共鉴定到120多万个细胞，12亿多的转录本。

数据集链接：

相应的MERFISH数据集均是由Vizgen团队在其商品化平台MERSCOPE™上运行获得。如果您想引用，请注明：

Vizgen MERFISH Mouse Brain Receptor Map(May 2021)

https://info.vizgen.com/mouse-brain-data

Vizgen MERFISH FFPE Human Immuno-oncology dataset (May 2022).

https://info.vizgen.com/ffpe-showcase

Vizgen MERFISH Mouse Liver Map (January 2022).

https://info.vizgen.com/mouse-liver-access

基因有限公司于2022年3月正式签约成为美国Vizgen公司MERSCOPE™多重FISH超分辨率成像分析系统在中国的总代理。负责该系统的售前技术咨询、售后安装培训、应用支持等工作。同时，我司也提供MERFISH的技术服务。如果您感兴趣，可以直接添加产品经理企业微信进行一对一沟通，也可以联系您身边的基因人。