在病人样本中发现了三十多种新的细菌

　　

不明细菌在医院里很常见。巴塞尔大学的研究人员花了多年时间收集和分析这些数据。他们已经发现了许多新的细菌种类，其中一些对临床实践具有重要意义。

如果知道细菌感染的原因，可以更有效地治疗细菌感染。在大多数情况下，鉴定病原体只需在医学实验室进行分析。然而，有时标准方法是不够的——例如，如果细菌的种类还没有被分类或者特别难以生长。

自2014年以来，巴塞尔大学和巴塞尔大学医院的一个团队一直在收集和分析含有这种未知细菌的患者样本。研究人员已经发现了30多种新的细菌，其中一些与临床相关的感染有关。

完整基因分析

总体而言，由微生物学家丹尼尔·戈登伯格博士领导的团队分析了61种未知的细菌病原体，这些细菌是在患有各种疾病的患者的血液或组织样本中发现的。传统的实验室方法，如质谱或对细菌基因组的一小部分进行测序，未能对所有这些分离株产生结果。这就是为什么研究人员用一种几年前才出现的方法对这种细菌的完整遗传物质进行了测序。然后，他们将鉴定出的基因组序列与在线工具中的已知菌株进行了比较。

在61种被分析的细菌中，有35种以前是未知的。研究人员将剩下的26个菌株归类为难以识别的菌株:要么是它们的基因组序列最近才被添加到数据库中，要么是病原体的正确分类描述在很短的时间前才被创建出来。对患者数据的评估显示，35种新菌株中有7种具有临床相关性，这意味着它们可以引起人类的细菌感染。“新发现的细菌种类与其临床相关性之间的这种直接联系在过去很少被发表，”Goldenberger博士说。

罕见感染的原因

大多数新发现的种属于棒状杆菌和沙利亚属，都是革兰氏阳性杆菌。“这两属的许多物种都存在于天然人体皮肤微生物群和粘膜中。这就是为什么它们经常被低估，对它们的研究也很少，”戈登伯格博士解释说。然而，当它们进入血液时，可能会引起感染——例如，由于肿瘤。

其中一种难以识别的病原体也可能与临床相关。它是在一位病人被狗咬伤后发炎的拇指中发现的。一个加拿大研究小组最近也从狗或猫咬伤的伤口中分离出这种细菌。“这让我们认为这是一种需要监测的新兴病原体，”戈登伯格博士说。加拿大研究人员在2022年将这种细菌恰当地命名为Vandammella animalimorsus(动物咬Vandammella)。

为他们的新物种命名也是巴塞尔团队的下一项任务。他们正与来自根特大学的细菌分类专家彼得·凡达姆教授密切合作。其中两种细菌已经被命名。一种是三区伪clavibacter - triregionum，指的是巴塞尔靠近瑞士、法国和德国边境的位置。

然而，这个由丹尼尔·戈登伯格团队发起的项目还远未完成。研究人员继续系统地收集巴塞尔大学医院患者样本中发现的未知病原体，并对其进行测序——另外20多个新物种已经被检测到。Goldenberger博士解释说:“我们已经注意到一个主要的动态:由于细菌学的技术进步，关于新发现的细菌种类的文章越来越多。”这一发展将使将来更容易正确诊断由罕见病原体引起的感染，并从一开始就有效地治疗它们。