创建人类胰腺数据一站式资源PanKbase 促进糖尿病研究

美国国立卫生研究院(NIH)1250万美元资助创建世界上第一个人类组织和细胞水平胰腺信息的综合知识库，以支持创新、协作和可重复的研究。

　　

美国国立卫生研究院(NIH) 1250万美元资助创建世界上第一个人类的、组织和细胞水平的胰腺信息的综合知识库，以支持创新、协作和可重复的研究。

随着通过单细胞/空间测序和复杂成像技术获得的数据越来越多，美国和欧洲的一些胰腺和胰岛表型研究正在产生高质量、多模式的数据集。然而，由于这些信息储存在许多不同的资源中，并以不同的方式处理，因此对于研究人员来说，发现或再利用这些信息是具有挑战性的，特别是如果他们没有接受过计算生物学方面的培训。

胰腺知识库(PanKbase)项目的创建将在组织、标准化和传播有关人类胰腺的数据和资源方面发挥关键作用。根据FAIR的可查找性、可访问性、互操作性和可重用性数据原则，从人类遗传学、基因组学、人类胰岛生理学、空间胰腺组织结构等多种方式获得的精心整理的数据将在PanKbase中可用。FAIR原则强调机器可操作性或计算系统在很少人为干预的情况下查找、访问和重用数据的能力。

跨学科的PanKbase团队由来自密歇根大学、范德比尔特大学、范德比尔特大学医学中心、威尔康奈尔医学院、杰克逊基因组医学实验室的研究人员组成，另一个由来自加州大学圣地亚哥分校、斯坦福大学、宾夕法尼亚大学、布罗德研究所研究人员组成，将在美国国立卫生研究院国家糖尿病、消化和肾脏疾病研究所(NIDDK)项目官员的积极参与下，为开发与胰腺和糖尿病相关的资源和知识门户带来广泛的专业知识，包括:

• 常见代谢性疾病知识门户(CMDKP)是一个开放获取的数据和软件平台，成立于2015年，由Broad研究所开发，用于询问复杂疾病的遗传基础，该研究所与CMDGA一起是由学术、行业和非营利机构组成的常见代谢性疾病加速药物合作伙伴联盟的一部分。

• 常见代谢性疾病基因组图谱(CMDGA)是由加州大学圣地亚哥分校开发的一个在线数据库，其中包含与代谢性疾病相关的关键组织的标准化基因组数据。

• 世界上第一个人类胰腺组织在线成像数据库，由范德比尔特大学医学中心和范德比尔特大学团队于2020年开发。

• 基因组知识库(GenomicKB)平台，这是一个由密歇根大学研究人员开发的在线数据库，使用知识图谱来整合来自30多个研究联盟的基因组数据集和注释。

• 共同基金知识中心(CFKC):该项目于2023年启动，将创建一个知识网络，整合共同基金项目产生的知识。

PanKbase还将拥有一个开放的科学组件，以支持对1型糖尿病(T1D)分子特征产生新的见解，并促进T1D发展不同阶段的跨器官分析。这种方法将奠定一个基础，允许在PanKbase资源中包含其他常见和罕见形式的糖尿病。PanKbase计划将成为人类胰岛研究网络(HIRN)的一个组成部分，增加该网络现有的研究资源:人类胰岛研究增强中心(HIREC)和人类胰腺分析计划(HPAP)。