借助 R 包 gencomp 将空间与遗传竞争融入育种流程:解锁精准育种新路径

【字体: 时间:2025年01月23日 来源:Heredity 3.1

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  在植物和动物育种中,遗传竞争会干扰对选择候选者真实价值的判断。研究人员开展了关于利用 R 包 gencomp 简化(空间 - )遗传竞争模型在作物和树木育种中应用的研究。结果显示,gencomp 能有效处理相关模型,有助于植物育种决策。

  遗传竞争可能会掩盖选择候选者的真实价值,导致基因型排名改变,预期和实际遗传增益出现差异。尽管植物和动物育种领域有大量关于遗传竞争的文献,但在线性混合模型中,将遗传值分离为直接遗传效应(DGE,与基因型的价值相关)和间接遗传效应(IGE,与基因型的等位基因对其相邻个体表型的影响相关)这一做法常被忽视,这可能是由于其涉及的复杂性。
为解决该问题,推出了 gencomp 这一全新的 R 包,旨在简化(空间 - )遗传竞争模型在作物和树木育种常规流程中的应用。gencomp 包含构建遗传竞争矩阵的函数,通过方差组分法拟合(空间 - )遗传竞争模型,以及提取关键结果(如方差组分、遗传力、竞争类别和总遗传值)的函数。对于树木育种,gencomp 还能利用选择候选者的估计 DGE 和 IGE 计算不同克隆混合物的价值。

在本文中,首先介绍了该软件包所实施方法的理论基础。接着,利用两个数据集展示了 gencomp 的使用:一个是来自桉树(Eucalyptus spp.)试验的模拟数据集,另一个是真实的马铃薯数据集。利用这两个数据集展示了遗传竞争对方差组分估计、遗传力和选择的影响。尽管依赖付费资源 ASReml - R,但 gencomp 是一款用户友好的工具,能够推广遗传竞争模型,为植物育种中更明智的决策提供助力。

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