转录本特异性富集：借助单细胞 RNA 测序剖析罕见细胞状态的新突破

单细胞基因组学技术虽推动了对细胞状态异质性的理解，但传统方法存在局限。研究人员开发了可编程 RNA 流式荧光原位杂交测序富集技术（PERFF-seq），能对特定 RNA 转录本定义的亚群进行单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）分析，揭示表型异质性，意义重大。

　　单细胞基因组学技术加速了人们在不同背景下对细胞状态异质性的理解。虽然单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）能够识别出表达特定标记转录本组合的罕见细胞群体，但传统的流式分选需要利用高保真抗体标记细胞表面标志物，这限制了人们对这些细胞群体的研究。此外，许多单细胞研究需要从组织中分离细胞核，使得无法基于核外蛋白标志物对已识别的罕见细胞状态进行富集。在本报告中，研究人员开发了可编程 RNA 流式荧光原位杂交测序富集技术（Programmable Enrichment via RNA FlowFISH by sequencing，PERFF-seq），这是一种可扩展的检测方法，能够对由特定 RNA 转录本丰度定义的亚群进行 scRNA-seq 分析。在免疫细胞群体（n = 184,126 个细胞）以及新鲜冷冻和福尔马林固定、石蜡包埋的脑组织（n = 33,145 个细胞核）中，研究表明基于 RNA 的细胞计量学可编程分选逻辑可以分离出罕见细胞群体，并通过下游高通量单细胞基因组学分析揭示表型异质性。