PASEF 助力高灵敏度蛋白质组学：开启深度解析生命奥秘新征程

在常规环境中实现深度准确的蛋白质组分析颇具挑战。研究人员开展了利用平行积累 - 串行碎裂（PASEF）构建高灵敏度蛋白质组学工作流程的研究。结果表明，该流程能平衡多方面指标，助力生物项目研究，意义重大。

　　深度且准确的蛋白质组分析对于理解细胞过程和疾病机制至关重要，但在常规环境中实施颇具挑战。在本实验方案中，研究人员将强大的色谱平台与高性能质谱设备相结合，为广大科研群体提供了常规却深入的蛋白质组覆盖。这需要基于吸头的样品制备和预形成梯度（Evosep One），并与捕获离子淌度飞行时间质谱仪（timsTOF，布鲁克公司）联用。timsTOF 支持平行积累 - 串行碎裂（PASEF）技术，在该技术中，离子依据其离子淌度进行积累和分离，最大化离子利用率并简化光谱。结合数据非依赖采集（DIA），它能提供高的峰采样率和近乎完整的离子覆盖。在这里，研究人员解释了如何通过选择最佳的 PASEF 和 DIA 方法参数，来平衡定量准确性、特异性、蛋白质组覆盖范围和灵敏度。该实验方案描述了如何设置液相色谱 - 质谱（LC-MS）系统，并通过使用 py_diAID 工具在质荷比和离子淌度空间中优化隔离窗口的位置，实现针对不同样品的 PASEF 方法生成和评估。生物项目（例如，在两种条件下进行三次重复的蛋白质组分析）可在 3 天内完成，操作时间约 3 小时，边际成本极低。这使得在对人类癌细胞系进行四次重复的 21 分钟进样分析时，能够对 7000 种蛋白质进行可重复定量分析；在对磷酸化富集的样品进行四次重复分析时，可检测到 29000 个磷酸化位点。同步 PASEF（Synchro-PASEF）是一种高效、特异的新型扫描模式，可通过 Spectronaut 或 AlphaDIA 进行分析，由于其高采样效率，能实现卓越的定量再现性。