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林奇综合征（LS）是遗传性结直肠癌常见类型，当前分子诊断方法有局限。研究人员对厄瓜多尔一 LS 家族研究，发现新的胚系结构变异。这一发现有助于提高对 LS 分子机制的理解，为患者诊疗提供依据。
在癌症的世界里，结直肠癌（Colorectal cancer，CRC）是全球范围内常见的 “健康杀手”。林奇综合征（Lynch Syndrome，LS）作为遗传性 CRC 的主要形式，由 DNA 错配修复（DNA - mismatch repair，MMR）通路的胚系缺陷引起。对于 LS 患者及其亲属而言，找到导致疾病的胚系变异至关重要，这能为高风险人群加强监测，实现癌症的早期诊断与预防。然而，目前 LS 的分子诊断方法，如靶向基因 panel 测序和重排筛查，存在一定局限性，约 50% 疑似 LS 患者无法明确胚系病因，被归为林奇样综合征（Lynch - like syndrome，LLS），且部分 LLS 患者即便经过胚系和体细胞检测，仍无法明确遗传病因。
为了解决这些难题，来自西班牙巴塞罗那临床医院（Hospital Clínic Barcelona）等机构的研究人员展开了深入研究。他们聚焦于一个厄瓜多尔的家族，该家族有 CRC 和胃癌病史，临床诊断为 LS，但经过 10 多年的胚系检测仍未得到确认。
研究人员采用了多种关键技术方法。首先是全基因组测序（Whole - genome sequencing，WGS），对索引病例的生殖系 DNA 进行短读长 WGS，以全面检测基因组变异。其次是转录组学分析，对索引病例的外周血单核细胞进行 RNA 测序（RNA - seq），研究基因的表达情况。此外，还通过设计针对断点的 PCR 测试，筛查家族其他成员和其他厄瓜多尔 CRC 患者是否携带相关变异。
研究结果如下：
- 基因检测结果：使用靶向基因 panel 测序对 MMR 基因进行胚系检测，未发现潜在致病性遗传变异。通过多重连接依赖探针扩增（Multiplex ligation - dependent probe amplification，MLPA）和比较基因组杂交（Comparative genomic hybridization，CGH）对 MMR 基因进行重排分析，检测到影响 MLH1 和 LRRFIP2 基因 3’端的改变，但长距离 PCR 扩增未成功。
- 基因组分析 / WGS：WGS 检测到一个复杂的重排，包含三个重叠的结构变异（Structural variant，SV），分别是 MLH1 中的小倒位（0.91 kb）、涉及 MLH1 和 LRRFIP2 的大倒位（22.8 kb）以及 LRRFIP2 中的串联重复（37.88 kb），这些变异此前未在数据库中报道。通过 Integrative Genomics Viewer（IGV）观察到不一致的读对方向和映射距离，证实了这些 SV，并且发现实际重排存在额外的重复区域。通过 Sanger 测序验证了 SV 的断点，发现新连接点处有小的插入和缺失。
- 转录组学：RNA - seq 未检测到 MLH1 或 LRRFIP2 的相关总体改变和异常剪接模式。定量 PCR（qPCR）结果显示，使用重排区域外的 qPCR 探针时，MLH1 和 LRRFIP2 表达无差异；使用重排区域内的探针时，MLH1 下调，LRRFIP2 上调，这表明该复杂重排可能导致 MLH1 蛋白截断或融合蛋白形成，影响最终蛋白产物。
- PCR 检测基因组重排：设计的 PCR 测试可用于筛查家族其他成员和其他厄瓜多尔 CRC 患者。通过该测试，在索引病例的无症状姐姐（III:4）中检测到相同重排，另一位无症状姐姐（III:5）未检测到。
研究结论和讨论部分指出，研究人员通过 WGS 鉴定出涉及 MLH1 和 LRRFIP2 基因 3’端的基因组改变是该厄瓜多尔 LLS 家族的致病突变。这一发现为家族成员的筛查提供了依据，并且与当地合作，有助于在更多厄瓜多尔 CRC 患者中进行筛查，判断该基因组重排是否为潜在的始祖突变。同时，研究强调对于部分 LS 患者，当前的分子诊断技术并不足够，应结合长读长 WGS 和转录组分析等额外方法，以提高诊断率。研究还发现 MLH1 和 LRRFIP2 基因 3’端区域似乎是 LS 患者重排的热点，此前也有类似的研究报道。
该研究成果发表在《npj Genomic Medicine》上，为林奇综合征的分子诊断和研究开辟了新方向，对提高患者的诊疗水平和推动相关领域的发展具有重要意义。
