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目前治愈 HIV 感染面临诸多挑战，为探究 ART 启动时机对 HIV-1 整合位点及克隆扩增的影响，研究人员开展相关研究。结果显示，急性 ART 组 UIS 异质性更高，AIDS-ART 组单克隆 UIS 积累更多。该研究为实现功能性治愈提供重要依据。
在过去十年间，全球都致力于减少 HIV 持续储存库的规模并增强免疫控制，期望实现 HIV 感染的功能性治愈。然而，即便付出诸多努力，储存库规模的缩减依旧有限，彻底根除 HIV 病毒仍是遥不可及的目标。长期的抗逆转录病毒疗法（ART）虽能抑制病毒复制，但停止治疗后，病毒反弹和病毒载量设定值难以显著降低。
HIV 感染分为急性期、慢性期和艾滋病期三个阶段。早期启动 ART 能改善免疫功能、降低死亡率并减小 HIV 储存库规模，可它无法彻底清除病毒，治疗中断后病毒载量会迅速反弹。而且，对于急性期开始 ART 治疗的患者，其 HIV 储存库和前病毒基因组的具体特征尚不明确。为了解决这些问题，深圳市第三人民医院（国家感染性疾病临床医学研究中心）的研究人员开展了此次研究。
研究人员通过线性靶标扩增 PCR（LTA-PCR）和下一代测序技术，对急性期开始 ART 治疗（Acute-ART 组）和艾滋病期开始 ART 治疗（AIDS-ART 组）的患者进行研究。他们构建了全面的整合位点文库，纵向分析 HIV 感染者的前病毒整合位点，对比两组患者整合位点在宿主基因组中的分布、不同克隆类型的整合模式，还分析了整合基因相关的生物学过程。
研究结果如下：
- UIS 计数与克隆性差异：尽管 Acute-ART 组和 AIDS-ART 组的总 UIS 序列计数和 LTR DNA 水平不同，但 UIS 计数相似。AIDS-ART 组单克隆 UIS 的患病率更高且同质性降低，而 Acute-ART 组单克隆 UIS 积累延迟。
- HIV 整合位点偏好：在急性感染期，HIV 更倾向于整合到染色质修饰和安全港区域，但在 ART 过程中这些区域更易丢失；AIDS-ART 组则更倾向于整合到基因内区域。
- 单克隆 UIS 积累区域：AIDS-ART 组中，单克隆 UIS 优先在基因内区域积累，这可能为感染细胞的持续存在提供选择性优势。
- 相关基因通路富集：单克隆 HIV 整合位点在宿主细胞基因中富集于淋巴细胞激活、染色体修饰等通路，AIDS-ART 组的整合率更高。
- 功能差异与癌症风险：Acute-ART 组早期单克隆 UIS 与 AIDS-ART 组长时间双克隆 UIS 在功能上存在差异。HIV 前病毒整合到肿瘤抑制基因（TSGs）更容易在 AIDS-ART 组中导致单克隆扩增，相比 Acute-ART 组，其癌症风险更高。
研究结论表明，早期 ART 启动能延缓感染细胞的克隆扩增，减少稳定持久储存库的形成，降低实现功能性治愈的障碍。而 AIDS-ART 组中整合位点的单克隆分布广泛，可能给有效治疗带来重大阻碍。
此次研究也存在一定局限性，如无法区分完整和缺陷前病毒，也不能确定检测的 HIV 感染细胞的精确数量。未来研究计划整合前病毒完整性评估和宿主基因测序，以解决这些问题。总体而言，该研究为理解 HIV 储存库的动态变化、制定针对性策略实现持续病毒抑制和功能性治愈提供了重要依据，对改善 HIV 感染者的健康状况意义重大。
研究人员用到的主要关键技术方法包括：收集深圳市第三人民医院确诊的 HIV 患者的外周血样本并提取基因组 DNA；运用线性靶标扩增 PCR（LTA-PCR）技术扩增和测序与整合载体 DNA 相邻的未知基因组序列；利用下一代测序技术进行深度测序；通过 Genome Integration Site Analysis Pipeline（GENE-IS）对 HIV 前病毒整合位点进行计算分析 。
