解析辣椒基因组进化密码：转座子驱动育种新方向

辣椒（Capsicum spp.）基因组进化史不明。研究人员开展 11 个高质量辣椒基因组相关研究，发现转座子影响基因组结构和调控进化，还揭示了基因渗入对辣椒性状的作用，为辣椒育种提供帮助。

　　辣椒（Capsicum spp.）是茄科中广泛食用的蔬菜，拥有异常庞大的基因组，但它的基因组进化历史在很大程度上仍是未知的。在此，研究人员展示了 11 个高质量的辣椒基因组组装成果，其中包括两个无间隙基因组，涵盖了 4 种野生辣椒和全部 5 种驯化辣椒物种。研究人员重建了辣椒的祖先核型，并推断出辣椒的进化轨迹。基因组大小的扩张和变化归因于转座元件（transposable element，TE）积累的差异，这些差异塑造了三维染色质结构（3D chromatin architecture），并引入了与果实朝向和颜色等性状相关的突变。通过构建辣椒染色质可及性图谱（chromatin accessibility atlas），研究人员突出了转座元件对调控元件进化的影响。此外，通过构建 124 份辣椒核心种质的单倍型块图谱（haploblock map），研究人员揭示了频繁的基因渗入现象，这些渗入促进了甜椒的形成，并有助于获得对辣椒轻斑驳病毒（pepper mild mottle virus）的抗性等重要性状。这些关于辣椒基因组和功能进化的发现将有助于辣椒育种工作。