编辑推荐：
根结线虫（RKN）严重影响农业生产，现有针对其他根结线虫物种的抗性基因对 Meloidogyne enterolobii 大多无效，其被列为欧盟检疫害虫。研究人员测定 M. enterolobii 高质量基因组，为相关研究提供平台，有助于防控该害虫。
在广袤的农田里，一场无声的 “战争” 正在上演，罪魁祸首便是根结线虫（Root-knot nematodes，RKN）。它们是植物的 “吸血鬼”，悄无声息地寄生在植物根部，贪婪地汲取营养，导致农作物减产、品质下降，严重威胁着全球的粮食供应。在众多根结线虫中，Meloidogyne enterolobii 更是其中的 “狠角色”。它不仅能突破许多现有抗性基因的防线，对多种农作物造成严重破坏，而且由于其与其他根结线虫在形态上极为相似，一旦造成损害，识别起来困难重重。目前，针对其他根结线虫物种的抗性基因在它面前大多失效，使得它被欧盟列为检疫害虫。面对这样的困境，深入探索 M. enterolobii 的基因组，了解其致病的分子机制，成为了农业科研领域亟待攻克的难题。
为了揭开 M. enterolobii 的神秘面纱，来自法国、德国等多国研究机构的研究人员携手合作。他们通过深入研究，成功测定了 M. enterolobii 的高质量基因组，为后续的研究搭建了重要平台。这一成果发表在《Scientific Data》上，为全球防控这种检疫害虫带来了新的希望。
研究人员主要运用了以下几种关键技术方法：首先，采用高保真长读长测序技术（PacBio HiFi）结合 DeepConsensus 序列转换工具，对 M. enterolobii 进行基因组测序和分析，以提高测序的准确性和连续性；其次，利用 k-mer 分析、Smudgeplot 和 GenomeScope2 等工具，推断基因组的倍性、杂合度和大小；此外，通过多种软件进行基因组组装、注释以及物种验证，如 Peregrine - 2021 assembler、EuGene - EP、MCScanX 等。
下面来看看具体的研究结果：
- 基因组测序与组装：研究人员从波多黎各采集的茄子根中分离出 M. enterolobii 种群（E1834），并对其进行基因组测序。经过一系列处理，最终获得了由 556 个重叠群（contig）组成的基因组组装，其 N50 长度达到 2.11 Mb，基因组大小为 285.4 Mb，这与之前通过流式细胞术估算的结果相符，表明该组装涵盖了三个亚基因组。
- 基因组特征分析：通过 k-mer 分析，确定 E1834 种群为三倍体，其三个亚基因组之间平均核苷酸差异度较高（6.6%）。基因组 Scope2 分析显示，该基因组具有典型的三倍体特征峰。此外，研究还发现，与其他根结线虫如 M. incognita 不同，M. enterolobii 的三个亚基因组之间的差异分布更为对称123。
- 物种验证与纯度检测：研究人员运用改进的 BlobTools 方法结合物种特异性 SCAR（sequence characterized amplified region）标记，对 M. enterolobii 种群进行物种验证和纯度检测。结果表明，E1834 种群未受到其他根结线虫物种的污染，而之前的 Mma - II 种群则被 M. incognita 严重污染456。
- 基因组完整性评估：利用 BUSCO（Benchmarking Universal Single - Copy Orthologs）和 Merqury 等工具对基因组完整性进行评估。结果显示，71.4% 的 BUSCO 基因是完整的，Merqury 分析得出的完整性分数为 99.60%，碱基准确性 Qscore 为 65.70，表明该基因组组装质量较高78。
- 基因预测与结构分析：使用 EuGene - EP 管道预测基因，共预测出 49,870 个基因，其中蛋白质编码基因 45,924 个。MCScanX 分析表明，大部分基因重复属于全基因组重复，进一步证实了该基因组的三倍体结构910。
- 线粒体基因组组装与注释：成功组装了 M. enterolobii 的线粒体基因组，长度为 19,193 bp，GC 含量为 17.2%。注释结果显示，该线粒体基因组包含了参与线粒体呼吸链的基因、tRNA 以及 rRNA 等。通过与 NCBI 数据库比对，进一步确认了 E1834 种群为 M. enterolobii1112。
综合上述研究结果，研究人员成功获得了高质量的 M. enterolobii 三倍体基因组。这一成果意义重大，它为根结线虫的种内和种间比较基因组学研究提供了可靠资源，有助于深入理解 M. enterolobii 的生物学特性、寄生机制以及进化历程。同时，高质量的基因组组装也为开发更有效的分子标记提供了基础，有助于在早期准确识别 M. enterolobii，从而采取针对性的防控措施，减少其对农业生产的危害。此外，该研究还为其他复杂多倍体物种的基因组研究提供了参考和借鉴，推动了整个生命科学领域对多倍体生物的认识和研究。
