不用染料也能准确定量dsDNA浓度的简单方法

【字体: 时间:2025年01月20日 来源:基因有限公司

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  NanoDrop One超微量分光光度计配备的Acclaro™智能污染物分析技术,使用全光谱数据和先进算法来识别常见的核酸污染物,并给出扣除污染物之后的真实样本浓度。

传统DNA检测方法的局限

传统的核酸定量检测,是通过测定3个分析波长:230 nm、260 nm和280 nm处的吸光度实现的。通过吸光度的信息可以检测核酸样本的浓度和纯度。然而缺乏特异性是这种方法的一大弊端,任何在这些波长下有吸收的污染物都会导致检测结果有偏差。

NanoDrop One超微量分光光度计配备的Acclaro™智能污染物分析技术,使用全光谱数据和先进算法来识别常见的核酸污染物,并给出扣除污染物之后的真实样本浓度。

实验验证

材料与方法

从HeLa细胞中制备DNA和RNA,先利用 RNase 或 DNase 去除核酸污染物,再用 TE 缓冲液透析,确保得到纯净的DNA或RNA。随后,制备不同比例的 DNA 与 RNA 混合样本,模拟杂质污染情况。使用 NanoDrop One 进行检测,重复三次,取平均值。检测结果与传统检测方法以及 DNA 特异性荧光检测试剂盒所得数据进行对比。

检测结果对比

传统紫外分光光度法测定 DNA 浓度时,因未考虑 RNA 污染,所得结果与真实值偏差显著。RNA和DNA都在260 nm处有吸光值,因此,利用260 nm处的吸光度计算DNA的浓度会导致检测结果虚高。而经Acclaro™智能污染物分析技术进行样本浓度校正后,DNA浓度更加准确。Acclaro算法使用全光谱数据结合先进算法来确定DNA/RNA混合物中的DNA浓度。由此可以得出结论,NanoDrop One智能污染物鉴定技术进行污染物扣除后得到的样本浓度是十分接近真实样本浓度的,检测结果准确,可以有效保证下游实验顺利进行。

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图1:比较了使用不同方法的不同混合比例的DNA和RNA混合物的检测结果。紫色条表示使用dsDNA检测试剂盒的数据。这种检测方法使用了一种荧光染料,可以专门结合DNA。蓝条表示传统检测方法A260来计算DNA浓度时的数据。红条代表理论目标DNA浓度。绿色条代表使用NanoDrop检测得到DNA浓度。

实验结论

基因组DNA制备过程中的RNA污染是分子生物学工作流程中的常见问题。当用传统的光谱法测量样品时,其中的RNA污染会导致DNA检测浓度虚高。虽然染料法的检测结果相较于光谱法更准确,但在基因组工作流程中,DNA样本中的RNA污染仍然可能会导致不利影响。

实验表明,通过NanoDrop One 的Acclaro™智能污染物分析技术,研究人员可以克服上述两种分析方法的缺点。仪器可以鉴定出DNA样本中的RNA污染,并给出校正后的浓度结果。这两大优势将使科研人员能够实现高效DNA质控,保证下游实验顺利进行。

---NanoDrop的优势---

☑ 1-2μL的测量体积

☑ 8s内给出检测数据

☑ Acclaro™智能污染物分析技术

☑ 更宽的光谱范围,更高的检测上限

☑ 自动监测液柱的功能

-关于基因与赛默飞的合作-

基因有限公司自2004年成为Thermo Fisher公司在中国区的合作伙伴,至今有近20年的合作历史,负责NanoDrop全系列产品线的售前咨询、售后安装、应用培训和维修维护等服务。目前在中国有数万台装机,服务了几十万用户。

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关于基因

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