空间转录组全景解析:STARmap PLUS、RIBOmap与TEMPOmap技术实现原位mRNA生命周期动态追踪
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时间:2025年10月01日
来源:Nature Protocols 16
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来自多学科团队的研究人员开发了集成STARmap PLUS(抗体蛋白共标)、RIBOmap(核糖体结合mRNA映射)和TEMPOmap(时空转录组映射)的空间转录组分析方案,通过原位测序技术实现对数千种RNA分子时空动态的高通量追踪,为理解异质性组织中基因表达的精确调控机制提供了强大工具。
通过整合STARmap PLUS(基于抗体的蛋白共标技术)、RIBOmap(核糖体结合信使RNA定位技术)和TEMPOmap(时空转录组映射技术),研究人员开发了一套成像驱动的多重原位分析方案。这些技术能够将目标RNA、核糖体结合mRNA或代谢标记RNA转化为携带基因特异性条形码的DNA扩增子,并通过共聚焦显微镜下的原位测序进行读取。相较于传统方法,该方案可在完整细胞和组织中同步追踪数千种RNA分子的空间分布与时间动态变化。实验流程包含耗时2–3天的扩增子文库制备阶段,以及根据样本规模和目标基因数量可调的测序周期。获得的空间分辨单细胞数据支持下游分析,包括细胞类型鉴定、细胞周期判定以及通过计算模型解析RNA生命周期动力学参数。该空间组学工具包为揭示异质性组织中RNA时空调控机制提供了突破性技术支撑。
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