韩国安城南瓜园土壤来源假单胞菌MAHUQ-62基因组测序与特征分析
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时间:2025年10月01日
来源:Microbiology Resource Announcements 0.6
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本研究报道了从韩国安城南瓜园土壤中分离的假单胞菌MAHUQ-62的基因组测序结果,其基因组大小为6,038,011 bp,GC含量63.0%,包含5,478个蛋白编码基因,为假单胞菌属的进化和功能研究提供了重要资源。
本研究报道了从韩国安城(37° 00′ 45″ N, 127° 22′ 25″ E)南瓜园土壤中分离的假单胞菌(Pseudomonas sp.)菌株MAHUQ-62的基因组测序结果。该菌株于2020年通过系列稀释法(10?6稀释度)接种TSA培养基分离纯化,经Illumina HiSeq 3000平台进行双端测序(2×150 bp),使用SOAPdenovo v2.04组装和NCBI原核基因组注释流程(PGAP)分析。
基因组大小为6,038,011 bp(GC含量63.0%),包含57个contig(N50=240.2 kb),编码5,478个蛋白质基因和62个tRNA。通过基因组分类服务器(TYGS)和DNA-DNA杂交(in silico DDH)分析显示,其与Pseudomonas resinovorans DSM 21078(34.3%)和Pseudomonas lalkuanensi MCC 3792(33.9%)亲缘关系最近。该研究为假单胞菌属的生态适应性和代谢功能研究提供了基因组学基础。
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