Nature Methods：新的软件工具能够更好地分析复杂的空间数据

　　

新兴的空间多组学技术提供了日益庞大的信息内容。然而，高效呈现并协调多样化的空间数据集仍具有挑战性。

近日，西奈山伊坎医学院、波士顿大学医学院等机构的研究人员开发出一个软件平台，旨在帮助科学家更轻松地分析健康和病变状态下组织样本的空间结构。

研究人员于10月1日在《Nature Methods》杂志上发表论文，介绍了这款名为Giotto Suite的软件工具。

近年来，空间多组学的进展为人们了解细胞在不同组织微环境中的行为和交互提供了宝贵见解，这对于解析癌症、神经退行性疾病和免疫系统疾病尤为重要。

共同通讯作者、西奈山伊坎医学院遗传学与基因组科学教授Guo-Cheng Yuan博士表示：“空间多组学技术虽然能生成极其丰富的组织分子图谱数据，但真正的挑战在于分析和解读这些数据。”

“最大的障碍不再是生成信息，而是解读信息。生物学家需要一些工具来应对日益庞大的数据集，并帮助他们得出有意义的结论。我们希望创建一种工具，不仅可以简化分析过程，还可以适应不同类型的空间数据和工作流程，以便研究人员能够专注于科学研究本身。”

为了满足这一需求，研究团队创建了Giotto Suite，这是一套基于R语言构建的模块化软件工具。该工具可处理来自任何平台的空间数据，并支持多种分析工具，包括不同类型和分辨率的数据整合。

Giotto Suite整合了分子、形态、空间和注释特征信息，构建出响应式灵活工作流程，并利用多种空间技术进行了验证。研究人员表示，其灵活的架构还允许用户根据研究需求从多个切入点开展分析。

共同通讯作者、波士顿大学医学院助理教授Ruben Dries博士称：“现有的许多工具需要用户组合多个软件包才能完成全面分析。”

“这款工具将这些步骤整合到一个框架中，旨在简化流程。我们在开发时还考虑了可扩展性，以适应空间数据集日益增长的规模和复杂性。我们的目标是开发一个平台，帮助其他研究人员从空间数据中发掘新见解。”  

研究人员提醒说，当前版本仅包含部分分析方法，未必适用于所有研究问题。不过，他们强调，该平台将持续迭代升级，他们计划不断扩展其功能，增强其与外部软件包的互操作性，并为研究界提供培训和支持。

未来，研究人员计划将Giotto Suite应用于他们自己的癌症和神经退行性疾病研究中，同时根据科学界的反馈继续完善该工具。目前，该工具可供研究人员免费使用，地址为：http://giottosuite.com。