胰腺癌中KRAS与ERK依赖性生长的MYC调控转录组与激酶组图谱

本综述系统阐明了MYC在KRAS突变型胰腺导管腺癌（PDAC）中的核心作用：作为ERK信号的关键下游效应器，MYC主导了致癌转录程序并调控激酶网络，其失活可模拟KRAS抑制效应。研究揭示了MYC调控的代谢重编程（如糖酵解、线粒体动力学）和补偿性生存信号（如RHO GTPase激活），为靶向MYC依赖性通路提供了新策略（如RIOK2抑制），对克服KRAS抑制剂耐药性具有重要临床意义。

Editor’s summary

KRAS突变驱动多种癌症生长，其诱导的基因表达程序对生物标志物和药物开发具有重要意义。尽管致癌KRAS通过ERK激酶激活多个转录因子，但Hibshman等人发现MYC在胰腺癌（PDAC）中主导了大部分突变KRAS依赖性基因表达。MYC对多种KRAS突变PDAC细胞系的增殖至关重要，调控多个激酶，并通过小GTP酶RHO诱导细胞生存反应。由于MYC本身尚未成药，这些发现可能为PDAC治疗提供新策略。

Abstract

在胰腺导管腺癌（PDAC）的KRAS突变信号网络中，200多个转录因子暗示了广泛而复杂的转录调控。然而，作者发现单独抑制转录因子MYC足以模拟KRAS抑制在PDAC细胞信号、生长和代谢过程中的效应。通过分析急性抑制MYC功能引起的基因转录变化，并依赖图谱和通路分析，发现1685个基因在MYC抑制后表达上调（可能构成MYC调控促进PDAC生长的核心基因集），而1325个表达抑制的基因可能构成由GTP酶RHO介导的致癌应激补偿反应。MYC依赖性转录活性主要依赖ERK，近三分之一ERK调控基因在PDAC细胞中也受MYC调控。化学蛋白质组学分析揭示了MYC调控的可靶向蛋白激酶。这些数据提供了MYC依赖性信号分子图谱，涵盖了治疗PDAC的潜在可开发机制。

INTRODUCTION

PDAC的遗传图谱已明确，95%的PDAC存在KRAS致癌基因的突变激活。实验研究表明KRAS突变既是起始事件，也对肿瘤维持至关重要。突变KRAS主要通过激活RAF丝氨酸/苏氨酸激酶和ERK-MAPK信号网络驱动PDAC肿瘤生长和转移。组成型激活Braf而非Pik3ca可模拟激活Kras，与Trp53肿瘤抑制因子缺失共同驱动侵袭性和转移性PDAC的发展。相反，ERK的药理抑制阻断了KRAS突变PDAC的肿瘤生长。组成型激活MEK1或ERK的异位表达驱动了80-90%的KRAS依赖性基因转录，并导致对KRAS抑制剂的近乎完全耐药。因此，ERK激活是驱动KRAS依赖性PDAC生长所必需且充分的。

RAF-MEK-ERK MAPK级联是研究最深入的癌症信号网络之一，但ERK丝氨酸/苏氨酸激酶驱动PDAC生长的机制仍不清楚。为阐明这些机制，作者近期建立了KRAS突变PDAC中KRAS-ERK信号的综合图谱，确定ERK调控2123个磷酸化蛋白的磷酸化状态，包括98个转录因子和114个表观遗传调控因子，进而促成ERK依赖性1718个基因的转录。其中，MYC转录因子被ERK转录上调，且是ERK底物。ERK在Ser⁶²位点磷酸化MYC阻断蛋白酶体降解，导致MYC蛋白稳定性增加和半衰期延长。除稳定性控制外，pSer⁶²还可影响MYC细胞内定位和靶基因选择。

RAS和MYC相互作用驱动肿瘤发生的作用已明确。MYC对KRAS突变PDAC的肿瘤生长和转移进展至关重要。MYC扩增与Kras突变小鼠PDAC肿瘤获得性KRAS抑制剂耐药相关。同样，在接受KRAS^G12C选择性治疗复发的KRAS^G12C突变胰腺癌、肺癌和结直肠癌患者中也发现MYC扩增。MYC在KRAS依赖性PDAC生长中的作用及其在KRAS抑制剂耐药中的贡献支持了阐明MYC促进KRAS驱动肿瘤发生分子机制的重要性。

KRAS突变PDAC以支持癌症生长的代谢活动改变为特征。鉴于MYC的主要功能是调控代谢，预计这些KRAS依赖性活动中有 several 涉及MYC。例如，MYC通过转录上调限速糖酵解基因促进KRAS-ERK依赖性葡萄糖代谢。KRAS通过ERK依赖性MYC刺激非氧化磷酸戊糖途径促进PDAC核苷酸生物合成。此外，KRAS驱动细胞外营养素的巨胞饮摄取增加，而研究证实这是MYC依赖性的。KRAS突变PDAC以自噬增加为特征，这是一种溶酶体依赖性过程，可回收缺陷大分子和细胞器以增加营养可用性。矛盾的是，KRAS-ERK信号抑制反而增加而非抑制自噬。增强的自噬被确立为抵消KRAS或ERK抑制有害后果的补偿机制。MEK抑制足以使MiT/TFE（MITF、TFEB、TFE3）转录因子家族从与MYC竞争结合自促基因中释放。最后，碎片化线粒体可促进PDAC生长，可能通过促进细胞分裂时线粒体向子细胞分布。然而，尽管KRAS通过ERK依赖性DRP1磷酸化驱动线粒体分裂和碎片化，但MYC在此过程的作用尚未阐明。

MYC调控基因转录和肿瘤发生需要与MAX转录因子形成异源二聚体。MYC-MAX复合物识别共有增强子框（E-box）DNA元件（5′-CA^NNTG-3′），对经典E-box序列5′-CA^CGTG-3′具有最高亲和力。在正常细胞低水平MYC时，MYC主要驱动特定含E-box基因的转录。在癌细胞高水平MYC时，MYC作为活性基因转录的通用放大器，甚至作用于低亲和力E-box样 motif。此外，背景依赖性改变发生在MYC调控特定基因集时，导致基因转录全局上调和间接次级后果。最后，MYC通过与MIZ-1转录因子和其他转录或表观遗传调控因子关联抑制基因转录。鉴于MYC信号的多效性和细胞背景依赖性 nature，尽管MYC有保守核心功能，但在众多试图建立系统范围MYC依赖性转录组的研究中仅发现有限重叠。

先前确定的KRAS依赖性转录组和磷酸化蛋白质组将MYC鉴定为异常ERK信号的主要输出。出乎意料的是，在KRAS突变PDAC中确定的KRAS依赖性基因特征与广泛应用的"Hallmark KRAS"基因特征 divergent。广泛使用的"Hallmark MYC Targets" V1和V2基因特征以及其他已建立的MYC基因集同样源自显示转录上调MYC表达的RAS野生型模型。因此，本研究旨在准确评估MYC specifically在KRAS突变人PDAC中的作用，其中MYC激活主要 driven by 磷酸化和增加蛋白稳定性。通过在八个KRAS突变PDAC细胞系中急性抑制MYC，鉴定了1685个MYC依赖性（PDAC MYC UP）和1325个MYC抑制（PDAC MYC DN）基因。PDAC MYC UP基因驱动MYC依赖性生长，而PDAC MYC DN基因包含次级补偿反应以对抗致癌应激，部分通过RHO GTP酶激活。结果表明，尽管ERK调控众多转录因子，MYC是PDAC中KRAS和ERK驱动基因转录的主要驱动者。数据还证明MYC调控复杂蛋白激酶集合，为治疗性破坏MYC用于PDAC治疗提供了可成药方向。

RESULTS

Mutant KRAS drives MYC overexpression that is essential for KRAS-dependent PDAC growth

先前研究表明siRNA介导的KRAS抑制降低KRAS突变PDAC细胞中MYC表达。进一步评估KRAS在驱动MYC蛋白水平中的作用，发现突变KRAS^G12D在端粒酶永生化人胰腺上皮细胞（HPNE-KRAS）中的异位稳定表达与对照空载体转染HPNE细胞相比，MYC稳态水平增加。KRAS^G12C突变MIA PaCa-2细胞用G12C突变选择性抑制剂adagrasib（G12Ci）或RAS(ON)多选择性抑制剂RMC-7977（RASi）处理4小时降低MYC蛋白水平。类似地，KRAS^G12D突变PDAC细胞系用G12D选择性抑制剂MRTX1133（G12Di）或RASi处理4小时也不同程度降低MYC蛋白水平。因此，突变KRAS的药理抑制导致MYC伴随抑制。

为评估KRAS抑制对MYC功能的影响，在MIA PaCa-2、Pa16C和PANC-1细胞中异位表达由四个经典MYC结合E-box motif（5′-CACGTG-3′） upstream 荧光素酶的转录报告基因。多选择性RASi或突变选择性G12Ci/G12Di在低纳摩尔浓度有效抑制MYC转录活性，但仅在通过下调MYC蛋白响应KRAS抑制的细胞系（MIA PaCa-2和Pa16C而非PANC-1）中。尽管ERK和PI3K信号均可促进MYC蛋白稳定性，但ERK选择性抑制剂SCH772984（ERKi）抑制MYC转录活性远大于PI3Kα选择性抑制剂alpelisib（PI3Ki）。因此，突变KRAS的药理抑制可降低ERK依赖性MYC蛋白水平和功能。

KRAS抑制剂介导的MYC丢失与生长抑制相关。响应KRAS抑制剂处理丢失MYC蛋白和活性的PDAC细胞系对KRAS抑制更敏感 than 未丢失MYC的系（Pa01C和PANC-1）。先前研究表明siRNA介导的KRAS抑制即使在KRAS抑制剂难治细胞系中也降低MYC表达。这里发现siRNA介导的MYC或KRAS抑制在短期增殖和长期克隆形成生长测定中引起 comparable 生长抑制。因此，MYC丢失 contributes substantially to 突变KRAS药理抑制观察到的生长抑制。

为确定KRAS突变PDAC中MYC依赖性的细胞基础，比较了siRNA介导的MYC或KRAS抑制对细胞周期调控和细胞生存的后果。在一些细胞系中观察到G₁积累增加和S期缩短，但未诱导 apoptosis。

为剖析急性抑制KRAS或MYC活性引起的信号变化，进行了反相蛋白质阵列（RPPA）通路分析。五个KRAS突变PDAC细胞系用MYC siRNA处理24或72小时。24小时时 few 蛋白丰度显著改变。72小时时观察到调控细胞生存和细胞周期的信号蛋白表达和/或活性变化，以及调控肌动蛋白细胞骨架组织和代谢过程的蛋白变化。先前在KRAS突变PDAC细胞系中siRNA介导KRAS抑制观察到类似结果。MYC或KRAS抑制后信号活动变化的 substantial alignment 支持它们调控共享信号网络。

相反，用CDK4/6抑制剂palbociclib处理（在KRAS突变PDAC细胞系中诱导强G₁ arrest）引起的信号变化与MYC抑制细胞中的那些未 substantially align。总体，palbociclib处理细胞中的信号变化与MYC或KRAS抑制细胞中的那些聚类分离。因此，KRAS或MYC功能丢失引起的共享信号变化不能简单归因于它们诱导G₁ arrest。

KRAS and MYC regulate shared metabolic processes

突变KRAS部分通过改变的代谢过程驱动PDAC生长，包括升高糖酵解活性、改变线粒体输出和营养 scavenging。由于MYC的主要功能涉及代谢调控，评估了MYC在突变KRAS驱动代谢过程中的作用，这些过程有助于PDAC细胞生长。

线粒体形态和功能通过控制融合-分裂周期的蛋白动态调控，突变KRAS通过直接ERK磷酸化和激活DRP1促进线粒体碎片化。siRNA抑制MYC模拟了siRNA抑制KRAS和ERK药理抑制，促进线粒体融合和减少线粒体碎片化。ERK磷酸化DRP1驱动线粒体碎片化，促进小鼠PDAC原发和转移生长。为扩展这些发现，用siRNA抑制DRP1并观察到融合线粒体形成和KRAS突变PDAC细胞系生长抑制，表明KRAS-ERK-MYC信号轴抑制诱导的融合线粒体形成 contributes to PDAC细胞 upon KRAS或MYC丢失的增殖缺陷。

接下来评估了KRAS和MYC调控线粒体形态是否与线粒体氧化功能改变相关。尽管急性抑制KRAS或MYC在KRAS突变PDAC细胞系中 largely 未改变基础耗氧率（OCR）或ATP产生，但备用容量在三个系中的两个 upon KRAS或MYC抑制增加。

先前研究表明KRAS或ERK MAPK通路的遗传和/或药理消融上调自噬，这是一种补偿反应以抵消这些细胞 consequently 受损的糖酵解活性。这里确定siRNA抑制MYC也引起自噬增加。总之，这些发现扩展了MYC在促进多个KRAS驱动代谢改变中的作用。

Identification and characterization of the MYC-regulated transcriptome in pancreatic cancer

为 further delineate MYC支持KRAS和ERK驱动PDAC生长的分子机制，接下来确定了KRAS突变PDAC中MYC依赖性转录组。大多数分析MYC调控基因转录的研究使用稳态MYC激活的细胞模型，其中次级信号活动已启动以抵消异常MYC功能引起的致癌应激。相反，作者着手剖析急性MYC功能丢失引起的转录变化以识别更近端MYC依赖性活动。

首先评估了可能促进快速抑制MYC功能的药理方法。小分子MYC抑制剂MYCi975（MYCi）被描述为引起快速MYC蛋白和功能丢失。与那项研究一致，发现MYCi在KRAS野生型人前列腺癌细胞中快速抑制MYC表达， after 瞬时增加MYC Thr⁵⁸磷酸化（促进蛋白酶体介导MYC降解）。然而，尽管高基线MYC pThr⁵⁸水平，KRAS突变PDAC细胞系 upon MYCi处理未丢失MYC蛋白。

接下来评估了显性负性小蛋白Omomyc，它破坏MYC-MAX二聚化并占据E-box序列以阻断MYC依赖性转录。建立了含有多西环素诱导型表达载体的稳定细胞系以允许Omomyc瞬时诱导。尽管 substantial Omomyc表达， upon 多西环素处理未观察到任何显著生长抑制。因此，缺乏有效药理方法选择性阻断MYC功能，转而使用先前应用的基于siRNA的方法来抑制MYC表达和PDAC生长。

Beyond PDAC中四个主要基因改变（KRAS、TP53、CDKN2A和SMAD4），剩余约50个遗传改变仅以个位数频率发生。为最小化遗传异质性影响，在八个KRAS突变PDAC细胞系中抑制MYC表达。急性24小时siRNA介导MYC抑制后，进行RNA测序（RNA-seq）以剖析MYC调控基因转录变化。表达数据按细胞系标准化，因为主成分分析表明总体变异最大来源是 individual 细胞系间差异，如预期。鉴定了13,040个蛋白质编码转录本（在MYC敲低实验中 reads >100 且在五个或更多样本中 reads ≥20，排除线粒体或Y编码基因）。其中9674个基因在所有八个细胞系中检测到 reads ≥20。指定这些基因的一个子集（调整后P<0.01）为PDAC MYC UP和PDAC MYC DN基因特征，其中MYC UP指被MYC上调的基因（因此那些 upon MYC丢失减少），MYC DN指被MYC下调或补偿性的基因（因此那些 upon MYC丢失增加）。鉴定了MYC UP集中1685个基因和MYC DN集中1325个基因。这些结果与MYC作为转录激活子和抑制子的 well-validated 作用一致。

首先比较了PDAC MYC UP和DN基因特征与Hallmark MYC Targets V1（200基因）和V2（258基因）特征。发现Hallmark MYC V1和V2基因特征的72%（240个非重叠基因总）在PDAC MYC基因特征中捕获。出乎意料的是，这些基因中99%在UP特征中发现，仅一个基因（MAP3K6）在PDAC MYC DN基因特征中。相对于Hallmark MYC特征，PDAC MYC UP和DN基因特征提供了13倍更全面的MYC依赖性基因分子肖像，并额外提供了对MYC抑制基因的洞察。与现有定向MYC基因集比较 generally 显示中度重叠但具有 substantial 异常值。现有MYC DN基因集中的许多基因在PDAC MYC UP中富集，反之亦然。

MYC调控基因，无论是MYC直接或间接靶标，代表那些可能在支持KRAS依赖性PDAC生长中 serve critical 作用。为评估PDAC MYC特征中的基因是否是直接MYC靶标，首先执行超几何优化 motif 富集（HOMER）分析以评估MYC UP和DN基因特征中存在的转录因子结合 motif。对前500或1000个MYC UP基因的监督启动子 motif 富集分析产生经典MYC结合E-box序列5′-CACGTG-3′作为顶级 motif。PDAC MYC UP基因集前10个得分 motif 中八个是E-box 5′-CACGTG-3′序列。

接下来使用ENCODE实验性染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）数据库用于MYC结合基因以评估PDAC MYC基因中是直接MYC基因靶标的部分。前500个PDAC MYC UP基因中86%显示启动子位点MYC结合。与MYC结合E-box motif 的 predominant 存在 together，推测PDAC MYC UP特征中的大多数基因可能是直接MYC靶标。

相反，HOMER分析显示E-box相关序列在PDAC MYC DN基因特征前10个 motif 中未显著富集。此外，仅37%的前500个PDAC MYC DN基因根据ENCODE分析显示启动子MYC结合。因此，表明大多数MYC DN基因的转录不是由MYC直接结合含E-box motif 启动子驱动。

为确定MYC调控基因对PDAC生长的潜在功能贡献，接下来使用50个Hallmark基因集进行基因集富集分析（GSEA）。与Hallmark MYC V1和V2特征在数据集中的强表示一致，这些是 upon MYC抑制最显著下调的术语。此外，MYC沉默有效抑制代谢过程组分（氧化磷酸化和mTORC1信号）和细胞周期（E2F靶标和G₂-M检查点），这些与MYC癌基因功能 well associated。 upon MYC抑制上调的主要Hallmark基因集包括免疫、上皮-间质转化（EMT）、p53肿瘤抑制因子和代谢通路。

Hallmark MYC V1和V2特征近乎 exclusively 在PDAC MYC UP而非DN基因特征中富集， consequently 可能未完全捕获MYC在KRAS突变PDAC中的功能。因此，进行通路过表示分析以更好比较更复杂PDAC MYC UP和DN基因特征与Hallmark MYC V1和V2的细胞过程。Hallmark MYC V1和V2基因集（"Hallmark MYC"）强捕获了PDAC MYC UP代表的最显著（调整后P<0.05）KEGG通路的一个子集，主要与细胞稳态和基本功能相关，如细胞周期、氨基酸代谢和RNA代谢。在PDAC MYC UP中存在的其他关键细胞过程中，关注代谢通路并注意到那些 absent from Hallmark MYC的包括硒氨基酸代谢、核糖体、葡萄糖代谢和核苷酸代谢。

在 notable 对比中，Hallmark MYC essentially 未捕获PDAC MYC DN中存在的显著（调整后P<0.05）通路。先前发现RAS家族（RHO）小GTP酶功能是KRAS突变PDAC中KRAS-ERK依赖性磷酸化蛋白质组的主要输出。在Hallmark MYC和PDAC MYC UP而非PDAC MYC DN中，注意到RHOA UP转化的 substantial 表示，而在PDAC MYC DN而非Hallmark MYC中，注意到许多与RHO小GTP酶信号、肌动蛋白组织调控和细胞架构相关的通路。此外，近期发现RHO GTP酶功能可驱动KRAS抑制剂耐药。表明PDAC MYC DN基因可能代表次级补偿活动以 counter 异常MYC激活引起的致癌应激。

然后使用来自用G12Ci或G12Di处理24小时小鼠的KRAS^G12C/D突变患者来源PDAC、非小细胞肺癌（NSCLC）或结直肠癌（CRC）细胞系衍生异种移植（CDX）肿瘤的RNA-seq进行体内验证PDAC MYC UP和DN基因。发现这些小鼠中KRAS依赖性转录变化与体外二维培养中生成的PDAC MYC转录组 largely 一致。

为 further address PDAC MYC UP和DN基因对支持PDAC生长的贡献，接下来使用Cancer Dependency Map（DepMap）数据库中基于CRISPR的基因必要性数据集评估KRAS突变PDAC细胞系中的这些特征。 refined 此分析以聚焦于在所有44个DepMap中KRAS突变PDAC细胞系中 median 依赖性得分

最必要PDAC MYC UP基因与Hallmark和KEGG基因集的过表示分析产生 largely 预期促肿瘤通路，包括MYC靶基因和DNA复制修复、转录翻译、核苷酸代谢、mTORC1信号和细胞周期组分。仅23个（6%）高度必要基因存在于PDAC MYC DN中，其中一半是自噬、囊泡运输或表观调控组分。剩余基因涉及小GTP酶信号、代谢生物合成或应激反应。因此，MYC依赖性PDAC生长主要 driven by MYC UP而非MYC DN基因。

MYC is a predominant driver of ERK-regulated gene transcription in PDAC

癌症中MYC活性失调可由多种机制介导，包括DNA扩增或突变、转录上调和蛋白磷酸化及蛋白降解调控。为评估异常ERK信号在驱动KRAS突变PDAC中致癌MYC激活的贡献，比较了MYC调控转录组与近期描述的ERK调控转录组（也在KRAS突变PDAC中建立）。这些数据集上的GSEA产生ERK和MYC依赖性通路的 substantial 重叠，表明KRAS突变PDAC中MYC活性的显著部分由ERK驱动。例如， interrogation of MitoCarta（1136个人类编码线粒体相关蛋白基因的库存， curated into 149个通路） revealed 大多数通路既ERK也MYC依赖性。 Notably，所有被ERK抑制抑制的MitoCarta通路也被MYC耗竭抑制。

为识别此重叠的机制基础，确定了MYC调控转录组（PDAC MYC UP和DN）与先前生成的ERK调控转录组（PDAC ERK UP和DN）之间的基因表达重叠。PDAC ERK UP和DN基因中36%和23%也分别在PDAC MYC UP和DN基因集中，支持MYC在驱动KRAS突变PDAC中ERK依赖性基因转录中的主导作用。所有MYC UP基因中69%在ERK UP中共享。这1157个基因的重点集合，指定为PDAC ERK-MYC UP，捕获ERK驱动、MYC依赖性转录。与MYC UP对比，仅41%的MYC DN基因与ERK DN共享。这545个重叠基因代表MYC抑制或补偿活动，这些是ERK驱动并指定为PDAC ERK-MYC DN。

鉴于MYC在驱动KRAS突变PDAC中ERK依赖性转录中的重要性，推测ERK-MYC UP或DN特征的顶级基因成员将能够检测体内KRAS或ERK药理抑制的转录后果。这些基因定义为ERK-MYC UP或DN中前200个UP或DN基因（按ERKi log₂FC值排序）， also 具有强siMYC差异表达（|log₂FC|>0.5）。类似定义了MYC UP或DN特征中前200个UP或DN基因。

首先，在来自用G12Ci或G12Di处理24小时小鼠的KRAS^G12C/D突变PDAC和NSCLC CDX肿瘤面板的RNA-seq数据集上执行GSEA。如先前所示，尽管处理诱导肿瘤 regression，Hallmark KRAS基因特征未检测到KRAS抑制。相反，聚焦的PDAC ERK-MYC UP基因特征， followed by 聚焦的PDAC MYC UP然后Hallmark MYC targets V1和V2， best 识别KRAS抑制剂处理肿瘤中的基因转录变化。PDAC ERK-MYC DN而非PDAC MYC DN或Hallmark MYC特征强识别 upon KRASi处理上调的基因。因此，通过与ERK UP或DN特征重叠过滤MYC UP或DN特征增强了它们体内KRAS抑制检测。

受此成功激励，接下来评估了这些顶级基因在来自用ERK抑制剂或KRAS抑制剂治疗的KRAS突变PDAC、NSCLC或CRC患者临床样本中。来自PDAC患者配对肿瘤活检（在用ERKi ulixertinib治疗2周前后获取）的RNA-seq数据集的GSEA revealed PDAC ERK-MYC UP而非MYC UP基因特征在两个稳定疾病或肿瘤 regression 患者中强烈下调，在一个疾病进展患者中强烈上调。接下来，在来自用G12Ci adagrasib治疗8天的KRAS^G12C突变NSCLC或CRC患者配对治疗前或8天治疗后活检的RNA-seq数据集上执行GSEA。PDAC ERK-MYC UP， followed by Hallmark MYC Targets V1， more robustly 检测基因转录变化 compared with MYC UP。因此，限制MYC调控基因至那些也ERK调控的提供了一个基因特征， better 识别患者中KRAS或ERK抑制 compared with Hallmark KRAS信号UP基因特征。这些分析验证了体外生成的MYC调控特征适用于体内，并 also 确立PDAC ERK-MYC调控基因表达可推广至KRAS突变CRC和NSCLC。

接下来应用ERK-MYC UP和DN特征的过表示分析使用Hallmark、KEGG、GO和Reactome基因集。ERK-MYC UP基因涉及基本功能包括RNA代谢、细胞周期、核糖体生物发生、线粒体翻译和蛋白输入以及核苷酸合成。ERK-MYC DN基因调控囊泡运输和内体/溶酶体/高尔基体相关过程、血红素代谢和脂质代谢， likely 补偿ERK/MYC功能丢失。细胞连接和凋亡相关基因也 found in ERK-MYC DN，表明转移潜力和细胞生长在ERK/MYC丢失24小时时仍被抑制。先天免疫系统 also 在ERK-MYC DN中得分（Reactome），表明免疫组分嵌入ERK-MYC转录程序。

进一步评估了PDAC ERK-MYC UP和DN基因集以识别MYC调控代谢过程的分子基础。首先，识别了ERKi上调TFEB转录因子基因靶标在MYC DN基因特征中的显著表示。MYC与TFEB依赖性含E-box基因（编码溶酶体和自噬蛋白）结合 antagonistically 竞争。因此，KRAS