基于全基因组重测序技术鉴定锦鲤(Cyprinus carpio)性别决定位点及其分子标记开发

本研究通过全基因组重测序(WGS)技术对锦鲤(Cyprinus carpio)进行性别决定机制解析，成功筛选出1,341,975个高质量SNPs，鉴定出sox6、wnt7ba、gnrhr4和mrps30四个核心基因。研究证实gnrhr4基因exon区的SNP3位点可实现100%性别鉴定准确率，为鱼类表观遗传调控网络研究提供了新见解，并对水产单性育种具有重要应用价值。

　　

^Highlight

^{Sample sources and basic information}

本研究的样本采集自上海海洋大学滨海养殖基地。共选用40尾一龄半性成熟锦鲤（Cyprinus carpio），包含20尾雄性和20尾雌性。生物学测量数据显示：雄性组平均体重1371±125克，体长32.8±1.2厘米；雌性组相应数据为...（注：原文此处数据缺失）

^{Analysis of whole genome resequencing data}

雄性和雌性锦鲤分别获得3,110,886,190和3,111,998,554条原始测序reads。经过质控过滤后，男女样本的有效读数占比分别为98.79%和98.9%。质量评估显示Q20平均值98.84%，Q30平均值96.73%，GC含量均值36.95%。通过BWA比对参考基因组的匹配率分别为99.36%（雄）和99.28%（雌）...

^Discussion

随着高通量测序技术的突破性进展，以单核苷酸多态性（SNP）和插入/缺失（InDel）标记为代表的第三代DNA分子标记技术日益突出。凭借其高分辨率和全基因组覆盖优势，这些技术在系统发育分析和功能基因组学研究中展现出独特价值（Thatoi等，2024）。其中全基因组重测序（WGR）已成为挖掘重要性状相关遗传标记的强大工具...

^Conclusion

本研究通过对锦鲤（Cyprinus carpio）进行全基因组重测序，鉴定出1,341,975个有效SNP位点。多数SNP位于内含子区域，基因间区和下游变异较少，外显子变异最少。通过基因注释和富集分析，我们发现四个候选性别决定相关基因：sox6、wnt7ba、gnrhr4和mrps30。其中gnrhr4基因的SNP3位点被验证为性别特异性分子标记，可准确区分...