埃及首例鸭甲型肝炎病毒1型全基因组测序及抗原特性分析揭示潜在免疫逃逸突变

本研究针对埃及Benha地区暴发的鸭病毒性肝炎（DVH）疫情，首次完成鸭甲型肝炎病毒1型（DHAV-1）埃及分离株的全基因组测序，通过下一代测序（NGS）技术揭示其与匈牙利2004年毒株高度同源（99.9%），并在VP1蛋白抗原决定簇中发现S178Y逃逸突变。交叉中和试验表明当前疫苗仍有效，但持续监测对防控病毒变异至关重要。

　　

在埃及商业化鸭养殖场，一场突如其来的疫情席卷了一周龄的北京鸭雏群，雏鸭出现嗜睡、共济失调甚至角弓反张等神经症状，死亡率高达80%。剖检可见肝脏布满瘀点状出血，肾脏肿胀充血——这些都是鸭病毒性肝炎（Duck Virus Hepatitis, DVH）的典型特征。该病由鸭甲型肝炎病毒（Duck Hepatitis A Virus, DHAV）引起，主要感染三周龄以下雏鸭，以高死亡率和严重肝脏病变为特征，对养鸭业造成重大经济损失。埃及自1969年首次报道DHAV以来，该病毒持续流行，且近年来出现DHAV-1和DHAV-3共循环现象，尽管已有疫苗应用，但疫情控制仍面临挑战。

为应对此次疫情，由Ibrahim Moharam和Fouad S. El-Mayet领导的研究团队开展系统研究，论文发表于《BMC Veterinary Research》。他们通过临床样本采集、病毒分离、RT-PCR检测、下一代测序（NGS）、基因组比对、抗原决定簇分析和交叉中和试验，首次完成埃及DHAV-1分离株（Du/Egy/Benha/2020/DHAV-1）的全基因组测序，发现其与2004年匈牙利毒株高度相似，并在关键抗原位点识别出可能介导免疫逃逸的突变，同时通过血清学实验评估了当地疫苗对流行株的保护效力。

关键技术方法包括：从埃及Benha地区发病鸭场采集临床样本；通过鸭胚接种进行病毒分离；RT-PCR靶向VP1基因确认病毒型别；下一代测序（NGS）完成全基因组测序和注释；生物信息学分析进行基因组比对、系统发育树构建和抗原表位预测；交叉中和试验评估疫苗株与野毒株的抗原相关性。

临床、剖检和组织病理学结果：

发病雏鸭表现为神经症状和急性死亡，肝脏和肾脏出现典型出血性和坏死性病变，组织学显示急性肝炎和肾小管坏死，符合DHAV-1感染特征。

临床样本中的病毒检测和EDEs分离：

RT-PCR在样本中扩增出714 bp VP1基因条带，成功分离出病毒，接种鸭胚后引起胚胎死亡和特征性病变，包括发育迟缓、皮下出血和肝坏死。

宏基因组下一代测序（mNGS）分析和遗传特征：

测序获得13,989,484条读长，组装得到7,691 bp的全基因组序列，GC含量42.99%，包含11个基因和2个非编码区，基因组结构符合禽肝炎病毒属特征。

Du/Egy/Benha/2020/DHAV-1的系统发育分析和序列比较：

全基因组与匈牙利2004年分离株MT856994相似度达99.95%，VP0、VP3和VP1基因均与欧洲和亚洲毒株高度同源，系统发育分析表明该毒株可能通过独立传入事件进入埃及。

Du/Egy/Benha/2020/DHAV-1的VP1和VP3蛋白潜在抗原决定簇分析：

在VP1蛋白中发现7个潜在抗原肽段，其中已知中和表位LPAPTS（173-178）存在S178Y突变，可能影响抗体识别；VP3蛋白抗原区高度保守，未发现显著变异。

DHAV-1强毒分离株与DHAV-1疫苗株的交叉中和：

疫苗株抗体对同源株和野毒株的中和效价分别为2?和2?，野毒株抗体对两者效价均为2?，计算抗原相关性R值大于0.5，表明两毒株间仅存在微小差异。

该研究首次报道埃及DHAV-1分离株的全基因组序列，揭示其与欧洲历史毒株的紧密遗传联系。尽管病毒基因组整体保守，但VP1蛋白抗原位点的S178Y突变提示潜在免疫逃逸风险。交叉中和试验表明，现有疫苗仍能有效中和当前流行株，但持续监测病毒遗传和抗原变异对维持疫苗效力至关重要。研究结果为埃及及全球DHAV-1防控提供重要分子依据，强调需加强监测以应对可能出现的疫苗突破毒株。