大西洋鲑气候与生活史变异的连锁基因组基础：跨洋谱系中大单倍型的作用

本研究针对大西洋鲑（Salmo salar）局部适应的遗传机制，通过分析>4000个样本的全基因组数据，发现Ssa18染色体上存在约3 Mbp的大单倍型区块（含A/B/C三种单倍型），其分布呈现洲际特异性且与纬度、气候和 smolt age 显著相关。结果表明该区域可能通过祖先融合事件而非结构变异维持演化适应性，为鱼类基因组进化与生态分化研究提供关键见解。

　　

测序技术的进展揭示：连锁基因组结构通过促进多位点共适应等位基因的演化，常塑造复杂表型。近期多项研究在植物至哺乳动物中均发现此类结构（如染色体重排和超基因）对适应或分化的贡献。以大西洋鲑（Salmo salar）为例，基因组研究逐步发现大单倍型与结构变异可能支撑其局部适应。本研究基于北大西洋134个地点>4000个体的数据，在Ssa18染色体上鉴定出约3 Mbp的基因组区域，其分化模式与连锁不平衡（LD）特征表明存在含三种分化单倍型（A/B/C）的大单倍型区块。欧洲以A和B单倍型为主，北美则以A和C为主，暗示A为共享“祖先”单倍型，而洲际特化单倍型独立演化。数据支持各大陆分化单倍型的独立起源及跨洋基因渗入信号。单倍型频率与纬度、气候和生活史（如 smolt age）显著相关，但关联强度与方向存在洲际差异。总体结果与染色体重排研究一致，但长读长序列未发现结构变异证据，推测祖先融合事件可能解释单倍型形成与维持。本研究深化了对连锁基因组结构在大西洋鲑演化中的作用及鲑科鱼类多样化机制的理解。