城市垃圾桶作为多药耐药肠球菌储库：耐药基因在临床与环境生态位间的跨域传播

本研究系统揭示城市公共垃圾桶是多重耐药肠球菌（MDR Enterococcus）及耐药基因（ARGs）的重要储库和传播节点。研究发现99.2%的分离株呈多药耐药性，携带临床关键耐药基因optrA，且通过基因组与传播网络分析证实其与动物、人类、环境及食品源菌株存在直接基因交流，凸显了垃圾桶在抗生素耐药性（AMR）扩散中的关键作用及“One Health”框架下开展环境干预的紧迫性。

　　

Highlight

城市公共垃圾桶是微生物群落与化学残留物交汇的复杂环境生态位，但其在肠球菌耐药性形成中的作用长期被忽视。本研究通过对山东省254个垃圾桶的采样，成功分离出124株肠球菌，优势菌种为E. lactis、E. casseliflavus、E. faecalis和E. faecium。通过聚焦城市垃圾桶，我们的研究填补了环境监测领域的关键空白，揭示这一日常设施是多药耐药肠球菌和移动性耐药基因的活跃热点。

Discussion

与全球水和土壤来源的同种肠球菌相比，垃圾桶分离株的抗生素耐药基因（ARG）数量无显著差异，但个体分离株表现出极高的ARG多样性。值得注意的是，两株E. faecalis（C166与C175）在保守耐药岛（erm(A)-optrA-fexA与optrA-fexA-erm(A)-ant(9)-Ia）中携带线唑胺耐药基因optrA，其结构与人类临床菌株中报道的排列高度一致。这一发现直接 linking 环境与临床耐药基因的传播。

进一步，我们整合了来自中国多个生态储库的菌株（包括18株垃圾桶源、402株动物源、384株人源、162株环境源及122株食物源）进行系统发育分析，结果显示广泛的跨储库混合现象。基于单核苷酸多态性（SNP < 20）的传播网络分析更证实：垃圾桶分离株积极参与多方向的ARG传播，与动物、人类、环境和食品分离株存在直接遗传联系。

Conclusions

总而言之，我们的研究结果表明：中国城市公共垃圾桶中蕴藏着多样化的多药耐药肠球菌种群，它们积极参与耐药基因（ARG）在临床、动物、环境与食品储库之间的传播。垃圾桶分离株与其他生态位菌株之间紧密的基因组关系及共享的耐药谱，突显了城市垃圾环境作为抗生素耐药性的关键却被忽视的储库地位。这些见解强调了将城市废物管理节点纳入综合性One Health监测与干预策略的迫切需求。