商业仔猪养殖场中猪粪微生物组与耐药组的概述及其在牧草土壤中的应用

《Environmental Technology》：Overview of the microbiome and resistome of swine manure in commercial piglet farms and its application in grazing soils

抗性基因（ARGs）环境扩散的生物处理调控机制研究。巴西中西部三个猪场采集处理前后粪肥及土壤样本，通过元基因组测序发现：生物消化使处理猪粪ARGs总量减少，施肥土壤与未施肥土壤细菌群落相似度达97.3%，但未施肥土壤仍含382种ARGs，其中62%通过径流、尘埃或野生动物等环境途径传播。研究表明粪肥生物处理可降低ARGs环境负荷，但自然土壤本身已成为ARGs的稳定储存库，需结合抗生素使用监管和粪肥管理才能有效控制耐药基因扩散。

　　

摘要

通过农业中使用动物粪便，抗菌素耐药性基因（ARGs）在环境中的传播已成为一个严重问题。本研究调查了经过生物消化处理的猪粪对巴西中西部地区农业土壤中ARGs传播的影响。从三个养猪场收集了未经处理和处理过的猪粪、施肥土壤以及未施肥土壤的样本。通过宏基因组测序和生物信息学方法对这些样本中的细菌群落和ARGs进行了分析。所有农场中施肥土壤和未施肥土壤的细菌谱型高度相似。相比之下，生物消化处理显著减少了处理过猪粪中的ARGs总数。在施肥土壤中检测到的399个ARGs中，有67%也存在于未施肥土壤中，另有12%仅存在于处理过的猪粪中。未施肥土壤中存在大量ARGs这一现象表明，即使在未施用猪粪的地区，径流、灰尘或野生动物等环境传播途径也在塑造土壤耐药组（resistome）方面起着重要作用。这些发现表明，无论是否施用猪粪，土壤中的细菌和耐药组谱型都相对稳定。尽管未评估抗菌素残留物，但研究结果仍强调了负责任地使用抗生素和有效管理猪粪以减少环境中的ARGs传播的必要性。