高盐培养基中实验室顽固污染物——韩国节杆菌(Arthrobacter koreensis) RMB17菌株的全基因组测序与特性解析

来自美国海军研究实验室的研究人员针对高盐培养基中反复出现的实验室污染问题，开展了韩国节杆菌RMB17菌株的全基因组测序研究。通过牛津纳米孔技术完成3.4 Mbp基因组组装（GC含量65.88%，覆盖度165×），揭示了该菌株的耐盐机制与生物技术应用潜力，为环境污染防控和极端微生物资源开发提供重要数据支撑。

　　

研究人员报告了一株在高盐培养基中反复污染海洋细菌培养的放线菌——韩国节杆菌(Arthrobacter koreensis) strain RMB17的全基因组序列。该基因组采用牛津纳米孔技术(Oxford Nanopore)完成测序，总长度为3,456,255 bp，GC含量达65.88%，覆盖深度为165倍。

韩国节杆菌属革兰氏阳性好氧细菌，常见于土壤环境，因其能天然合成高附加值生物产物、具备生物修复能力，以及对干燥、UV辐射、高盐和营养胁迫的极端耐受性，已成为生物技术领域的重要研究对象。本研究中，RMB17菌株在培养海洋细菌Marinobacter atlanticus时被分离，其菌落呈圆形黄色，在BB培养基（含18.7 g/L Difco Marine Broth 2216、5.0 g/L胰蛋白胨、2.5 g/L酵母提取物和5.0 g/L氯化钠）上30°C培养两天后纯化。

基因组DNA通过Promega Wizard试剂盒提取，经RNase消化后使用Qubit 3荧光计定量。建库采用纳米孔连接测序试剂盒(v14 chemistry)，在MinION R10.4.1平台上进行无扩增长读长测序，获得165,967条 reads（N50=9,208）。使用dorado (v0.7.3)进行实时碱基识别，仅采用质量值>7的 reads 进行组装。

最终组装由Eurofins Genomics通过FLYE (v2.9.5)完成，获得单一环状contig。CheckM (v1.0.18)评估显示基因组完整度98.85%，污染率1.44%。TYGS系统发育分析表明RMB17与Arthrobacter citreus、A. caoxuetaonis和A. luteolus亲缘最近。通过GTDB-Tk (v2.3.2)计算与A. koreensis DSM 16760的ANI值为98.8%，dDDH值为94.1%。NCBI PGAP (v6.10)注释显示该基因组含3,113个蛋白编码基因、52个tRNA和13个rRNA。

附图展示了节杆菌属的系统发育树，通过FastME 2.1.6.1基于GBDP距离构建，揭示了RMB17与近缘菌株的进化关系、GC含量变异(64.54–66.03%)、δ统计量(0.08–0.161)、基因组大小(3.45–3.93 Mbp)及蛋白数量(3,140–3,692)的对比数据。

本研究由美国国防部研究与工程 Tri-Service Biotechnology for a Resilient Supply Chain项目资助。