孟加拉国中东北部犊牛源疙瘩皮肤病病毒(LSDV)全基因组解析及其流行病学意义

来自孟加拉国的研究人员针对疙瘩皮肤病病毒(LSDV)引起的犊牛高死亡率及特殊临床症状开展全基因组测序研究，成功获得一株源自现场爆发的LSDV/Fulbaria-25-MGH-BD完整基因组序列（150,723 bp），该序列与参考基因组一致性达99.90%，为疫苗研发和防控策略制定提供关键遗传学依据。

　　

疙瘩皮肤病病毒(Lumpy Skin Disease Virus, LSDV)是一种高传染性病原体，可引起牛和水牛的疙瘩皮肤病，主要通过节肢动物媒介传播。该病毒属于痘病毒科(Poxviridae)山羊痘病毒属(Capripoxvirus)，是具有包膜的双链DNA病毒，形态呈砖块状，尺寸约为293–299 nm × 262–273 nm，表面覆盖管状结构。其基因组约151 kbp，编码156种蛋白质。

2019年LSDV首次在孟加拉国报道后，已成为畜牧业的重要负担。近期该国病牛表现出独特的临床病理特征。本研究对源自孟加拉国迈门辛县Fulbaria地区（北纬24.6250°，东经90.2667°）现场疫情的LSDV/Fulbaria-25-MGH-BD进行了全基因组测序。

一例患病犊牛体表出现特征性大型结节。使用无菌手术器械采集坏死皮肤结节样本，在冷链条件下立即送实验室。通过组织匀浆制备病毒接种物，并保存于-80°C超低温环境。采用TIANamp Virus DNA/RNA Kit提取病毒DNA，使用Illumina NovaSeq X Plus平台进行下一代测序。

共产生3100万条读长。通过FastQC进行质量控控，使用Trimmomatic进行接头修剪和低质量读长剔除（滑动窗口大小4，最低平均质量值20，最短读长40 bp）。利用BBMap将质量过滤后的读长与牛(Bos taurus)参考基因组ARS-UCD2.0比对以去除宿主DNA，未比对读长通过BWA-MEM与LSDV参考基因组NC_003027（150,773 bp）进行比对。

经SAMtools排序索引后，使用BCFtools和VCFtools生成一致性基因组。最终通过Unicycler v0.5.1进行从头组装，并以参考映射作为验证指南确认真实单核苷酸多态性(SNPs)。参考映射显示深度覆盖达789倍，共有856,749条读长映射到病毒基因组，覆盖99.95%的参考基因组。使用Prokka完成基因组注释，所有分析均在Linux系统下以默认参数运行。

最终组装获得150,723核苷酸的单一重叠群，呈现完整LSDV基因组。经BLASTn比对显示，该基因组与参考基因组NC_003027和既往报道的孟加拉株PP756497.1分别具有99.90%和99.89%的一致性。GC含量为25.90%。该基因组预测了156个开放阅读框(ORFs)，包含了LSDV毒株的典型基因全套补体。

本研究获得的完整基因组为孟加拉国东北部近期LSDV疫情提供了关键遗传信息，对开发有效疫苗和控制策略具有重要意义。

研究由孟加拉科学院-美国农业部捐赠计划（第六阶段，项目编号：LS20）资助。