在物种水平上进行分类学描述，能够提升唾液和粪便样本中微生物群信息在推断样本沉积时间（TsD）方面的作用

《International Journal of Legal Medicine》：Species-level taxonomic characterization enhances the power of saliva and feces stain microbiota for inferring the time since deposition (TsD)

法医微生物学利用16S rDNA测序分析室内暴露3天内的唾液和粪便微生物群落变化，发现6小时内菌群稳定，24小时后主导菌群显著变化（唾液Streptococcus oralis↑，粪便Bifidobacterium adolescentis↓），湿度降低影响菌群丰度。构建属/种随机森林回归模型预测沉积时间，物种水平模型更准确（唾液MAE=0.30天，粪便MAE=0.56天），提示早期采样和环境记录对提升证据可靠性至关重要，物种标记在法医鉴定中具有应用前景。

　　

摘要

在犯罪现场准确识别体液痕迹并推断其沉积时间对于法医调查至关重要。法医微生物学被认为是应对这些挑战的一种有前景的方法。唾液和粪便作为犯罪现场常见的生物样本，其中含有丰富的细菌群落。因此，我们收集了暴露在室内环境中的唾液和粪便痕迹。为了模拟法医证据检验中通常遇到的时间间隔，我们将样本置于室内环境中短期暴露3天，并在第三天收集对照样本以模拟逮捕时间点。我们利用16S rDNA全长测序技术来分析微生物群落。结果显示，无论是唾液还是粪便样本，其微生物群落组成在0天和第3天时均保持稳定，在暴露6小时后没有显著变化。主要在暴露24小时后，优势菌群的相对丰度发生了变化，例如唾液中的Streptococcus oralis数量增加，而粪便中的Bifidobacterium adolescentis数量减少；这些变化在48小时和72小时后仍然保持稳定。湿度的降低似乎导致某些菌群数量减少，例如唾液中的Prevotella melaninogenica。这表明在案件发生后尽快收集体液痕迹样本并记录环境因素可能会提高证据的可靠性。此外，暴露后的唾液和粪便痕迹显示出不同的微生物组成特征，表明它们仍具有识别体液的潜力。这种差异主要源于各自的优势菌群。随后，我们分别基于属水平和种水平，使用随机森林回归算法构建了沉积时间（TsD）预测模型。结果表明，种水平的微生物标记物的预测效果更好，唾液和粪便预测模型的平均绝对误差（MAE）分别为0.30天和0.56天。这一发现表明，利用种水平的微生物标记物来确定体液痕迹的类型和沉积时间具有重要的法医价值。