毛细管与微柱阵列色谱柱在人细胞系蛋白质组分析中的性能比较研究

本研究针对色谱柱选择对蛋白质组分析的影响问题，由研究人员开展TMTpro18-plex标记的六种人细胞系比较实验，发现传统毛细管柱与微柱阵列柱(μPAC)在肽段/蛋白定量深度、重现性和分析参数(XCorr、信噪比等)均高度一致，证明μPAC可作为标准化替代方案，为基于等重标记(TMT)的蛋白质组学研究提供重要技术选择依据。

　　

色谱柱的选择显著影响蛋白质组分析结果，但系统性对比研究仍较为缺乏。本研究通过TMT^pro18-plex多重标记技术，对六种人细胞系的三重复样本进行全局蛋白质组分析，对比了传统火焰拉伸Accucore填充电毛细管柱与微加工柱阵列色谱柱(μPAC)的性能表现。结果显示：两种色谱柱在定量肽段/蛋白质的数量及重叠率、主成分分析（PCA）和层次聚类重现性、样本间相关性以及分析参数（如XCorr值、信噪比和峰分辨率）方面均高度一致。这表明μPAC作为一种标准化、高耐用性的微流控色谱柱，可替代传统拉锥毛细管柱，且不损失分析深度与定量准确性。尽管μPAC成本较高，但其操作简便、格式统一，为基于等重标签（isobaric tag）的蛋白质组工作流程优化提供了重要技术选择依据。