基于模板引导的集成对接策略推动蛋白质-配体复合物结构预测新突破

本研究针对CASP16中药物靶点的蛋白-配体复合物结构预测难题，开发了模板引导的集成对接策略。通过整合MODELER、AlphaFold3和AlphaFold-Multimer构建结构集合，结合PDB模板筛选与LSalign配体对齐技术，并采用ITScore评分函数进行能量评估。该方法在38支队伍中排名第4，为药物设计提供了高效计算解决方案。

　　

在第十五届蛋白质结构预测技术关键评估（CASP15）中首次引入蛋白质-配体复合物评估类别后，CASP16进一步将四组药物靶点设为超级靶点（super-targets），每个超级靶点包含同一蛋白质与不同配体的多重复合物。基于模板方法在CASP15中的卓越表现，研究团队采用模板引导的集成对接策略处理CASP16的配体（LG）任务：利用MODELER、AlphaFold3和AlphaFold-Multimer生成目标蛋白的结构集合，通过序列一致性、配体相似性和最大共同子结构（MCS）覆盖评分从蛋白质数据库（PDB）筛选可靠模板复合物。若存在模板，则使用LSalign进行配体三维对齐；无模板靶点则采用XDock与MDock预测结合姿态，最后基于知识型评分函数ITScore完成能量评估。该策略在CASP16的LG任务中表现优异，于38支参赛团队中位列第4。