基于Ion Torrent平台靶向HCV 5′-UTR短读长测序技术实现基因分型与亚变种鉴定的研究

本研究针对HCV高变异特性导致的病毒准种鉴定难题，开发了基于Ion Torrent平台的5′UTR靶向NGS方案。通过巢式RT-PCR扩增临床样本，成功实现HCV基因型3a亚型鉴定，并检测到频率达25%的低频iSNVs（如72/78/128位点），为资源有限地区的精准分子流行病学追踪和个体化治疗提供了可靠技术路径。

　　

丙型肝炎病毒(HCV)作为一种高变异的RNA病毒，其RNA依赖性RNA聚合酶缺乏校对功能，导致病毒在宿主体内产生显著变异，形成复杂的病毒准种群(quasispecies)。位于HCV基因组5′端的非翻译区(5′UTR)在不同基因型间高度保守，已成为临床基因分型的核心靶标。

本研究采用离子激流(Ion Torrent)技术平台，对HCV 5′UTR区域进行靶向短读长新一代测序(NGS)，旨在实现双重目标：精确划分病毒基因型并检测宿主内低频变异。通过对五例临床血浆样本进行5′UTR巢式RT-PCR扩增，并在Ion Gene Studio S5平台完成测序，获得200-300核苷酸的短读长序列。

经序列组装获得一致性序列后，研究人员系统分析了单核苷酸变异(iSNVs)、单核苷酸多态性(SNPs)及插入缺失突变(indels)。通过MEGA和Interactive Tree of Life进行的系统进化分析显示，所有分离株均聚集于基因3型，其亚型聚类特征明确指向3a亚型及其他基因型内变异。研究成功鉴定出14个SNPs和多个低频iSNVs（尤以第72、78和128位点最为显著，变异频率最高可达25%），充分证明了该方法在解析基因型与亚变种结构方面的卓越能力。

该策略显著提升了分子流行病学研究精度，为强效的传播链追踪提供了技术支撑，特别在资源有限的诊断环境中，为个体化治疗决策提供了关键科学依据。