链格孢菌ATCC 66981全基因组测序与从头组装揭示毒素生物合成基因簇

本研究针对产毒真菌Alternaria alternata ATCC 66981菌株，采用Illumina MiSeq平台完成全基因组测序和de novo组装，获得33 Mb基因组草图（56×覆盖度），通过antiSMASH预测到29个生物合成基因簇（包括产交替醇毒素的T1PKS簇），为解析该菌株毒素合成机制提供关键遗传基础。

　　

研究团队对产毒真菌链格孢菌（Alternaria alternata）标准菌株ATCC 66981开展了全基因组测序研究。该菌株是交替醇（AOH）、交变毒素（ATX）等重要霉菌毒素的主要生产者，同时也是危害多种农作物的植物病原体。通过Illumina MiSeq平台进行测序，采用SeqMan NGen软件完成_{de novo}组装，最终获得大小为33.00 Mb、覆盖度为56×的基因组草图，包含257个支架，N₅₀长度为393 kb，GC含量为51.5%。

研究通过BUSCO评估显示基因组完整性良好，获得1,634个完整单拷贝直系同源基因。为确认菌株分类地位，研究人员基于ITS、GDP、RPB2、Alta-1和EndoPG多个分子标记构建系统发育树，证明该菌株与A. alternata及A. tenuissima聚类。

利用antiSMASH真菌版本对次级代谢基因簇进行预测，共发现29个生物合成基因簇（BGCs），包括7个T1PKS簇、3个萜烯簇、5个NRPS簇、6个真菌RiPP样簇及多个其他类型基因簇。其中，与1,3,6,8-四羟基萘（T4HN）及交替醇生物合成相关的基因簇均显示100%序列相似性，与既往该菌株产毒实验数据高度吻合。此外，研究还发现一个可能与磺基转移酶功能相关的新基因（登录号：PP982769.1）。该基因组的解析为深入探索链格孢菌毒素生物合成途径及其调控机制提供了重要遗传资源。