基于线粒体动力学与线粒体自噬的弥漫大B细胞淋巴瘤预后基因鉴定:整合bulk与单细胞RNA测序的分析与验证

【字体: 时间:2025年10月10日 来源:Frontiers in Immunology 5.9

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  本综述通过整合bulk与单细胞RNA测序数据,系统性鉴定并验证了弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中线粒体动力学(MDRGs)与线粒体自噬(MRGs)相关的6个关键预后基因(TCF7、CEBPA、BBC3、GALR3、BMP8B、BAALC)。研究构建了具有高预测精度(AUC>0.8)的风险评分模型,揭示了其与肿瘤微环境(如M0巨噬细胞浸润)、m6A修饰(如YTHDC1介导的调控)及药物敏感性(如二氢睾酮)的关联,为DLBCL的精准预后评估和靶向治疗提供了新视角。

  
研究背景
弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)作为非霍奇金淋巴瘤的主要亚型,具有高度异质性和侵袭性,现有临床预后模型如国际预后指数(IPI)难以全面捕捉其生物学复杂性。线粒体作为细胞能量代谢和凋亡调控中心,其动态平衡(融合/分裂)和选择性自噬(线粒体自噬)在肿瘤发生发展中呈现双重作用,但它们在DLBCL中的具体机制和预后价值尚不明确。
研究方法
研究整合了GEO和TCGA数据库中的bulk RNA测序数据(GSE32018、GSE11318、TCGA-DLBCL)及单细胞RNA测序数据(来自heiDATA数据库),通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异表达分析筛选与线粒体动力学及自噬相关的候选基因。采用LASSO-Cox回归构建预后模型,并通过功能富集、蛋白互作(PPI)网络、免疫浸润分析、m6A调控网络及药物敏感性评估等多维度验证模型效能。单细胞数据用于解析B细胞分化轨迹及基因表达时空特征,最终通过RT-qPCR在临床样本中验证关键基因表达。
研究结果
  1. 1.
    关键预后基因鉴定
    通过WGCNA和差异表达分析交集筛选出98个候选基因,进一步经Cox回归和LASSO分析确定6个核心预后基因:TCF7(HR<1)、CEBPA(HR<1)、BAALC(HR<1)为保护性因子;BBC3(HR>1)、GALR3(HR>1)、BMP8B(HR>1)为风险因子。
  2. 2.
    功能与调控机制
    基因集富集分析(GSEA)显示这些基因显著富集于细胞因子-受体相互作用、溶酶体通路、核糖体及剪接体通路。构建的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络提示miR-1252-5p/NEAT1等分子可能参与基因调控,转录因子如SMC3、FOXM1亦直接靶向这些基因。
  3. 3.
    风险模型与验证
    风险评分模型在训练集(GSE11318)和验证集(TCGA-DLBCL)中均表现出良好预测性能(AUC>0.7),高风险组患者总生存期显著缩短。列线图整合临床参数(年龄、LDH比值、ECOG PS等)后进一步提升了预测精度。
  4. 4.
    肿瘤微环境与治疗响应
    高风险DLBCL特征包括M0巨噬细胞浸润增加、YTHDC1介导的m6A修饰失调及对二氢睾酮敏感性升高。药物筛选发现低风险组对富勒斯特朗等药物更敏感。
  5. 5.
    单细胞层面解析
    单细胞分析揭示B细胞为关键细胞类型,其分化轨迹中 prognostic genes 呈现阶段特异性表达(如TCF7在早期高表达,BBC3在晚期富集)。细胞亚群代谢特征显示IgE-MemB/PB亚群富集固醇代谢,GC-DZ(Cycling)亚群偏好核苷酸合成通路。
  6. 6.
    实验验证
    RT-qPCR证实CEBPA、BBC3、GALR3、BMP8B、BAALC在DLBCL临床样本中显著上调(P<0.05),TCF7下调趋势未达统计学差异。
研究结论
本研究首次系统性鉴定DLBCL中线粒体动力学与自噬相关的6个预后基因,并构建具有临床适用性的风险模型。这些基因通过调控溶酶体通路、免疫微环境重塑(如M0巨噬细胞)及m6A表观修饰参与疾病进展,为DLBCL的分子分型、预后预测及靶向治疗(如mitophagy抑制剂或m6A调节剂)提供了新策略。
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