基于液体活检的靶向NGS与多重dPCR检测乳腺癌ctDNA中ERBB2、ESR1和PIK3CA突变性能比较研究

本研究通过比较靶向NGS（PSS BC assay）与多重dPCR技术在检测转移性乳腺癌患者血浆cfDNA中ERBB2、ESR1和PIK3CA突变的表现，证实两种方法具有95%总体一致性和极高相关性（R2=0.9786）。研究突显了NGS技术在低频率突变检测（MAF低至0.14%-0.33%）中的可靠性，并为临床提供即用型多基因检测方案，对推动乳腺癌精准医疗（Liquid Biopsy）具有重要实践意义。

　　

Highlight

患者

本研究纳入32例HR⁺ HER2^?转移性乳腺癌（MBC）女性患者的血浆样本，这些患者均于2019年5月至2022年9月期间在法国雷恩Centre Eugène Marquis肿瘤内科接受治疗，并在疾病进展时前瞻性采集血液样本用于cfDNA提取（详见补充表S1）。

伦理声明

本研究及其方案符合法国法律规范，并获得当地机构伦理委员会批准（许可证号：RT-159）。所有患者均签署书面知情同意书。研究方法遵循《赫尔辛基宣言》标准。

结果

本研究对32份cfDNA样本进行检测，这些样本已通过CEM开发的多重dPCR assays对ERBB2、ESR1和PIK3CA突变进行过分析[6-8]。使用PSS BC NGS assay重新检测后，两种方法总体一致性达95%（90/95），44个突变检测结果高度相关（R2=0.9786）。值得注意的是，多重drop-off dPCR检测到的两个ESR1突变（p.D538N和p.536LYD>P）经NGS检测显示具有相似的突变等位基因频率（MAF）。此外，NGS还首次检出PIK3CA p.P539R突变，并通过新设计的dPCR assay得以验证。虽然样本17、20、21和22中存在cfDNA检测量不平衡（4.0-43ng）导致的低MAF（0.14%-0.33%）突变检测差异，但NGS展现出与dPCR相当的检测灵敏度。

讨论

本研究结果令人信服：PSS BC靶向NGS assay与多重dPCR assays在检测ERBB2、ESR1和PIK3CA突变时表现出高度一致性（95%）和强相关性（R2=0.9786）。5例差异案例均涉及低MAF突变（0.14%-0.33%），且与cfDNA检测量差异相关。尽管NGS成本较高，但这种小型靶向NGS panel能为特定临床问题提供快速、即用型解决方案，尤其适用于不具备多重dPCR开发能力的实验室。

结论

本研究证实PSS BC靶向NGS assay在液体活检中检测ERBB2、ESR1和PIK3CA突变的表现与多重dPCR assays相当，特别是在极低水平突变检测方面。该技术为实验室提供了新的选择，尤其适用于已具备NGS设备但缺乏dPCR开发经验的机构。未来需进一步探讨其在临床实践中的成本效益与标准化应用。