多组学细胞图谱开启作物生物技术新前沿：水稻单细胞多组学图谱揭示细胞类型特异性调控网络

本研究针对植物单细胞研究中转录组与染色质状态割裂的瓶颈，利用10x Genomics单核多组学技术构建了首个水稻多器官单细胞多组学图谱。通过对8个器官的11.6万个细胞核进行scRNA-seq和scATAC-seq联合分析，精准界定56种细胞类型，解析了细胞特异性基因调控网络，首次发现RSR1调控根皮层发育、OsF3H协调碳氮代谢、OsLTPL120决定产量等新功能，为作物精准育种提供了细胞水平的设计蓝图。

　　

在植物生物学领域，一个长期悬而未决的核心问题是：是什么决定了细胞的身份和功能？传统观点认为，不同细胞类型的差异主要源于基因表达模式的不同，但近年研究发现，染色质的开放状态（即染色质可及性）同样至关重要。它像一把“钥匙”，控制着基因是否能够被转录因子结合并启动表达。然而，由于技术限制，过去的研究大多只能“管中窥豹”——要么通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）观察基因表达，要么通过单细胞ATAC测序（scATAC-seq）探测染色质开放性，难以在同一细胞中将二者直接关联。这种割裂使得我们无法真正理解染色质状态如何精确指导基因表达，从而调控细胞的命运和功能。

为了突破这一局限，Wang等人近期在《Nature》上发表了里程碑式的研究成果。他们利用10x Genomics单核多组学技术，成功构建了首个水稻多器官单细胞多组学图谱。这项研究不仅以空前分辨率描绘了水稻细胞的“身份档案”，更直接揭示了基因表达与染色质状态之间的内在联系，为作物生物技术领域开辟了新前沿。

关键技术方法

研究团队从水稻的8个关键器官（包括根冠、茎秆、叶片、旗叶、茎尖、分蘖芽、穗和种子）中分离细胞核，采用10x Genomics单核多组学平台对超过11.6万个细胞核进行平行测序，同步获取每个细胞核的转录组（mRNA）和染色质可及性（ATAC）数据。通过生物信息学整合分析，构建了跨器官的细胞图谱，并进一步利用基因调控网络推断、转录因子 motif 富集分析、CRISPR-Cas9基因编辑、生理表型鉴定及跨物种比较等方法，深入解析了细胞特异性调控机制与农艺性状的关联。

研究结果

1. 构建高分辨率水稻细胞图谱

通过对8个器官的11.6万个细胞核进行多组学分析，研究团队成功鉴定出56个 distinct 细胞类型，包括叶肉、表皮、维管束等已知类型，以及一些此前未被识别的细胞亚型。跨器官分析表明，细胞类型（而非器官来源）是决定转录特征的主要因素。例如，来自叶片和旗叶的光合叶肉细胞聚集在一起，而功能相关器官间的转录程序更为相似。这证实了植物细胞的核心身份在不同组织间是保守的，而器官特异性程序则根据功能需求对这些身份进行微调。

2. 解析细胞类型特异性基因调控网络

通过整合染色质可及性区域（ACR）与转录组数据，研究团队直接重构了细胞类型特异性的基因调控网络（GRN）。他们在水稻基因组中识别出数万个ACR，并通过 motif 富集分析发现数百个转录因子（TF） motif 在特定细胞类型的ACR中显著富集。结合TF表达谱，预测了细胞类型特异性调控因子和候选主调控因子。

3. 发现隐藏的发育调控因子

一个突出例子是水稻淀粉调控因子1（RSR1）。该转录因子此前仅已知与淀粉代谢相关，但多组学分析显示其启动子可及性和转录水平在根皮层细胞中特异性富集，成为根皮层调控网络的核心枢纽。计算扰动分析预测RSR1活性改变会对根发育产生广泛影响。实验验证表明，rsr1突变体根系显著变长，皮层、表皮和维管细胞增大，揭示了RSR1在根细胞扩张中的新功能。

4. 揭示跨器官代谢协调机制

研究还阐明了全株代谢的协调机制。通过构建跨器官共表达网络，研究团队发现黄烷酮3-羟化酶编码基因OsF3H是碳氮代谢的意外整合者。OsF3H在叶肉和根维管细胞中特异性表达，暗示其连接叶片碳固定和根氮吸收的协调作用。CRISPR敲除OsF3H导致根短、叶窄、维管束变薄，光合速率和碳氮含量下降，证实了其作为根-冠代谢连接器的功能。

5. 连接细胞特征与农艺性状

该图谱首次实现了细胞类型特征与农艺性状的直接关联。通过将细胞类型共表达模块与根构型和产量的全基因组关联分析（GWAS）位点相关联，研究发现特定细胞类型携带与关键性状相关的转录程序。例如，脂质转移蛋白样基因OsLTPL120几乎仅在根皮层细胞中表达，与根系更长和更高产量的转录模块密切相关。CRISPR敲除突变体表现出更长的初生根、更高的株高、更多分蘖和最终产量提升，表明OsLTPL120是根系生长的限制因子，其缺失可促进更旺盛的根系从而支持更高产量。

6. 揭示发育背景与进化规律

图谱还强调了发育背景在解读单细胞数据中的重要性。研究在花分生组织细胞中发现了一个过渡状态，其染色质可及性特征类似分化花器官，而转录组仍接近未分生状态，反映了发育异步性。进化比较显示，仅约5%的基因在所有物种间具有保守的细胞类型表达模式，而约29%的基因为谱系特异性。保守基因多与基本细胞功能相关，如皮层细胞富集转运基因、内皮层细胞富集茉莉酸响应基因等，代表了植物细胞身份的“核心模块”。

结论与展望

Wang等人构建的水稻多组学细胞图谱是植物生物学领域的重大突破，不仅提供了高分辨率的细胞身份目录，更通过多组学整合揭示了从染色质到表型的调控路径。该研究发现了RSR1、OsF3H和OsLTPL120等新的重要调控因子，阐明了细胞身份保守性与谱系特异性适应间的平衡，为作物改良提供了新靶点和设计策略。未来，将单细胞多组学技术拓展至逆境条件、整合空间信息、探索发育转换机制，并应用于更多作物物种，将加速作物生物技术创新，为精准育种和韧性农业奠定坚实基础。