整合形态与系统基因组学破解Allium sect. Bromatorrhiza分类难题与系统发育冲突之谜

本研究针对Allium（葱属）Bromatorrhiza组长期存在的分类争议与系统发育冲突问题，通过整合转录组与质体基因组数据，从1993个低拷贝核基因与110个质体基因中构建高分辨率系统发育树。结果表明该组存在10个关键形态鉴别特征，确立Allium hookeri Alliance为单系类群，提升变种为独立种并发现新隐存种，揭示不完全谱系分选与网状进化是系统发育冲突主因，为解决该类群分类难题提供重要依据。

　　

通过整合形态学与系统基因组学（phylogenomics）数据，本研究成功揭示了葱属（Allium）Bromatorrhiza组中存在的分类难题、系统发育树之间的不一致性以及隐存种（cryptic species）现象。研究人员从代表该组全部物种的34份样本中获取转录组和质体基因组（plastome）数据，从中提取1993个低拷贝核基因（low-copy nuclear genes）与110个质体基因（plastid genes）进行系统发育重建。结果表明，Allium hookeri Alliance（AHA）被解析为包含7个物种的单系分支（monophyletic clade），研究人员将Allium hookeri var. muliense提升为独立物种A. muliense，并正式描述新发现的隐存种Allium xui。研究进一步证实该组内广泛的系统发育不一致性主要归因于不完全谱系分选（incomplete lineage sorting, ILS）和网状进化（reticulate evolution）。这些发现为厘清Bromatorrhiza组的分类界限和演化历史提供了关键证据。