瘤胃微生物组代谢调控：日粮干预对Nelore牛甲烷排放的功能基因组学机制研究

本综述通过宏转录组学揭示了日粮调控Nelore牛（Bos indicus）瘤胃微生物组功能表达与甲烷排放的关联机制。研究发现虽然常规日粮和副产物日粮未引起微生物分类学组成显著变化，但副产物日粮通过激活更多与低甲烷产生潜力相关的微生物功能（如还原性乙酰生成途径），为开发基于微生物代谢调控的甲烷减排策略提供了新视角。研究强调了通过RNA水平研究活性微生物组的重要性，并为热带畜牧业可持续发展提供了理论支持。

　　

ABSTRACT

日粮通过调节瘤胃微生物组的组成和活性来影响反刍动物的甲烷排放。然而，日粮如何影响关键热带肉牛品种Nelore牛（Bos indicus）瘤胃微生物组的功能能力仍不清楚。本研究利用宏转录组学研究了日粮中添加农工业副产物对活性瘤胃微生物组及其与残余甲烷排放（RME）关联的影响。对50头饲喂常规日粮或副产物日粮的Nelore牛的瘤胃样本分析显示，活性微生物组以细菌（88.4% ± 3.16%）和古菌（11.6% ± 3.16%）为主，但日粮间无显著分类学差异。尽管如此，功能分析鉴定了来自193条途径和3,512个基因家族的基因，日粮间存在独特的代谢特征。具体而言，6条途径和87个基因家族为常规日粮独有，而7条途径和210个基因家族为副产物日粮独有。每种日粮下富集的基因家族与残余甲烷排放的关联显示，在常规日粮下，两个基因家族的表达与甲烷排放呈负相关，而五个呈正相关。在副产物日粮下，鉴定出五个基因家族与甲烷排放正相关，14个负相关。这些结果表明，日粮改变了具有甲烷减排潜力的瘤胃微生物功能，而不影响分类学组成。

IMPORTANCE

理解日粮如何调控瘤胃微生物组的功能活性对于制定减少牛甲烷排放的策略至关重要。本研究为饲喂农工业副产物给关键热带肉牛品种Nelore牛（Bos indicus）如何重塑瘤胃微生物组的功能谱提供了新的见解。尽管未检测到分类学变化，但饲喂副产物日粮的动物表现出更多与较低甲烷产生潜力相关的微生物功能。这些发现表明，日粮驱动的微生物代谢调控可能有助于旨在减少甲烷排放的策略。此外，副产物的利用支持循环经济原则，增强了热带畜牧系统的可持续性和经济韧性。这项工作强调了通过RNA检查活性微生物组的重要性，而非仅仅分析不考虑微生物活性的分类学组成。它也有助于揭示微生物功能，以支持未来的甲烷减排和可持续饲养策略。

INTRODUCTION

随着全球人口预计到2050年将超过90亿，面临着越来越大的压力，需要采用更可持续和高效的生产实践，以最大化饲料原料的营养利用同时减轻环境影响。反刍动物，特别是占巴西牛群约80%的Nelore品种（Bos indicus），在支撑该国作为世界领先牛肉生产国和出口国地位方面发挥着关键作用。其对热带牧草的有效利用突显了其在推动热带地区更高效、可持续的牛生产系统方面的潜力。

在肉牛中，约70%的饲料能量用于维持，而仅20%转化为牛肉。这强调了优化饲料利用的重要性，因为它在能量和营养吸收中起着核心作用。瘤胃微生物群对于消化至关重要，产生挥发性脂肪酸和微生物蛋白，这些对牛的营养和生长不可或缺。此外，它调节甲烷排放，这可能代表高达摄入能量的12%的损失。饲料组成的改变可以驱动微生物组结构和功能的相应变化。例如，高纤维日粮促进能够有效降解纤维素和半纤维素的纤维素分解菌和纤维分解菌；然而，这种强烈的纤维发酵会产生过量的氢气，从而刺激产甲烷作用。相反，富含谷物的日粮有利于淀粉分解菌快速代谢可溶性碳水化合物，主要产生乳酸和丙酸，从而降低瘤胃pH值，进而抑制甲烷产生。

高通量组学技术（如宏基因组学和宏转录组学）的最新进展使得能够全面探索微生物组及其与宿主生理的相互作用。这些方法使得研究能够评估微生物群组成与生产性状之间的关联，以及日粮对微生物组的影响。然而，将饮食干预与Nelore微生物组联系起来的研究很少。我们的研究小组先前基于16S核糖体RNA基因测序和鸟枪法宏基因组测序研究了不同日粮处理下Nelore牛微生物组组分和生产表型的作用，揭示了微生物组多样性的显著差异，并确定了几个与表型（如饲料效率和甲烷排放）相关的属。尽管这两种方法极大地增进了我们对微生物种群组成和宿主-微生物组关联的理解，但它们有固有的局限性。16S rRNA基因测序提供有限的分类学分辨率和无功能信息，而鸟枪法宏基因组学无法区分活性和非活性微生物/基因。因此，通过诸如宏转录组学等方法研究微生物组的活性部分，可以更准确地理解不同日粮条件下微生物功能及其对宿主性能的影响。

尽管先前的研究调查了日粮对肉牛微生物组活性的影响，但迄今为止，日粮对Bos indicus瘤胃微生物活性的影响尚待探索。为解决这一空白，我们的研究率先使用宏转录组学评估了Nelore牛对日粮干预的瘤胃微生物组及其功能，包括在日粮中加入副产物。将农业和食品加工副产物（如谷物青贮、柑橘浆和油籽粕）纳入反刍动物日粮不仅使废物流增值，还降低了饲料成本和环境负担，优化了营养循环，并减少了对常规日粮的依赖。我们特别关注与甲烷排放相关的微生物功能，目标是识别可能通过日粮调控有助于降低环境影响的基因家族。

MATERIALS AND METHODS

动物研究和样本收集

所有实验程序遵循动物福利和人道屠宰指南，并获得了巴西圣保罗州圣卡洛斯Embrapa东南部畜牧科学动物实验伦理委员会的批准（协议号09/2016）。

实验在Embrapa东南部畜牧的饲养场设施中进行，涉及52头2014年出生、2016年屠宰的未去势Nelore公犊。这些动物是28头商业Nelore公牛的后代，平均每头公牛有1.78头后代。由于初始体重异质性，动物被分配到两个体重等级（重型：323 ± 17.2 kg；轻型：272.3 ± 35.8 kg）。重型和轻型动物在每个日粮组内均匀分配。饲养场实验持续90或121天，取决于初始体重。包括10天动物适应饲养场，重型动物29天和轻型动物55天的生长期，以及重型动物额外51天和轻型动物56天的育肥期。

研究还包括两种营养干预，即在整个饲养期间饲喂常规日粮和副产物日粮。特别是在收集生物样本的育肥期，第一组（常规组，n = 26）接受主流日粮，含有玉米青贮（46.5%）、豆粕（6.1%）、玉米粒（41.6%）、保护性脂肪（2.5%）、尿素（1.3%）和矿物质混合物（Confinatto N235 Agroceres Multimix；2.0%）。第二组（副产物组，n = 26）接受富含副产物的日粮，含有玉米青贮（30.0%）、花生粕（7.5%）、玉米胚芽粕（35.9%）、柑橘浆（24.0%）、尿素（0.5%）和相同的矿物质混合物（Confinatto N235 Agroceres Multimix；2.1%）。两种日粮处理的组成和营养水平见表S1。两个处理组都接受矿物质补充剂、活性干酵母、维吉尼亚霉素和莫能菌素。动物在23-24月龄时，经过16小时禁食禁水后屠宰，符合巴西农业、畜牧和食品供应部现行法规（常规组，448.97 ± 20.3 kg，副产物组，442.61 ± 43.2 kg）。每头动物屠宰后立即收集约50 mL瘤胃内容物，在液氮中速冻，并在-80°C储存直至RNA提取。本研究中使用的所有动物数据见表S2。

表型数据收集

在饲养场育肥期使用GreenFeed自动化系统（C-lock Inc., Rapid City, SD, USA）测量肠道甲烷排放。残余甲烷排放（RME）的计算使用以下方程：

ME_i = β₀ + β₁ (DMI_i) + RME_i

其中ME_i是动物i观察到的甲烷排放量；DMI_i是动物i预测的干物质摄入量（计算如参考文献18,19所述）；β₀是回归截距；β₁是DMI的偏回归系数；动物i的RME_i是残余甲烷排放，如参考文献23和24所提出，其中称为RMP_R。

RME进一步校正了实验效应。该模型分别考虑每种日粮的26头动物，并校正了当代组（CG），当代组定义为称重组（重体重和轻体重动物）和屠宰组（在不同日期屠宰的动物组）。这些校正通过SAS统计程序（SAS Institute, Cary, NC, USA, 2011）的MIXED程序实现，将称重组作为固定效应。对于该模型，考虑常规日粮时β₀ = 215.72，β₁ = -3.2782；考虑副产物日粮时β₀ = 162.17，β₁ = -0.3083。关于个体动物校正后的RME值的详细信息见表S2。

RNA提取和宏转录组测序

使用TRIzol（Invitrogen, Carlsbad, CA, USA）根据制造商的说明提取总RNA。具体地，对于约200 mg瘤胃内容物样本，使用1.5 mL TRIzol试剂、0.4 mL氯仿、0.3 mL异丙醇和0.3 mL高盐溶液（1.2 M乙酸钠和0.8 M NaCl）。分别使用Agilent 2100 Bioanalyzer（Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA）和Nanodrop 1000分光光度计（Thermo Fisher Scientific）测定RNA质量和数量。RNA完整性数大于7.0的RNA样本用于下游分析。每个日粮组的一个样本因RNA质量低而被排除，导致每组25个样本（常规组，n = 25；副产物组，n = 25）。

使用Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus（Illumina, San Diego, CA, USA）根据制造商的说明制备总RNA测序文库。纯化的文库在两个Illumina NextSeq测序运行（ESALQ基因组学中心，皮拉西卡巴，SP，巴西）上使用NextSeq P3流动槽进行200个循环（Illumina）（双端2 × 100 bp）测序。

宏转录组预处理和功能注释

使用FastQC v0.11.5检查原始读段的质量和接头污染。使用Cutadapt v3.7进行修剪步骤以去除低质量序列和接头序列，参数为“-q 10”。为消除rRNA和牛宿主污染物，使用SortMeRNA v.2.1b将修剪后的读段比对到SILVA和RFAM数据库，使用默认参数；随后，使用BBmap v34.08将读段比对到参考牛基因组组装ARS-UCD1.2（RefSeq组装登录号：GCF_002263795.1），使用选项“-outu”保存未比对的配对读段。

使用宏转录组学评估活性瘤胃微生物群

使用Kraken2对宏转录组读段进行物种分类，选项为“--paired --gzip-compressed --threads 24 --use-names --use-mpa-style”，并使用NCBI RefSeq数据库中完整的细菌和古菌集作为参考。在门、科和属水平上汇总细菌和古菌的分类学谱。接下来，使用MMUPHin（微生物组研究中异质性统一管道荟萃分析方法）中实现的批次校正模型（adjust_batch）校正分类学丰度，以解释与CG（由称重和屠宰组定义）相关的变异，使用默认参数。随后，使用LEfSe进行线性判别分析（LDA），以识别与不同日粮组相关的分类学特征。对于LEfSe分析，使用Kruskal-Wallis检验，显著性阈值P ≤ 0.05，LDA得分 > 2.0作为选择标准。

在α和β多样性水平评估微生物群落多样性。使用Shannon和Simpson指数估计每个宏转录组样本的α多样性。Shannon指数捕捉物种丰富度和均匀度，对稀有类群特别敏感。相反，逆Simpson指数（InvSimpson）更重视优势物种，反映同等丰富物种的有效数量。虽然Shannon从丰富度角度强调多样性，但逆Simpson突出群落均匀度和优势结构。为评估日粮组间α多样性的统计差异，应用成对Wilcoxon秩和检验。β多样性测量样本间微生物群落组成的差异。我们使用Bray-Curtis相异度评估β多样性，该指标基于样本间共享类群的相对丰度量化差异。使用主坐标分析（PCoA）进行排序以可视化这些差异。

从瘤胃宏转录组估计功能活性

使用HUMAnN3.0对宏转录组读段进行功能注释。我们使用来自相同动物瘤胃宏基因组数据的分类学谱作为HUMAnN3.0的额外输入，通过--taxonomic-profile标志优化分析的准确性和稳健性。对于功能注释，HUMAnN3使用DIAMOND比对器将读段映射到UniRef90和MetaCyc数据库，从而能够识别UniRef蛋白家族和微生物途径。使用“humann_regroup_table”模块基于四个数据库的参考集对识别的基因家族进行重新分组：4级酶分类（EC）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）直系同源（KO）、MetaCyc反应（RXN）和直系同源群簇（COG）。随后，我们使用humann_rename_table和选项“--names ec, --names kegg-orthology, --names metacyc-rxn, 和 --names eggnog”基于四个数据库重命名识别的基因家族。来自HUMAnN3的宏转录组丰度经过归一化以解释样本间测序深度的差异。在从HUMAnN3获得默认的RPK值后，我们使用humann_renorm_table实用程序与--units relab选项执行总和归一化，并将基因家族和途径丰度转换为相对丰度单位。这种归一化产生跨样本的可比比例，并用作下游统计分析的输入。在此聚合之后，使用MMUPHin中实现的批次校正模型（adjust_batch）校正功能谱，以解释与当代组（由称重和屠宰组定义）相关的变异，使用默认参数。将文件过滤为仅包括在超过20%的动物中存在的基因家族和代谢途径。

日粮对Nelore瘤胃微生物组基因表达的影响

为评估日粮对瘤胃微生物活性的影响，我们进行了基于Bray-Curtis相异度距离的主坐标分析。此外，生成Venn图分析以识别响应两种不同日粮处理表达的共同和独有代谢途径和基因家族。对于每个日粮组独有的功能，生成条形图以了解每种日粮特有的最高表达基因家族和代谢途径。

关于两种日粮共享的共同功能，如参考文献14,15所述，执行Wilcoxon秩和检验以确定日粮组间差异表达的EC、KO、RXN、COG和MetaCyc途径。为控制错误发现率（FDR），我们对每个数据库采用Benjamini-Hochberg调整P值（Padj）。统计显著性定义为Padj < 0.05。我们计算log₂折叠变化以估计日粮间这些差异模式的方向和强度，其中正值与常规日粮相关，负值与副产物日粮相关。应用幅度为1的log₂折叠变化阈值。

此外，根据其各自的代谢类别对功能进行分类和聚类。与无机离子和异生素代谢相关的功能被归类为“其他”。

微生物组基因家族与RME之间的关联

为调查日粮对与甲烷排放相关的基因表达的影响，选择每种日粮下差异表达或独有的基因家族用于以下分析。使用基于信息理论的偏相关（PCIT）方法将这些基因家族的表达水平与残余甲烷排放相关联，该方法能够识别基因家族表达与表型性状之间的显著关系。认为绝对值（|r|）≥ 0.2的关联是相关的。基于这些相关性，构建了日粮特异性相互作用热图，突出显示可能参与甲烷排放调节的基因家族。

RESULTS

宏转录组数据

从50个瘤胃样本共生成44.9亿条读段，每个宏转录组平均产量约为98.48 ± 6.93百万条读段（平均值±标准差；表S2）。在预处理步骤（涉及去除rRNA和宿主污染物）后，保留约18.0亿条高质量读段（每个宏转录组36.59 ± 4.78百万条读段）用于下游分析。

Nelore的活性瘤胃细菌和古菌群落

为探索两个日粮组间细菌和古菌微生物组的多样性，我们基于Kraken鉴定的属进行了α和β多样性分析（表S3）。α多样性表明日粮组间未观察到显著差异（FDR校正Wilcoxon检验：P > 0.05；图1a），涉及细菌和古菌多样性。此外，Bray-Curtis相异度分析后的主坐标分析显示日粮组间微生物组组成无清晰分离（图1b）。

巴西Nelore瘤胃微生物组的活性分类学组成被发现主要由细菌组成，平均占88.4%（±3.16%）。这种细菌优势伴随着一小部分对应于古菌的读段，平均占总读段的11.6%（±3.16%）。在门和科水平比较微生物组以识别区分日粮组的细菌和古菌类群（FDR校正Wilcoxon检验：P < 0.05）。然而，未观察到相对丰度谱的显著差异。最丰富的门是拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和广古菌门（Euryarchaeota），其次是螺旋体门（Spirochaetes）、放线菌门（Actinobacteria）和纤维杆菌门（Fibrobacteres）（图1c）。在科水平（图1d），在细菌域内，普雷沃氏菌科（Prevotellaceae）、毛螺菌科（Lachnospiraceae）、颤螺旋菌科（Oscillospiraceae）、密螺旋体科（Treponemataceae）、纤维杆菌科（Fibrobacteraceae）和拟杆菌科（Bacteroidaceae）最为突出。在古菌域内，主要科是甲烷杆菌科（Methanobacteriaceae）和Candidatus Methanomethylophilaceae。此外，使用LEfSe进行的线性判别分析（P ≤ 0.05，LDA得分 > 2.0）未揭示瘤胃中日粮组间任何显著差异丰富的属。

Nelore牛瘤胃微生物组中的活性途径和功能

基于HUMAnN3的进一步功能分析揭示了瘤胃微生物组的代谢途径和基因家族。在排除低流行率（流行率 < 20%）的结果并选择与代谢相关的功能后，我们检索到193条MetaCyc途径和660个EC、1,507个RXN、630个KO和715个COG，总计3,512个活性基因家族。Nelore牛瘤胃微生物组中活性途径和基因家族的表达分别见表S4和S5。此外，Bray-Curtis相异度分析后的主坐标分析显示日粮组间微生物组代谢途径无清晰分离（图2a）。

使用MetaCyc数据库的第一级，我们探索了Nelore牛瘤胃微生物组中活性代谢途径的丰度（图2b）。大多数鉴定到的途径与生物合成相关（130个实例），其次是降解、利用和同化（38个实例），前体代谢物和能量的生成（24个实例），和大分子修饰（1个实例）。基于MetaCyc数据库第二级的代谢途径丰度如图2c所示。生物合成途径显著代表，其中氨基酸、核苷和核苷酸、碳水化合物以及辅因子、载体和维生素的生物合成突出。此外，降解、利用和同化途径揭示了与核苷和核苷酸、羧酸盐、碳水化合物和氨基酸降解以及C1化合物利用相关的降解代谢谱。此外，考虑前体代谢物和能量生成类别，参与发酵和糖酵解的途径突出。

考虑Nelore牛瘤胃微生物组中的活性基因家族，Bray-Curtis相异度分析后的主坐标分析显示日粮组间无清晰分离（图3a）。关于功能类别，主要类别是基于COG和KEGG注释的碳水化合物、氨基酸和能量代谢。碳水化合物代谢成为最普遍的功能类别，有467个出现，其次是氨基酸代谢，有396个实例，能量代谢有364个实例。辅酶、辅因子和维生素以及核苷酸等类别也显示出显著活性，而脂质、无机离子和异生素（归类为“其他”）、次级代谢产物和聚糖的代谢代表最不活跃的类别。

日粮对Nelore瘤胃微生物活性的影响

为调查日粮对瘤胃微生物活性的影响，我们比较了饲喂常规日粮和副产物日粮动物中表达的代谢途径。该分析识别了两组间共同和独有的代谢途径（图4a）。与常规日粮独特相关的六条代谢途径涉及碳水化合物代谢（淀粉生物合成和糖原降解I）、氨基酸降解（4-氨基丁酸降解V）和短链脂肪酸的产生（己糖醇发酵为乳酸、甲酸、乙醇和乙酸以及4-氨基丁酸降解V）。此外，CDP-古醇生物合成途径的识别表明瘤胃中产甲烷古菌的活性（图4b）。相反，与副产物日粮独特相关的七条代谢途径主要与脂质、萜类、多胺和核苷酸代谢相关。这些包括香叶基香叶基二磷酸生物合成II和全反式法尼醇生物合成（均与萜类代谢相关）、（5Z）-十二碳烯酸生物合成II和全反式法尼醇（均与脂质代谢相关）、精氨酸和多胺生物合成的超级途径和多胺生物合成I的超级途径（均参与多胺代谢），以及嘧啶脱氧核糖核苷酸从头生物合成的超级途径（E. coli）（核苷酸代谢）（图4b）。

对两组日粮共享的180个功能（图4a）的差异表达分析显示，日粮组间无显著差异表达的代谢途径（Padj < 0.05；log₂折叠变化 > |1|），如图4c所示。日粮间共同和独有代谢途径的完整列表见表S6。

关于Nelore瘤胃中的基因家族谱，两组日粮间共有3,215个功能共享（图5a）。使用Wilcoxon检验和log₂折叠变化的统计分析显示，八个基因功能在日粮组间差异表达（Padj < 0.05；log₂折叠变化 > |1|）（图5b），其中四个在常规日粮中显示更高活性，四个在副产物日粮中显示更高活性（图5c）。

关于独有功能，常规日粮表现出87个独特功能，而副产物日粮包含210个独特活性功能（图5a）。日粮间共同和独有基因家族的完整列表见表S7。通过选择常规组（图6a）和副产物组（图6b）独有的15个最活跃功能，我们观察到Nelore瘤胃微生物组的代谢焦点根据日粮而变化。

在常规组中，微生物组表达的大多数功能与碳水化合物相关，反映了易发酵碳水化合物（例如淀粉和甘露糖（甘露聚糖内切-1,4-β-甘露糖苷酶））的发酵过程。相反，在副产物组中，观察到的微生物活性属于与复杂碳水化合物（如纤维素）分解相关的代谢途径。关于氨基酸代谢，常规日粮刺激了基因家族的表达，如L-天冬酰胺酶/古菌Glu-tRNAGln酰胺转移酶和二氨基丁酸-2-酮戊二酸转氨酶，这些与天冬氨酸和天冬酰胺以及甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢相关。在副产物组中，发现微生物活性集中在赖氨酸、精氨酸和色氨酸代谢上。脂质代谢也表现出两个日粮组间的不同谱。在常规组中，Nelore的瘤胃微生物组主要专注于脂肪酸的合成和加工。在副产物组中，瘤胃微生物组似乎更专注于脂质化合物的修饰和适应。

关于辅因子和维生素的代谢，我们的结果显示，饲喂常规日粮的动物其微生物组活性集中在硫胺素（维生素B1）的代谢上。而饲喂副产物日粮的动物则普遍存在与叶酸（维生素B9）代谢相关的基因家族。此外，常规日粮具有更多与辅因子（如甲烷蝶呤）生物合成相关的功能表达。

日粮对与残余甲烷排放相关的基因表达的影响

使用PCIT方法进行的基因家族表达与RME之间的相关性分析显示，在饲喂常规日粮的动物中，有8种酶与RME显著相关（图7a），在副产物日粮下的动物中有19种（图7b）。值得注意的是，虽然两种日粮都包括与增加甲烷排放相关的酶的表达，但副产物组有更多与减少甲烷排放相关的酶。

关于常规日粮，我们的结果显示，两种酶的表达，ABC型钼酸盐转运系统（COG0725）和N-乙酰氨基葡萄糖脱乙酰酶（COG2120），与RME呈负相关（图7a）。相反，六个基因家族，对应四种不同的酶，其表达与RME正相关（图7a）：GDP-6-脱氧-D-塔罗糖4-脱氢酶、（E）-4-羟基-3-甲基丁-2-烯基二磷酸合酶、高丝氨酸激酶和甘露聚糖内切-1,4-β-甘露糖苷酶。

在副产物日粮中，我们鉴定出五个基因家族，对应四种不同的酶，其表达与残余甲烷排放正相关（图7b）：腺苷钴胺素磷酸鸟苷酰转移酶、甘油-3-磷酸胞苷酰转移酶、吡哆醛5-磷酸合酶和L-山梨糖1-磷酸还原酶。此外，11种酶（14个基因家族）与残余甲烷排放负相关（图7b）：ABC型金属离子转运系统、ABC型Na⁺外排泵、芳基硫酸酯酶A、核苷酸二磷酸酶、四氢叶酸合酶、甘油酸脱氢酶、腺嘌呤脱氨酶、3-脱氢奎尼酸脱水酶I、二氢叶酸合酶/叶酰聚谷氨酸合酶、sirohydrochlorin镍螯合酶和钼蝶呤合酶催化亚基。

DISCUSSION

在本研究中，我们使用宏转录组学研究了两种不同日粮（常规或副产物日粮）如何影响Nelore牛的瘤胃微生物组。与分类学或基因内容方法不同，宏转录组学捕捉活性基因表达，揭示微生物对日粮的功能响应。我们的分析揭示了与日粮相关的微生物组成和功能变化，包括特定基因家族与甲烷排放的关联。据我们所知，这是首个Nelore牛瘤胃的宏转录组学研究。

分类学分析显示日粮间多样性或分类学谱无显著差异，表明日