奶酪源Brevibacterium linens MA5基因组草图揭示林诺霉素M18细菌素基因簇

来自丹麦技术大学国家食品研究所的研究人员对从Danbo奶酪中分离的Brevibacterium linens MA5菌株进行基因组测序，获得3.7 Mb基因组草图（含3,369个CDS、8个rRNA、47个tRNA和3个ncRNA）。通过基因组挖掘发现其携带编码林诺霉素M18的细菌素基因簇，为开发天然食品防腐剂提供理论基础。该研究通过Illumina NovaSeq X Plus平台完成测序（测序深度35.6×），经CheckM评估基因组完整度达94.18%。

　　

研究人员从丹麦布林克布罗地区（北纬56.3796°，东经9.6403°）的Danbo奶酪表皮中分离得到一株Brevibacterium linens MA5菌株。该菌株在奶酪成熟过程中通过水解酪蛋白（casein）促进凝乳软化和风味物质形成。

通过脑心浸液（BHI）培养基30°C培养24小时后，采用DNeasy血液和组织试剂盒提取DNA。经Illumina NovaSeq X Plus平台进行双末端150 bp测序，获得1190万条原始读数。使用fastp 1.0进行质控后，剩余1170万条读数（平均长度149 bp）通过Unicycler v.0.5.0组装获得114个重叠群，总长度3.7 Mb，N50为106.6 kb。

基因组GC含量为64.5%，包含3,369个蛋白质编码序列（CDS）、8个核糖体RNA（rRNA）、47个转运RNA（tRNA）和3个非编码RNA（ncRNA）。通过TYGS分析显示与Brevibacterium linens ATCC 19391的dDDH值为70.8%，fastANI v1.34计算平均核苷酸一致性为93.99%。利用antiSMASH 8.0和BAGEL4进行基因组挖掘，发现一个编码林诺霉素M18（linocin M18）的潜在细菌素（bacteriocin）基因簇。

该研究由丹麦绿色发展与示范计划（GUDP）项目SOLVED（项目号34009-23-2129）资助，测序工作由德国诺和基因（Novogene）完成。所有生物信息学分析均采用软件默认参数。