印度红辛迪牛基因组多样性扫描与选择信号解析：揭示其抗逆性及高产性的遗传基础

印度研究人员通过ddRADseq技术对96头红辛迪牛进行基因组分析，揭示该品种具有高多态性SNPs（0.956）、中等核苷酸多样性（π=0.215±0.114）和低MAF（0.149±0.128）。研究发现有效种群大小（Ne）在13代内从2387骤降至125.9，鉴定出490个正选择区域包含1282个基因，涉及繁殖（RHOU、MND1）、生产（DOK6、NPFFR2）、免疫（BOLA-DYA/DMB）和热适应（HSPA14、NOD2）等相关基因，为热带牲畜遗传改良提供宝贵资源。

　　

印度红辛迪牛作为著名乳用品种，以其在热带气候下的顽强适应性和卓越产奶性能而闻名。本研究采用双酶切限制性位点关联DNA测序(ddRADseq)技术对96个个体进行全基因组扫描，系统解析了该品种的遗传多样性特征与自然选择印记。分析显示：多态性SNP比例高达0.956，核苷酸多样性处于中等水平(π=0.215±0.114)，而次要等位基因频率(MAF=0.149±0.128)整体偏低。种群历史分析表明，有效种群大小(N_e)在近13个世代中呈现急剧下降趋势（从2387锐减至125.9），暗示该品种可能经历遗传瓶颈，亟需加强保护措施。

通过综合运用Tajima's D、复合似然比(CLR)、整合单倍型评分(iHS)和纯合片段(ROH)等多种分析方法，研究团队成功鉴定出490个受正选择的基因组区域，这些区域涵盖1282个功能基因，并与574个数量性状位点(QTL)存在显著关联。功能注释分析揭示这些基因涉及多个重要生物学过程：包括繁殖调控相关基因(RHOU, MND1)、生产性状相关基因(DOK6, NPFFR2)、免疫应答相关基因(BOLA-DYA和BOLA-DMB)以及环境适应相关基因(HSPA14, NOD2, GCLC, RPS19BP1)。特别值得注意的是，多个主要组织相容性复合体(MHC)II类基因受到选择压力，印证了该品种强大的免疫防御能力；而热应激响应基因的发现则从分子层面解释了红辛迪牛对极端高温的耐受机制。这些发现充分证明了该品种强大的环境适应性与疾病抵抗能力，凸显其作为珍贵遗传资源在挑战性环境中改良畜牧生产的重要价值。