韩国牛岛海洋塑料(PET)废弃物与海泡中真菌多样性探索及两新种(产孢 Leptospora 与海洋塑料 Neodevriesia)的发现

【字体: 时间:2025年10月12日 来源:Mycobiology 2

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  本研究系统探索了韩国牛岛潮间带PET塑料废弃物与海泡中的真菌多样性,通过多基因系统发育分析与形态学鉴定,揭示了45个分类单元(包括2个新种和5个韩国新记录种),凸显了人为与短暂海洋生境作为独特真菌资源库的生态价值,为海洋真菌在有机质降解、生物地球化学循环及微生物互作中的潜在功能提供了新见解。

  
引言
海洋微生物在维持海洋生态系统功能中扮演关键角色,尤其参与有机质降解、碳氮生物地球化学循环以及与其他海洋生物的相互作用。尽管浮游植物、细菌和古菌已得到广泛研究,海洋真菌仍相对未被充分探索。近年研究开始强调海洋真菌的生态重要性,但其多样性和功能在不同海洋环境中差异显著,许多生境仍研究不足。本研究聚焦两个未被充分探索的沿海生境——塑料废弃物(PET)和海泡,旨在揭示其真菌多样性及生态意义。
塑料污染是主要环境问题,塑料在海洋生态系统中持久存在,形成独特的塑料圈微生物生态系统。海泡是另一种动态海洋生境,由有机和无机物质高浓度聚集形成,可能成为短暂的微生物热点。本研究从韩国牛岛潮间带采集PET塑料废弃物和海泡样本,探究其真菌群落组成及潜在新物种。
材料与方法
采样与真菌分离
样本采集自韩国牛岛潮间带。PET样本取自水下岩石间并被大型藻类覆盖,经无菌海水(SSW)清洗后,切割成1×1 cm片段,置于含SSW和陶瓷珠的冷冻管中,通过涡旋振荡分离附着真菌。悬浮液涂布于四种培养基:马铃薯葡萄糖琼脂(PDA)、海洋琼脂2216(MA)、含1%低密度聚乙烯的MA(LMA)以及含1%低密度聚乙烯的最小盐琼脂(LMS)。海泡样本使用50 mL锥形管收集,避免海水摄入,4°C保存并于3天内涂布于MA、Dichloran Rose Bengal Chloramphenicol(DRBC)琼脂和酵母蛋白葡萄糖琼脂(YPDA)。所有分离平板在室温培养1-3周,纯化后保存于首尔国立大学真菌保藏中心(SFC)。
DNA提取、PCR扩增与测序
菌丝体经陶瓷珠破碎后,使用AccuPrep基因组DNA提取试剂盒提取DNA。内部转录间隔区(ITS)使用引物ITS1F和ITS4扩增,用于初步鉴定。其他基因标记包括大亚基核糖体RNA(LSU)、肌动蛋白(ACT)、钙调蛋白(CaM)、几丁质合成酶1(CHS-1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、微小染色体维持复合体组分7(MCM7)、RNA聚合酶II第二大亚基(RPB2)、翻译延伸因子(TEF1)和部分β-微管蛋白(TUB2),用于精确物种鉴定。PCR产物经纯化后测序,序列在Geneious Prime中编辑。
系统发育分析
序列使用MAFFT比对,TrimAl修剪,PartitionFinder选择模型,RAxML构建最大似然树(1000次 bootstrap重复)。对于未通过FunVIP处理的 taxa(如 Metarhizium 和 Neodevriesia),手动在Geneious Prime中进行系统发育分析。最终树图使用Affinity Publisher编辑。
形态学观察与生理测试
新种和未记录种在PDA、MEA、OA、PCA和合成营养贫瘠琼脂(SNA)上培养,观察菌落和孢子结构。为模拟海洋条件,使用含3.5% NaCl的PDA培养基。酵母菌株在YPDA培养5天后,用API 20C AUX系统评估生化特性。
结果
从PET废弃物(42株)和海泡(46株)中共分离88株真菌,鉴定为45个分类单元(35属),其中36种属于子囊菌门(Ascomycota),8种属于担子菌门(Basidiomycota),1种属于毛霉门(Mucoromycota)。PET废弃物中分离22个分类单元,海泡中分离24个,仅 Parengyodontium torokii 为两生境共有。
系统发育分析显示,三个分类单元形成独特分支(100% bootstrap支持),包括 Geotrichum sp.、Leptospora sp. 和 Neodevriesia sp.,支持其为新种。多个 taxa 因遗传标记不一致或分类复杂性未能精确鉴定到种级。菌株SFC20250301-M059与 Phomatospora biseriata 和 P. uniseriata 序列一致,基于命名优先原则鉴定为 P. biseriata。类似地,SFC20250301-M070鉴定为 Remotididymella capsici。
五个物种(Anthracocystis heteropogonicola、Cladosporium pruni-salicina、Jattaea algeriensis、Parengyodontium torokii 和 Phomatospora biseriata)为韩国新记录种,其中前四种分离自海泡,仅 P. biseriata 来自PET废弃物。
新种分类学描述
Leptospora conidiifera sp. nov.
该种基于多基因分析和形态特征描述为新种,其名称反映其为 Leptospora 属中首次报道产分生孢子的特性。菌落在PDA上生长快速(55-72 mm/2周),明显快于其他已知种(如 L. hydei 和 L. rubella)。形态特征包括分隔分枝的菌丝体、单生分生孢子梗以及链状或单生的 Muriform 分生孢子。
Neodevriesia oceanoplastica sp. nov.
该种分离自PET废弃物,名称源于其海洋塑料生境。菌落生长缓慢(PDA上9-14 mm/2周),在黑暗和UV光下均未观察到分生孢子结构,与近缘种 N. strelitziicola 在 RPB2 区域有89-90 bp差异。
其他新记录种形态描述
包括 Anthracocystis heteropogonicola、Cladosporium pruni-salicina、Jattaea algeriensis、Parengyodontium torokii 和 Phomatospora biseriata 的详细菌落形态、生理生化特性及与原始描述种的比较。海洋菌株在生长速率、色素产生和孢子形态方面显示一定变异。
讨论
本研究揭示了PET塑料废弃物和海泡作为海洋真菌多样性新资源库的潜力。尽管样本量有限,但 high taxonomic diversity 突出这些生境的生态价值。从PET中分离的许多真菌(如 Cladosporium、Rhodotorula、Fusarium)此前报道具有塑料降解能力,而海泡独特群落可能由高温促进的浮游植物华及有机质释放塑造。
系统发育分析揭示多个新分类单元,并强调 Phomatospora 和 Remotididymella 等属的分类学挑战,需未来整合研究解决。新种 Leptospora conidiifera 和 Neodevriesia oceanoplastica 的发现扩展了对这些属在海洋环境中形态与遗传多样性的认知。
真菌在海洋生态中可能扮演多重角色,如 Cladosporium 增强珊瑚热耐受,Purpureocillium 适应高压深海环境并具杀线虫活性,Rhodotorula 在基因组和代谢水平适应海洋环境。这些功能暗示海洋真菌主动参与生态系统过程,而非被动存在。
结论上,本研究通过探索两个未被重视的沿海生境,丰富了海洋真菌多样性记录,并为理解其在生物地球化学循环、塑料降解及环境适应中的功能奠定基础。未来需结合培养组学、宏基因组学及功能实验,进一步揭示海洋真菌的生态与应用潜力。
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