一种新的与顺铂耐药性相关的lncRNA特征的鉴定及其实验验证，用于预测肺腺癌的预后和免疫反应

《Clinical and Translational Oncology》：Identification and experimental verification of a novel cisplatin resistance-related lncRNA signature for predicting prognosis and immune response in lung adenocarcinoma

本研究通过GEO和TCGA数据库分析，发现23个顺铂耐药相关基因及507个lncRNA，其中ARAP1-AS2、LINC01843和LINC02198经RT-PCR验证，构建的风险评分模型可预测LUAD患者生存，低风险/高TMB患者生存最佳，且TIDE算法显示免疫微环境差异。

　　

摘要

背景

顺铂（CDDP）耐药性是一个亟待解决的临床问题。通过新的生物标志物识别对免疫疗法有反应的CDDP耐药性肺腺癌（LUAD）患者，对于改善生存结果至关重要。

方法

从GEO数据库中的A549细胞的RNA-seq数据中鉴定出CDDP耐药相关基因。从TCGA获取了LUAD患者的RNA测序数据、基因突变信息以及临床数据。患者被分为训练组和验证组。使用LASSO和多变量Cox回归方法建立了预后模型，并在两组中进行了验证。通过肿瘤突变负荷（TMB）、免疫活性分析以及功能富集分析（GO、KEGG）来探讨lncRNA与CDDP耐药性之间的关联。

结果

从GEO数据中鉴定出23个与CDDP耐药性相关的基因。共表达分析发现了507个与CDDP耐药性相关的lncRNA。Cox回归分析确定了3个与CDDP耐药性相关的lncRNA：ARAP1-AS2、LINC01843和LINC02198。RT-PCR验证了这些lncRNA及其代表性mRNA（KIF21B、B3GNT3、PLXNA2）。根据中位风险评分对患者进行分层后，发现高风险组的总体生存（OS）显著较差，死亡率较高。单变量/多变量Cox分析证实风险评分是一个独立的预后因素。构建的预后模型能够预测LUAD患者的生存结果。低风险患者的TMB显著低于高风险患者，而低风险/高TMB患者的生存情况最佳。Tumor Immune Dysfunction and Exclusion（TIDE）算法显示不同风险组在免疫功能障碍、CD8⁺ T细胞、癌相关成纤维细胞（CAF）和肿瘤相关巨噬细胞（TAM-M2）方面存在显著差异。

结论

这三个与CDDP耐药性相关的lncRNA（ARAP1-AS2、LINC01843和LINC02198）可作为LUAD的可靠预后生物标志物。这些发现为免疫治疗策略和个性化治疗的发展提供了见解。