系统发育验证比利时COVID-19接触者追踪精准度的创新方法研究

本文提出一种结合基因组学与系统发育分析的新型评估框架，通过分析奥密克戎（Omicron）BA.1/BA.2变异株在大学群体中的传播链，验证接触者追踪（CT）程序的精准度（34.6%未矛盾事件占比），为公共卫生决策提供关键质量评估工具。

　　

亮点

• 开发新型分析流程，通过系统发育学验证接触者追踪（CT）精准度

• 在459对病例-接触者中，34.6%的CT推测传播事件未被基因组分析否定

• 奥密克戎BA.1与BA.2变异株在大学群体中存在独立传播链

• 提出精准度指标量化CT程序可靠性，支持公共卫生资源分配

材料与方法

分析流程包含六个核心步骤（图1）：首先基于接触者追踪数据构建病例-接触者对，随后通过全基因组测序确定SARS-CoV-2变异株类型，对同变异株配对进行时间校准系统发育树构建，最后通过单核苷酸多态性（SNP）差异与系统发育聚类一致性综合评估传播事件合理性。

接触者追踪精准度

研究针对比利时鲁汶大学学生在奥密克戎BA.1与BA.2流行期间的传播动态进行分析。在459对CT配对中，141对涉及不同变异株感染（排除传播可能性），最终218对BA.1与100对BA.2配对进入系统发育验证。通过计算同簇聚集率与SNP差异阈值（≤2个核苷酸差异），发现34.6%的CT推测事件未被基因组证据否定。

讨论

基因组分析可在社区层面揭示多重毒株引入与并行传播链现象。本研究证明系统发育学能有效识别CT中的错误关联（如独立引入事件），同时强调精准度指标对优化CT策略的价值。低精准度结果反映社交网络复杂性可能导致的传播链误判，建议将基因组验证纳入CT质量监测体系。

资助声明

研究获弗拉芒研究基金会（FWO）等项目支持（编号G0E1420N、101094685等）。

作者贡献声明

JT与CG负责数据核查与验证；FG提供资源与数据管理；SLH负责生物信息学分析；GB与SD指导研究设计与系统发育分析；所有作者参与文稿审阅与定稿。

生成式AI技术使用声明

作者使用OpenAI的ChatGPT（GPT-4架构）辅助科学写作与代码优化，并对内容完整性全权负责。

利益冲突声明

作者声明无竞争性财务利益或人际关系影响研究结果。

致谢

感谢GISAID平台数据共享者与技术支持人员。