苹果TCP转录因子家族全基因组鉴定及MdTCP21调控枝条分枝的功能解析

《Plant Physiology and Biochemistry》：Genome-wide identification and characterization of TCP family in apple ( Malus domestica Borkh.) and functional analysis of MdTCP21 in shoot branching

本研究通过全基因组分析鉴定苹果TCP家族成员，揭示I类成员MdTCP21通过响应细胞分裂素（CTK）和生长素动态平衡，与MdWUS互作正向调控枝条分枝的分子机制，为果树株型改良提供新靶点。

　　

Section snippets

Genome-wide identification and characterizations of MdTCP genes in apple

从拟南芥信息资源库（TAIR）获取24个TCP家族成员蛋白序列，通过本地BLASTp（E值<10^-5）对苹果基因组（GDDH13_v1.1）进行比对，使用CD-HIT去除冗余基因。

Identification of MdTCP genes in apple

在GDDH13_v1.1基因组中鉴定到34个MdTCP基因，根据染色体位置重命名为MdTCP1至MdTCP34。与基于旧版基因组v1.0鉴定的52个成员相比，新版基因组质量显著提升，注释更准确。

Discussion

苹果理想株型与光能捕获、营养利用和空间效率密切相关。TCP转录因子在叶片发育、花器官形成（Steiner et al., 2012a）、衰老（Huang and Irish, 2015）、枝条分枝（Aguilar-Martínez et al., 2007）和激素信号转导（González-Grandío et al., 2016）中起关键作用。

Conclusion

本研究在GDDH13 v1.1基因组中鉴定出34个MdTCP基因，系统分析了其染色体分布、蛋白结构、保守基序、进化关系、复制事件、启动子顺式元件和组织表达模式。通过CTK和去顶处理下的表达谱分析，揭示了参与枝条分枝调控的差异表达基因。