棕榈酰化相关长链非编码RNA作为肝细胞癌预后生物标志物与免疫调节因子的鉴定研究

《Hormones & Cancer》：Identification of palmitoylation-related lncRNAs as prognostic biomarkers and immune modulators in HCC

语 本研究针对肝细胞癌（HCC）死亡率高、免疫治疗疗效有限的临床难题，聚焦棕榈酰化（Palmitoylation）这一可逆脂质修饰过程，通过TCGA数据分析筛选出关键棕榈酰化相关长链非编码RNA（lncRNA）NRAV与AL031985.3，构建预后模型。研究发现高风险患者呈现Treg细胞增多、免疫检查点分子（如PD-1、CTLA-4）高表达等免疫抑制表型，且模型联合肿瘤突变负荷（TMB）可提升预后预测准确性。qRT-PCR验证显示两lncRNA在HCC组织中显著上调。该研究为HCC免疫治疗靶点开发提供了新视角。

　　

肝细胞癌（HCC）是全球死亡率排名第二的恶性肿瘤，约占原发性肝癌的90%。其高复发率、治疗耐药性及早期诊断标志物的缺乏，导致患者预后极差。近年来，尽管HCC分子机制研究取得进展，但驱动其发展的关键因素仍未完全阐明。长链非编码RNA（lncRNA）作为基因表达的关键调控因子，在肿瘤增殖、转移及免疫调节中发挥重要作用。与此同时，蛋白质翻译后修饰如棕榈酰化（Palmitoylation）——通过将棕榈酸连接到半胱氨酸等氨基酸上，调控蛋白定位、稳定性及信号传导——在肿瘤进展中的作用日益受到关注。然而，棕榈酰化相关lncRNA在HCC中的功能尚不明确。

为揭示棕榈酰化相关lncRNA在HCC预后与免疫调控中的作用，研究团队基于癌症基因组图谱（TCGA）数据库，整合转录组、突变及临床数据，通过共表达分析筛选出244个与棕榈酰化相关基因显著关联的lncRNA。进一步利用LASSO-Cox回归构建预后模型，最终确定NRAV与AL031985.3为核心分子。模型将患者分为高风险与低风险组，高风险组总体生存率显著更低。功能富集分析显示，差异表达基因主要富集于细胞周期、PI3K-AKT信号通路、细胞外基质重构及免疫炎症反应等通路。免疫浸润分析表明，高风险组Treg细胞、CD8⁺ T细胞及树突状细胞浸润增加，且免疫检查点基因（如PDCD1、CTLA4、LAG3）表达上调，提示免疫抑制微环境特征。此外，肿瘤突变负荷（TMB）与风险评分结合可进一步优化预后分层。通过qRT-PCR验证，NRAV与AL031985.3在HCC组织中表达显著高于正常肝组织，证实其临床相关性。

研究主要采用以下关键技术方法：基于TCGA数据库的转录组与突变数据分析、棕榈酰化相关lncRNA的共表达筛选、LASSO-Cox回归模型构建、免疫细胞浸润评估（ssGSEA算法）、TMB计算及临床样本qRT-PCR验证（样本来源：HCC患者手术标本及健康器官捐献者肝组织）。

3.1 棕榈酰化相关基因在HCC中的差异表达与生存关联

分析显示，PPT1、PPT2、LYPLA1、LYPLA2及多数ZDHHC家族成员在HCC组织中显著上调，且高表达与不良预后相关。

3.2 棕榈酰化相关lncRNA预后模型的构建与验证

模型在训练集、测试集及整体队列中均能有效区分患者生存差异，高风险组NRAV与AL031985.3表达显著升高。

3.3 列线图模型的建立与评估

列线图整合临床特征与风险评分，显示1、3、5年生存预测校准曲线贴合实际结果，C-index为0.683。

3.4 差异表达基因的功能富集分析

高风险组基因富集于细胞增殖、免疫应答及炎症通路，低风险组则以代谢通路为主。

3.5 高低风险组的免疫特征比较

高风险组免疫抑制功能（如T细胞共抑制、MHC-I信号）增强，且免疫检查点分子表达普遍上调。

3.6 肿瘤突变负荷与风险评分的关系

TMB与风险评分无显著线性相关，但高TMB联合高风险组患者预后最差。

3.7 棕榈酰化相关基因与lncRNA的qRT-PCR验证

NRAV在HCC组织中显著上调，AL031985.3呈上升趋势；12个棕榈酰化相关基因在肿瘤组织中表达升高。

本研究首次构建了棕榈酰化相关lncRNA预后模型，揭示NRAV与AL031985.3通过调控免疫微环境影响HCC进展的潜在机制。模型不仅为预后分层提供了新工具，其与免疫检查点分子及TMB的关联提示了联合免疫治疗的可行性。尽管存在回顾性数据依赖及功能机制未验证等局限，该研究为HCC的免疫调节靶点开发提供了重要理论依据，尤其为棕榈酰化与lncRNA交互作用的临床转化研究开辟了新方向。