LncRAnalyzer：基于RNA-Seq的长链非编码RNA发现新流程及其在植物中的精准鉴定

《The Plant Journal》：LncRAnalyzer: a robust workflow for long non-coding RNA discovery using RNA-Seq

本研究针对长链非编码RNA（lncRNA）鉴定过程中易混杂蛋白编码序列的难题，开发了集成八种过滤策略的自动化流程LncRAnalyzer。该工具通过重训练60个物种的预测模型，在高粱RNA-Seq数据验证中表现出优越性能，并能追溯植物lncRNA的转座子元件（TE）起源，为非编码RNA研究提供更精准高效的解决方案。

　　

长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）作为缺乏蛋白编码能力的重要转录本类别，具有表达量低且模式多样的特点。为准确区分lncRNA与蛋白编码基因，研究团队开发了搭载60个物种重训练模型的自动化流程LncRAnalyzer。该工作流通过八种独立方法层层过滤，显著降低lncRNA鉴定中混杂蛋白编码转录本的风险。基于真实RNA-Seq数据和高粱已知lncRNA与CDS序列的十倍交叉验证表明，其模型性能优于现有方法。流程输出包含展示各方法鉴定结果的UpSet图、共有lncRNA及其分类、非蛋白编码转录本（NPCT）以及表达量表。与LncPipe、LncEvo等四种主流流程的基准比较证实，LncRAnalyzer在lncRNA预测中更具全面性、易用性和准确性。该工作流还通过APTEdb的转座子元件（TE）注释，精准追溯植物lncRNA的TE起源。