综述：2024年从人类临床标本中分离出的新分类单元及修订分类学状态更新

本综述系统梳理了2024年有效发表及修订的与人类临床标本相关的细菌分类学进展，旨在为医学微生物学实验室的常规工作（如菌种鉴定、药敏试验）提供关键参考。内容涵盖52个命名学要素（40个新分类单元、12个修订分类单元），重点介绍了具有临床意义的菌种（如Staphylococcus brunensis sp. nov.、Providencia huashanensis sp. nov.）及其表型特征、耐药性（如碳青霉烯酶基因）和临床相关性，并对既往报道菌种的临床意义进行了更新（如Gardnerella属非vaginalis种与细菌性阴道病的关系）。

　　

引言

对原核生物新分类单元和修订分类学知识的掌握，有助于医学微生物学实验室的常规运作以及与重要利益相关者（如临床医生、感染控制人员）的沟通。本文旨在提供临床微生物学实验室工作者能够综合并（如有需要）整合到常规临床实验室实践中的数据，讨论仅限于这一总体目标，并提供与重大修订和潜在高度重要微生物相关的额外临床信息（如果在原始出版物中发现）。本文综述了2024年发表的与人类临床材料相关的52个值得关注的命名学要素（40个新分类单元和12个个分类学修订）。

材料与方法

有效描述的类群是指那些经过广泛多相表征、拥有代表性模式菌株并被证明不拥有同义词类群的新微生物物种。根据国际原核生物系统学委员会的规定，与原核生物物种相关的新分类单元和修订分类单元的有效发表必须满足《国际原核生物命名法规》（International Code of Nomenclature of Prokaryotes, ICNP）规定的要求。一个分类单元的正式生效使其名称可用于Bacteria和Archaea域的名称命名。

有效发表的一个条件是，新物种的拉丁双名和描述性特征在《国际系统与进化微生物学杂志》（International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, IJSEM）上发表。所需信息还必须包括模式菌株储存在两个不同国家的公认培养物集合中的证明。作为在IJSEM以外期刊发表研究的替代方案，研究可以在另一期刊发表，如果满足新名称有效发表的具体要求，随后可被纳入IJSEM的验证名录（Validation List）。验证名录每年出版六次。

本文筛选了2024年1月至12月期间IJSEM发表的所有期刊（包括六期验证名录），手动搜索了描述新的、有效发表的物种分类学或已接受的分类学命名变化的原始文章。为了保持一致性，仅包括具有“正确名称”分类学状态的命名（根据《具有命名地位的原核生物名称列表》（List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, LPSN）策划的数据）。

结果与讨论

新分类单元

2024年报告了多个从人类来源分离的新细菌物种，按革兰氏形态和需氧生长要求（当完全提供时）分类汇总。

革兰氏阳性球菌

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  Dolosigranulum savutiense sp. nov.：分离自博茨瓦纳母亲-婴儿对的鼻咽拭子，临床意义未确定。
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  Staphylococcus brunensis sp. nov.：分离自捷克共和国的耳部、胆汁和伤口脓液，与中耳炎和伤口感染相关，对多种抗生素敏感（如头孢西丁、克林霉素、庆大霉素），但对青霉素和红霉素耐药。
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  多个新Streptococcus物种：如Streptococcus suis subsp. hashimotonensis subsp. nov.，分离自日本一名被野猪咬伤患者的伤口感染，患者出现发热、寒战和化脓性伤口，该亚种具有Lancefield A群抗原。

革兰氏阳性杆菌

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  Cellulomonas endometrii sp. nov.：分离自法国一名患有复发性早期流产和子宫内膜异位症患者的子宫内膜活检组织，可能与该患者的子宫内膜炎症有关。
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  Nocardia implantans sp. nov.：分离自中国患者的痰液，与肺部感染相关，呈现多重耐药特性。

革兰氏阴性杆菌和球杆菌

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  Enterobacter pseudoroggenkampii sp. nov.：分离自中国住院患者的脓和痰标本，与糖尿病足溃疡和肺炎相关，对氨苄西林等耐药，但对庆大霉素、亚胺培南等敏感。
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  Providencia huashanensis sp. nov.：分离自中国患者的腹部引流液、尿液和脑脊液，与医院获得性切口感染、尿路感染和颅内感染相关，携带多个编码碳青霉烯酶、超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）、质粒介导的喹诺酮耐药（PMQR）和氨基糖苷类修饰酶（AMEs）的基因，呈现广泛耐药。
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  Serratia sarumanii sp. nov.：分离自德国患者的伤口和尿液标本，患者有急性期反应物水平升高和白细胞增多。
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  Stenotrophomonas forensis sp. nov.：从被污染的病毒运输培养基管中分离，是Stenotrophomonas maltophilia复合体中的一个新成员。
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  Bartonella tamiae sp. nov.：最初于2008年从泰国患者血液中分离，是泰国首例经培养确认的巴尔通体病患者病原体，患者有发热、皮疹等症状。

专性厌氧菌

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  多数新厌氧菌物种分离自健康人或患者的粪便样本，临床意义大多未确定。例如：
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    Faecalimicrobium dakarense gen. nov., sp. nov. 分离自塞内加尔一名患胃肠炎儿童的粪便。
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    Neglectibacter timonensis gen. nov., sp. nov. 分离自一名2型糖尿病女性的粪便。
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    Selenobaculum gibii gen. nov., sp. nov. 分离自一名克罗恩病患者的粪便。
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  部分新物种分离自阴道样本，如Peptoniphilus genitalis sp. nov. 和 Mobiluncus massiliensis sp. nov.，但其与细菌性阴道病或性传播感染的关系未明确。

分类学修订

2024年也接受了一些细菌分类单元的修订：

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  Kocuria polaris 被修订为 Kocuria rosea subsp. polaris comb. nov.，而部分K. rosea菌株被修订为Kocuria rosea subsp. rosea comb. nov.。
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  Bacillus badius 被重新分类为 Pseudobacillus badius comb. nov.。
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  Lactobacillus delbrueckii subsp. sunkii 被重新命名为 Lactobacillus delbrueckii subsp. allosunkii nom. nov.。
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  Chlamydophila caviae 被重新归类为 Chlamydia caviae comb. nov.，回归Chlamydia属。
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  Clostridioides mangenotii 被划入新属 Metaclostridioides，成为 Metaclostridioides mangenotii comb. nov.。

近期归因及额外临床意义

本综述还对过去Journal of Clinical Microbiology分类学汇编中提及的、当时临床意义不明确的13个分类单元提供了临床相关性的更新：

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  Butyricimonas paravirosa 和 Dielma fastidiosa：近期文献报道了它们与伴有胃肠道合并症的菌血症相关。
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  Lachnoanaerobaculum 属物种（如L. orale, L. umeaense）：在血液系统恶性肿瘤患者中引起菌血症的病例报道增多。
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  Gardnerella 属的非vaginalis物种（如G. leopoldii, G. piottii, G. swidsinskii, G. greenwoodii, G. pickettii）：研究发现这些物种在细菌性阴道病（bacterial vaginosis）患者中的流行率和负荷量显著高于非细菌性阴道病患者，但它们并非细菌性阴道病的特异性标志物。
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  Chimaeribacter arupi：在德国一名婴儿和阿根廷一名患者中引起菌血症和腹部脓毒症的病例报道。
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  Eikenella halliae：通过宏基因组下一代测序（metagenomic next-generation sequencing, mNGS）在中国一名肺癌术后患者中被诊断出引起脓胸。
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  Pandoraea commovens：在德国一家大学医院及其附属心脏中心的非囊性纤维化重症患者中暴发流行。
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