遗传性视网膜病变变异分类的历史演变及其对临床基因检测的影响分析

《Ophthalmic Epidemiology》：Measuring historical variant reclassification in inherited retinal disease and its impact on clinical genetic testing

本综述系统评估了遗传性视网膜疾病（IRD）领域变异分类的历史演变与临床检测一致性，揭示了ACMG/AMP指南应用中22.2%的儿科队列分类差异率和ClinVar数据库从23.6%升至36.6%的差异率。通过RPE65基因案例深度解析，指出主观性判读、实验室差异和指南局限性是影响基因治疗（如Voretigene neparvovec-rzyl）精准实施的关键瓶颈，为优化IRD特异性变异分类标准提供重要循证依据。

　　

引言

遗传性视网膜疾病（IRD）是一组由基因突变导致视网膜变性进而引发功能性视力丧失和进行性失明的遗传性疾病。这类疾病具有显著的临床和遗传异质性，其临床表现既可表现为孤立性视网膜病变，也可作为综合征的一部分累及其他器官系统。下一代测序（NGS）技术的出现通过多基因panel检测提高了IRD的诊断率，但诊断率仍徘徊在30%–70%之间。2015年，美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）和分子病理学协会（AMP）联合发布了序列变异分类指南，建立了五级分类系统（致病性/P、可能致病性/LP、意义不明确/VUS、可能良性/LB、良性/B），旨在规范变异解读流程。然而，各实验室在指南基础上衍生的内部规则降低了解读过程的透明度，导致变异分类不一致性（即两个及以上实验室对同一变异分类存在分歧）问题日益突出。这种分歧可能直接影响IRD患者获得基因靶向治疗（如针对RPE65基因的Voretigene neparvovec-rzyl疗法）的资格，凸显了优化IRD变异分类体系的紧迫性。

材料与方法

研究团队从芝加哥Ann & Robert H. Lurie儿童医院筛选出28名患有玻璃体视网膜营养不良的儿科参与者，对其既往基因检测报告中涉及的142个序列变异进行盲法重新分类。依据预先设定的统计学效能分析，最终纳入140个符合ACMG/AMP指南解读条件的变异。重新分类过程严格遵循ACMG/AMP框架，并整合CADD、MutationTaster、Polyphen2、SIFT等多重算法形成共识预测，其中REVEL评分阈值参考Pejaver等人研究设定。良性证据BS1的次要等位基因频率（MAF）截断值设定为1%。为评估宏观层面差异，研究还分析了2019年12月2日和2022年1月3日两个时间点ClinVar数据库中RPE65基因的分类数据。分类一致性定义为原始分类与重新分类完全一致或仅置信度差异（如LP与P），而跨类别变化（如P/LP降级为VUS/LB/B）则视为不一致。

结果

在儿科队列中，变异重新分类的不一致率为22.2%（31/140）。Cohen's kappa值为0.662，表明分类一致性具有统计学显著性。不一致变异中，48.4%（15/31）为原P/B类别与VUS之间的相互转化，另有48.4%（15/31）为VUS降级为LB/B。值得注意的是，2015–2017年期间报告的变异不一致率从32.4%降至6.1%，提示ACMG/AMP指南的标准化应用有助于减少分歧。在ClinVar数据分析中，RPE65基因变异的不一致率从2019年的23.6%上升至2022年的36.6%，且存在多重声明的变异中差异尤为显著（2019年13/17，2022年64/101）。例如，NM_000329.3(RPE65): p.(Ala132Thr)变异在2022年仍有提交者将其分类为VUS，尽管已有新证据更新。

讨论

本研究揭示的22.2%不一致率对IRD临床管理具有多重影响：原P变异降级为VUS可能使患者失去基因治疗资格，而B变异升级为VUS则可能重新引发患者焦虑。时间效应分析表明，ACMG/AMP指南发布前的缺乏标准化是早期差异的主要来源。然而，指南本身的主观性应用仍是持续差异的核心因素。例如，NM_002693.3(POLG): p.(Gly268Ala)变异因功能研究证据冲突，研究团队将PS3证据强度降级支持级，而另一实验室则直接应用BS1（MAF截断值主观设定）将其分类为LB。此外，指南未明确指定计算工具（如PP3/BP4准则的算法选择），导致不同实验室使用不同资源得出相反结论。IRD的遗传异质性进一步限制了ACMG/AMP通用指南的适用性，如PVS1准则在致病机制未明确的新基因中适用性有限，PP4准则因表型重叠难以应用于高异质性疾病。

结论

本研究证实IRD变异分类存在显著历史差异，且随基因检测普及呈加剧趋势。解决这一难题需多层面努力：加强临床基因组资源（ClinGen）专家小组制定的疾病特异性规则（如RPE65 VCEP规范）的应用推广；推动计算工具使用标准化；深化IRD致病机制理解以优化ACMG/AMP指南在本领域的应用。通过提升分类一致性，可显著增强基因检测对IRD患者管理的临床效用，特别是为基因疗法等精准治疗提供可靠分子诊断基础。