加拿大安大略南部野禽源烟曲霉菌株基因组测序揭示其与野禽死亡相关性

《Microbiology Resource Announcements》：Genome sequences of Aspergillus fumigatus strains isolated from wildfowl in Southern Ontario, Canada

本研究由加拿大研究人员开展，针对侵袭性曲霉病(IA)在野禽中的致病机制及防控问题，通过对4株从安大略南部野禽分离的烟曲霉菌(A. fumigatus)进行全基因组测序。研究通过表型与系统发育分析确认菌株致病性，发现真菌感染与野禽死亡率存在关联，为禽类IA的病原溯源和抗真菌耐药性研究提供重要基因组资源。

　　

研究人员公布了从加拿大安大略南部野生动物康复中心采集的感染野禽中分离出的四株烟曲霉(Aspergillus fumigatus)的基因组序列。通过表型和系统发育评估确认了烟曲霉感染，表明真菌感染与野禽死亡率之间存在相关性。

侵袭性曲霉病(IA)是由曲霉属(Aspergillus)真菌引起的感染，影响人类和动物包括鸟类。此类感染对宿主健康有严重影响，且抗真菌药物耐药性上升限制了当前治疗的疗效。本研究从加拿大安大略南部野生动物康复中心提交的四只疑似IA的野禽中分离出烟曲霉。标本包括一只雄性鹗(分离株：AfB2)、一只雌性游隼(分离株：AfB6)以及一只雄性(分离株：AfB7)和一只雌性(分离株：AfB8)宽翼鹰。

在禽类呼吸道(如肺和气囊)中，从曲霉病样病变处采集组织样本。样品在含有0.8克钢珠(2毫米)和1毫升磷酸盐缓冲盐水(PBS)的微量离心管中，使用子弹混合器进行匀浆，进行2次×5分钟的循环。通过将匀浆液系列稀释(10², 10¹)后接种在酵母蛋白胨葡萄糖(1%酵母提取物，2%蛋白胨，2%葡萄糖，1.5%琼脂)平板上，于30°C培养7天，对真菌生长进行视觉评估并鉴定曲霉属菌种。培养物产生了典型的曲霉属绿色霉菌样菌落。接着，将初始培养物的拭子接种在马铃薯葡萄糖琼脂(PDA; 20%马铃薯浸液，2%葡萄糖，1.5%琼脂)上，于37°C培养5天。生长充分后，使用5毫升PBS-Tween-20制备分生孢子重悬液。使用真菌/酵母基因组DNA提取试剂盒从分生孢子悬液中提取基因组DNA。使用Illumina DNA Prep试剂盒和定制的IDT 10 bp独特双索引制备Illumina测序文库，目标插入片段大小为280 bp。在Illumina NovaSeq X Plus测序仪上进行一次或多次多重共享流动池运行测序，产生2×151 bp的双末端读长。除非另有说明，生物信息学工具均使用默认参数。使用bcl-convert v4.2.4进行解复用、质量控制和接头修剪。使用Unicycler v0.5.0进行短读长组装，并使用Quast v5.2.0记录分析结果。使用Funannotate v1.8.15对基因组进行注释，并启用InterProScan和eggnog mapper。

这些烟曲霉菌株的基因组序列已在GenBank中公开，登录号分别为：JBJNTG000000000 (AfB2)、JBMETL000000000 (AfB6)、JBJNTF000000000 (AfB7) 和 JBJNTE000000000 (AfB8)。原始读长已存入序列读长档案(SRA)，登录号分别为：SRX28067732 (AfB2)、SRX28067733 (AfB6)、SRX28067734 (AfB7) 和 SRX28067735 (AfB8)。