基于形状的化学探针用于研究活细菌中preQ1与RNA的相互作用

《ACS Chemical Biology》：SHAPE-Based Chemical Probes for Studying preQ1–RNA Interactions in Living Bacteria

通过开发基于icSHAPE的preQ1探针，实现了活细菌中RNA-小分子相互作用的高效富集与结合位点定位，为RNA靶向药物开发提供新方法。

　　

研究细胞内的RNA与小分子之间的相互作用对于推进RNA靶向药物发现至关重要。特别是，能够同时识别与小分子结合的RNA并确定其在复杂细胞环境中结合位点的化学探测技术，将是实现成功从先导化合物到临床候选药物的转化所必需的关键技术。以小分子代谢物preQ₁及其对应的核糖开关RNA作为模型，本文描述了一种填补这一技术空白的化学探测策略。基于已建立的RNA酰化化学方法（即通过引物延伸技术（icSHAPE）实现的体内点击选择性2′-羟基酰化），我们开发了一种基于icSHAPE的preQ₁探针，该探针在preQ₁核糖开关报告基因实验中仍能保持生物学活性，并能够从活细菌细胞中有效富集preQ₁核糖开关RNA。此外，我们还通过突变分析（MaP）技术确定了该探针修饰后的核糖开关RNA上的preQ₁结合位点。随着对快速评估RNA与小分子之间靶向和非靶向相互作用的需求不断增长，这种化学探测策略为研究细胞内的RNA与小分子相互作用提供了有效方法，为未来RNA靶向治疗药物的研发奠定了基础。