健康人皮肤来源的Glycinophilum棒杆菌S209菌株基因组草图解析及其皮肤微生物组意义

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome of Corynebacterium glycinophilum S209 isolated from healthy human skin

本文报道了从健康女性额头皮肤分离的Glycinophilum棒杆菌S209菌株基因组草图，通过全基因组测序（WGS）和生物信息学分析（包括BV-BRC平台、Unicycler组装、Pilon抛光等），获得高质量基因组（大小3.61 Mb，GC含量64.6%，污染率4.32%），为研究该菌在皮肤微生物组的生态角色提供资源。

　　

ABSTRACT

Corynebacterium glycinophilum（Glycinophilum棒杆菌）是棒杆菌属中一个研究较少的物种，尽管此前已在乳制品和人类皮肤微生物组中被鉴定。最近，我们从一名健康女性的皮肤中分离出一株菌株，本文展示了该分离株C. glycinophilum S209的基因组草图。

ANNOUNCEMENT

Corynebacterium glycinophilum于2015年首次被提出，描述了一株从腐烂香蕉中分离的菌株（1）。随后，在成熟奶酪的宏基因组组装基因组（MAGs）和人类皮肤样本中鉴定到该物种。最近，我们通过皮肤拭子分离到一株C. glycinophilum，并通过全基因组测序进行 taxonomic identification（分类学鉴定）。

研究参与者为芝加哥洛约拉大学的学生，自述为健康女性，且6个月内未使用抗生素。每位参与者用提供的棉签（BD BBL CultureSwab）在额头中部擦拭60秒，随后将拭子存入Amies培养基。采样后1小时内，拭子在培养基中搅动并挤压，然后涂布于甘露醇盐（MS）琼脂平板，在35°C、5% CO₂条件下培养24小时。选择形态 distinct 的菌落，转入MS肉汤，相同条件培养。此过程重复进行以纯化分离株。DNA提取使用DNeasy Blood and Tissue kit（Qiagen），遵循Gram-positive bacteria（革兰氏阳性菌）protocol。文库构建由SeqCoast使用Illumina DNA Prep tagmentation kit和unique dual indexes完成，测序在Illumina NextSeq2000平台进行，使用300-cycle flow cell kit（2×150 bp reads）。数据交付前，使用DRAGEN v3.10.12（Illumina）进行demultiplexing、trimming和run analytics。

测序产生9,395,192条raw reads，随后使用BV-BRC v3.51.7网络工具的“auto”选项进行处理和组装（2）。首先，使用trim_galore v0.6.5dev进行trimming，通过bbnorm v37.60进行normalization，使用Unicycler（v0.4.8）组装（3），随后用Pilon v1.24进行两轮polishing（4）。公开的基因组序列通过NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline v6.10进行注释（5）。基因组统计由BV-BRC计算。Taxonomic identification通过BV-BRC对raw reads进行taxonomic binning，并通过JSpeciesWS（6）计算draft genome与物种唯一代表菌株C. glycinophilum AJ 3710（GCF_000626675.1）之间的average nucleotide identity（ANI，平均核苷酸一致性）进行确认。提交至NCBI时，使用CheckM v1.2.3（7）计算completeness（完整性）和contamination（污染）指标。除非另有说明，所有软件均使用default parameters（默认参数）。

表1列出了基因组的assembly statistics（组装统计）。菌株S209与C. glycinophilum AJ 3710的ANI为98.10%。虽然多种Corynebacterium物种在面部皮肤中丰富存在（8），但需要进一步研究以确定C. glycinophilum是该环境的resident（常驻）还是transient（ transient）成员。

TABLE 1 Genome assembly statistics for C. glycinophilum S209

Genome Attribute	C. glycinophilum S209
Assembly length (bp)	3,609,534
No. of contigs	28
Contigs N50 (bp)	239,860
Coverage (x)	227.95
G + C (%)	64.6
# genes	3,416
# tRNAs	51
Completeness (%)	99.28
Contamination (%)	4.32

ACKNOWLEDGMENTS

我们感谢同意为本研究提供样本的参与者。

DATA AVAILABILITY

该全基因组鸟枪法（Whole Genome Shotgun）项目已存入GenBank，登录号为JBPFAP00000000。本文描述的是第一个版本。原始测序数据已存入NCBI的SRA数据库，登录号为SRR34298189。

REFERENCES

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