PRKCE::ETV6融合基因作为T细胞急性淋巴细胞白血病新型致癌驱动因子的发现与功能表征

《Molecular and Cellular Pediatrics》：Characterization of a PRKCE::ETV6 fusion as a potential oncogenic driver in T-cell acute lymphoblastic leukemia

本研究针对T-ALL基因异质性强、驱动突变和微小残留病（MRD）标记缺乏的临床难题，通过靶向基因组捕获高通量测序（gc-HTS）技术筛查229例儿科T-ALL样本，发现包括新型PRKCE::ETV6在内的60个基因融合事件。功能实验证实PRKCE::ETV6能诱导细胞因子非依赖性增殖，为近早期T细胞前体（ETP）-ALL提供了新的驱动突变机制和潜在MRD标记。

　　

T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）是一种侵袭性血液恶性肿瘤，尽管近年来儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）的生存率已显著提升，但T-ALL患者仍面临较高的治疗失败和复发风险。这一困境主要源于T-ALL极高的基因异质性和缺乏有效的靶向治疗选项。更棘手的是，约20-30%的T-ALL病例，特别是早期T细胞前体（ETP）-ALL这一高危亚型，由于缺乏免疫球蛋白（IG）或T细胞受体（TR）基因重排，难以找到稳定的分子标记用于微小残留病（MRD）监测，导致治疗反应评估和风险分层困难重重。

面对这一挑战，Monsees等人在《Molecular and Cellular Pediatrics》上发表的研究，通过系统分析T-ALL中的基因融合事件，发现了一个具有转化潜能的新型融合基因PRKCE::ETV6。研究人员利用靶向基因组捕获高通量测序（gc-HTS）技术对229例儿科T-ALL样本进行筛查，在25%的患者中鉴定出60个基因融合事件，其中9个为罕见或此前未知的融合。特别引人注目的是，在一个近ETP-ALL病例中发现的复杂染色体易位，同时产生了PRKCE::ETV6和ETV6::INO80D两个融合转录本。

功能实验显示，PRKCE::ETV6融合蛋白能在Ba/F3前B细胞和D1 T细胞中诱导白细胞介素非依赖性增殖和增强生存能力，而ETV6::INO80D单独表达则无此效应。这一发现不仅揭示了PRKCE::ETV6作为ETP-ALL致癌驱动因子的潜力，还为其基因组断点作为MRD标记的应用提供了理论依据。

研究团队采用了几项关键技术方法：通过靶向gc-HTS对229例德国CoALL试验中心（2003-2023年）的儿科T-ALL样本进行基因融合筛查；利用定量实时PCR（qPCR）和Sanger测序验证融合转录本；通过慢病毒转导在Ba/F3和D1细胞系中异源表达融合基因进行功能验证；使用患者特异性引物和探针进行回顾性MRD监测。

患者特征

研究纳入了229例儿科T-ALL患者，男女比例不均衡（女性65例，男性173例），平均诊断年龄为9.4岁（范围1.1-18岁），平均白细胞计数为64.3/nl（范围1-900）。

基因-基因融合

在25%的患者（57/229）中鉴定出60个基因融合事件。最常见的融合是STIL::TAL1（17%，38/229），其次是NUP214::ABL1（3%，6/229）和KMT2A重排（3%，6/229）。研究重点分析了一个涉及染色体2和12的复杂重排病例（T-ALL 03），该重排产生了PRKCE::ETV6和ETV6::INO80D两个融合基因。

涉及染色体2和12的复杂重排导致两个基因融合产物

该复杂重排的断点位于chr2:45,959,697、chr12:11,875,897、chr12:11,875,775和chr2:206,006,023（hg38），产生了PRKCE::ETV6（7,233 bp）和ETV6::INO80D（13,276 bp）两个融合转录本。PRKCE::ETV6包含PRKCE的N端C2结构域和ETV6的C端ETS结构域，而ETV6::INO80D则保留了ETV6的SAM结构域。

具有复杂重排涉及染色体2和12的患者的临床表现

患者为4岁男孩，诊断为近ETP-ALL，流式细胞术显示原始细胞表达CD5、CD7、CD11b、CD34、HLADR、CD45和cyCD3。由于缺乏克隆性MRD标记，治疗反应仅通过细胞形态学监测。患者经历诱导失败并出现中枢神经系统（CNS）浸润，最终接受异基因造血干细胞移植（HSCT）。

PRKCE::ETV6诱导因子非依赖性细胞系生长

为评估融合基因的转化潜能，研究人员在Ba/F3前B细胞和D1 T细胞中异源表达PRKCE::ETV6和ETV6::INO80D。实验显示，表达PRKCE::ETV6的Ba/F3细胞在白细胞介素-3（IL-3）撤除后仍能持续增殖，而空载体对照和ETV6::INO80D组则不能。在D1 T细胞中，PRKCE::ETV6表达显著降低了白细胞介素-7（IL-7）撤除后的凋亡率。

研究结论表明，T-ALL具有高度异质性的突变景观，新发现的PRKCE::ETV6融合基因在近ETP-ALL中表现出致癌驱动突变特征。该融合蛋白包含PRKCE的C2结构域和ETV6的ETS结构域，可能通过异常的蛋白质相互作用导致ETV6靶基因的转录失调。重要的是，ETV6基因座的基因组断点为缺乏IG/TR重排的（近）ETP-ALL提供了潜在的可靠MRD标记。所有三个ETV6易位病例均显示近ETP免疫表型，支持了ETV6融合蛋白在未分化T-ALL发病机制中的相关性。这些发现强调了在T-ALL中继续探索罕见基因融合事件的重要性，不仅为了解疾病机制提供新见解，也为改善高风险亚群患者的MRD监测和治疗策略提供了新途径。