捕食螨染色体水平基因组揭示环境胁迫适应机制

《Pest Management Science》：Chromosome-level de novo genome assembly of the predatory mite Neoseiulus barkeri: insights into genes associated with adaptation to environmental stress

本研究针对捕食性螨类Neoseiulus barkeri环境适应机制不明的科学问题，通过染色体水平de novo基因组组装（235.75 Mb，contig N50=26.55 Mb）及Hi-C技术，注释15?176个蛋白编码基因，发现与解毒、免疫、氧化应激相关的快速进化基因家族（P450、ABC转运蛋白、丝氨酸蛋白酶抑制剂等），为植绥螨适应性进化研究提供关键基因组资源。

　　

背景：植绥螨Neoseiulus barkeri作为中国广泛应用的商业化天敌生物，展现出对逆境条件的显著适应能力，但由于基因组资源的缺乏，其潜在机制尚不明确。

结果：本研究完成了N. barkeri染色体水平de novo基因组组装，获得大小为235.75 Mb的基因组，contig N50达26.55 Mb。通过高通量染色体构象捕获（Hi-C）技术将99.88%的碱基锚定至4条染色体。BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs）和CEG（Core Eukaryotic Genes）评估表明基因组完整性较高。重复序列占基因组22.30%，共注释15?176个蛋白编码基因。比较基因组学分析揭示了N. barkeri中与解毒、免疫及氧化应激相关的快速进化直系同源群。此外，研究重点解析了与环境胁迫适应相关的基因家族：细胞色素P450单加氧酶（P450）、ATP结合盒转运蛋白（ABC transporter）、丝氨酸蛋白酶抑制剂（serine protease inhibitors）、Toll通路及谷胱甘肽合成酶（glutathione synthetase）。

结论：该成果为探究植绥螨适应性进化模式提供了重要基础。利益冲突声明：作者声明无利益冲突。