基于唾液样本的SARS-CoV-2纵向诊断准确性研究：巴西疫情期间的时间动态分析

《Scientific Reports》：Accuracy of saliva tests for SARS-CoV-2 diagnosis during the pandemic in Rio de Janeiro, Brazil

本研究针对唾液检测SARS-CoV-2诊断准确性时间动态证据不足的问题，开展了一项纵向研究，通过分析72名有症状个体在6个时间点的285对配对样本，发现唾液检测总体灵敏度为69.2%（早期感染达82%），特异度达96.6%，与鼻咽拭子（NPS）具有91.6%的一致性。研究证实唾液检测在资源有限环境下可作为NPS的补充诊断工具，特别适用于排除性检测。

　　

在COVID-19大流行背景下，分子诊断成为疫情防控的关键手段。目前，鼻咽拭子（Nasopharyngeal Swab, NPS）被认为是SARS-CoV-2检测的金标准，但其采集过程存在诸多局限性：需要专业医护人员操作、成本较高、存在交叉感染风险，且患者舒适度较差。特别是在资源有限的环境中，这些限制更加突出。因此，寻找一种非侵入性、可靠且易于实施的替代样本类型变得尤为重要。

唾液作为一种诊断样本，具有非侵入性、易于自采、成本低等优势，已被用于多种病毒感染的检测，如登革热、寨卡病毒、流感等。前期研究显示，唾液在SARS-CoV-2检测中表现出与NPS相当的潜力，但其诊断准确性是否存在时间动态变化，以及在真实世界条件下尤其是疫苗接种普及和病毒变异株流行的背景下其性能如何，尚缺乏系统评估。

为了解决这些知识空白，研究人员在巴西里约热内卢开展了一项纵向研究，旨在全面评估唾液样本在SARS-CoV-2诊断中的准确性，并与NPS进行对比。该研究特别关注诊断准确性随时间的变化、不一致结果的特性以及参与者特征对检测结果的影响。研究成果发表在《Scientific Reports》上。

研究采用的主要关键技术方法包括：1）纵向队列设计，对72名有症状个体在6个预设时间点（第0、7、14、21天及3个月、6个月）进行重复采样，共获得285对配对样本；2）标准化样本采集流程，同时采集唾液和NPS样本；3）使用RT-qPCR（Reverse Transcription Quantitative Polymerase Chain Reaction，逆转录定量聚合酶链反应）进行病毒RNA（Ribonucleic Acid，核糖核酸）检测，采用SARS-CoV-2 EDx检测试剂盒，靶向病毒E基因，并以人类RNase P基因作为内参；4）全面的统计分析方法，包括诊断准确性指标（灵敏度、特异度等）计算、Cohen's kappa系数评估一致性、Bland-Altman分析比较Ct（Cycle Threshold，循环阈值）值、以及多变量逻辑回归分析影响因素。

研究结果

参与者特征和样本采集

研究期间共招募72名疑似COVID-19个体，采集了285对NPS和唾液样本。参与者性别分布均衡（54.16%女性），中位年龄44.29岁，52.77%已接种至少一剂COVID-19疫苗。 circulating SARS-CoV-2变异株包括Gamma (P.1)、Delta和Omicron。

样本类型间的总体诊断一致性

在所有观察中，唾液与NPS RT-qPCR结果的整体一致性为91.6%（95% CI: 86.4-95.2%），Kappa系数为0.78（95% CI: 0.70-0.86; P<0.001），表明两种样本类型之间存在高度一致性。不同时间点的一致性均保持在较高水平（87.5%-96.0%）。

唾液样本的诊断性能

以NPS为参考标准，唾液RT-qPCR的总体灵敏度为69.2%（95% CI: 57.2-79.5%），特异度为96.6%（95% CI: 92.9-98.7%）。阳性预测值（PPV）和阴性预测值（NPV）分别为81.8%和93.4%。

唾液检测的灵敏度随访次呈现显著变化，在首次访视（早期感染）时灵敏度最高（82%），而在第3次访视（感染中期）时降至最低（40%）。

检测动态

研究发现有8.4%的不一致结果，其中1.7%为唾液检测阳性而NPS阴性（可能反映了唾液在感染后期检测病毒的优势），5.2%为NPS阳性而唾液阴性。

Ct值比较和病毒载量动态

Bland-Altman分析显示，唾液样本的平均CtE值（28.75）高于NPS样本（26.75），平均差异为0.79个循环，意味着NPS中的病毒载量平均约为唾液的4倍（VLR=4）。

这种差异在不同感染阶段有所变化，提示病毒在鼻咽部和口腔的分布存在时间动态。

诊断一致性相关因素分析

多变量分析未发现参与者特征（如合并症、症状、性别、年龄）或Ct值与唾液和NPS诊断结果的一致性存在显著关联。

研究结论与意义

本研究通过纵向设计揭示了唾液检测SARS-CoV-2诊断性能的时间动态变化。其主要结论是：唾液检测在COVID-19诊断中表现出高特异性（96.6%）和与NPS的高度一致性（91.6%），但其灵敏度（69.2%）存在时间依赖性，在感染早期（症状出现后2-9天）最高（82%），在感染中期（症状出现后9-23天）显著降低至40%。这表明唾液检测并非在所有感染阶段都同样可靠。

研究的核心意义在于提供了唾液检测在真实世界条件下，特别是在疫苗接种背景和病毒变异株流行时期的详细性能数据。它证实了唾液作为一种非侵入性诊断工具的可行性，尤其适用于资源有限的环境、大规模筛查以及需要重复检测的场景。研究还发现唾液在感染后期能够检测到部分NPS已转阴的病例，提示其可能作为NPS的补充工具用于监测病毒持续存在情况。

基于这些发现，研究人员提出了一个时间敏感性的检测算法：在感染早期优先使用唾液检测；在感染中期（灵敏度低谷期）则建议以NPS为主或对阴性唾液结果进行NPS确认；在恢复期可考虑联合检测以捕捉可能的晚期阳性。

总之，这项研究为唾液检测的临床应用提供了重要的循证依据，强调了在实施唾液检测策略时考虑感染时间动态的重要性，并为优化全球COVID-19诊断策略，特别是在资源有限环境下，提供了关键见解。