通过基因组学和蛋白质组学方法鉴定和验证五种蓝细菌中由SmORF编码的肽

《Journal of Proteome Research》：Identification and Validation of SmORF-Encoded Peptides by Genomics and Proteomics in Five Cyanobacteria

小开放阅读框编码肽段（SEPs）在蓝细菌中具有光合作用、代谢及应激调节功能，通过基因组学与蛋白质组学整合分析鉴定了817个新SEPs和103个验证SEPs，发现其氨基酸特征与进化保守性类似 canonical 蛋白，并参与铁稳态调控及硫转移等过程。

　　

小开放阅读框（smORFs）及其编码的肽（SEPs）现在被视为与经典基因和蛋白质同样重要的组成部分。在蓝细菌中，SEPs最初被认为与光合作用有关，后来发现它们还参与调节新陈代谢和应激反应。然而，在模式蓝细菌中，SEPs尚未被全面鉴定。在这里，我们利用基因组学和蛋白质组学方法在五种蓝细菌中鉴定并验证了SEPs的存在。我们将数据库中的已知SEPs与基于基因组的预测结果相结合，构建了一个完整的数据集。总体而言，SEPs在氨基酸频率和密码子偏好方面与经典蛋白质具有相似特征，并且也表现出进化特性，如物种内的同源基因以及跨物种的保守性。研究发现，大多数SEPs与光合作用、核糖体蛋白和原核生物防御系统相关。通过SEP富集技术，我们发现了817个此前未被记录的SEPs，以及103个新的SEPs（通过LC-MS/MS技术鉴定），这些SEPs被证实是蓝细菌中II型TA系统的组成部分。保守的SEP BolA可能与Grx4相互作用，从而调节铁的稳态。我们还发现了具有潜在功能的多个SEP，例如参与硫转移和蛋白质转运。总之，我们的研究揭示了SEPs的存在，并探讨了它们在蓝细菌中的生物学作用。