非脊椎动物脊索动物中同种异体识别受体的非凡多样性揭示先天等位基因歧视原理

《Proceedings of the National Academy of Sciences》：Exceptional diversity of allorecognition receptors in a nonvertebrate chordate reveals principles of innate allelic discrimination

本研究发现海鞘(Botryllus schlosseri)通过Fester家族(FF)和Fester共受体(FcoR)组成的多基因家族系统，利用ITAM/ITIM信号通路实现了对上千种组织相容性等位基因的精准识别，为理解先天免疫系统中等位基因歧视机制提供了重要见解。

　　

Significance

多态性自我/非我识别系统在整个后生动物界广泛存在，其 discriminatory capabilities reminiscent of vertebrate adaptive immunity。然而，各门类间同种异体识别基因缺乏保守性，且无脊椎动物的同种异体识别依赖于 germline encoded receptors，因此等位基因歧视的机制一直未知。海鞘(Botryllus)作为无脊椎动物脊索动物，其同种异体识别系统能够区分多达上千种组织相容性等位基因。本研究 characterization the Botryllus allorecognition receptors，揭示了前所未有的多样性和可进化性，以及与经典ITAM/ITIM信号转导和处理途径的遗传连锁。这些结果为理解Botryllus中等位基因歧视机制提供了 critical insight，并能解释后生动物中同种异体识别受体快速 birth and turnover 的现象。

Abstract

高度多态性的同种异体识别系统已在众多无脊椎物种中得到 characterization，并展现出 reminiscent of vertebrate adaptive immunity 的 discriminatory capabilities。由于这些系统 utilize germline encoded receptors，等位基因歧视的 underlying mechanisms 未知。无脊椎动物脊索动物Botryllus schlosseri经历一种自然移植反应，由高度多态性、多基因的fuhc locus控制，该位点在全球范围内发现超过1,000种等位基因单倍型。两个个体如果共享一个或两个fuhc等位基因则相容，我们先前发现 polymorphic discrimination 是由于整合了来自fuhc位点内编码的两个同种异体识别受体fester和uncle fester的信号。本研究显示这两个受体是一个 extended family 的成员，该家族现称为Fester家族(FF)，包含超过35个基因，并与另一个多样化基因家族Fester共受体(FcoR)的成员共表达。FF和FcoR均为免疫球蛋白超家族成员，每个FcoR编码保守的酪氨酸信号转导基序，包括ITIMs或hemITAMs。FF和FcoR在两个多态性单倍型中作为cognate pairs表达和编码：一个在fuhc位点内，另一个在单独的染色体上。值得注意的是，单倍型间的拷贝数变异是基因对的变异。此外，两个FcoR基因可通过alternative splicing交换ITIMs和hemITAMs，表明激活和抑制信号的动态调节是等位基因歧视所必需的。这些结果表明，保守的信号处理机制是Botryllus中等位基因歧视的基础，也是从无脊椎动物到哺乳动物中观察到的同种异体识别受体 recurring convergent evolution 的基础。

Introduction

同种异体识别存在于整个后生动物界的物种中，是多种过程的基础，包括配偶选择、空间竞争调解和免疫功能。自我/非我识别能力源于多态性配体的存在，以及具有区分等位基因能力的效应系统。这反过来又要求配体遗传多态性的产生和维持，同时保持受体在面临这种持续多样化时维持特异性。然而，尽管同种异体识别普遍存在且维持特异性需要复杂的相互作用，但候选配体或受体缺乏保守性。例如，在三个经过深入研究的无脊椎动物同种异体识别模型（多孔动物Amphimedon queenslandica、刺胞动物Hydractinia symbiolongicarpus和被囊动物Botryllus schlosseri）中，候选基因以 punctuated manner 出现，在家族分支外未发现明显的同源物。但是，允许独特而复杂的识别系统快速和反复进化的机制完全是个谜。

同种异体识别研究导致了哺乳动物适应性和先天免疫系统中配体和受体的发现，并提供了多态性歧视系统 convergent evolution 的进一步例子。两者识别相同的配体——一个高度多态性的MHC分子与短肽结合(pMHC)。然而，它们依赖不同的受体和识别机制来区分pMHC多态性。适应性免疫中的歧视由T细胞执行，源于T细胞受体(TCR)与自身/非自身pMHC复合物的差异结合。这种歧视能力基于TCR/pMHC界面处的结构化学特性，是每个TCR在胸腺中通过正向和负向选择获得的特性。相比之下，先天同种异体识别由自然杀伤(NK)细胞介导，NK细胞使用 germline encoded inhibitory receptors 结合多个MHC I类等位基因上发现的 oligomorphic epitopes。这使得NK细胞能够确定细胞表面MHC分子的存在或缺失，这种策略称为 missing-self recognition。在T细胞和NK细胞中，结果取决于由激活或抑制免疫功能受体产生的信号的整合。

先天和适应性受体利用相同的信号通路：TCR和NK激活受体使用ITAM通路，而两种细胞中的抑制受体使用ITIM通路。歧视是由于配体结合后触发的激酶、磷酸酶和衔接分子之间的相互作用。最后，在发育过程中，T细胞和NK细胞都经历一个自主教育过程，该过程量化表达受体的结合潜力，并设置一个激活阈值，使细胞具有自我耐受性和功能性。

与无脊椎动物类似， convergent evolution 是脊椎动物同种异体识别的默认状态。例如，T细胞识别作为一个功能单元出现在最早的颌类脊椎动物中。然而，在无颌鱼类、非脊椎动物脊索动物或无脊椎动物中未发现MHC、TCR的同源物或基于RAG的体细胞重组的证据。NK受体进化得更快：啮齿动物使用C型凝集素Ly49基因，灵长类动物使用杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIRs)，而这些基因的直系同源物在哺乳动物之外并未发现。然而，尽管没有进化关系，所有脊椎动物先天同种异体识别受体，以及非脊椎动物候选同种异体识别基因，共享相似的基因组组织：它们属于在多态性单倍型中编码的多基因家族。此外，在脊椎动物、Hydractinia和Botryllus中，许多这些基因编码ITAM或ITIM信号基序，将它们划分为激活和抑制功能。总之，在7亿多年前分化的物种中，多个无关的同种异体识别蛋白家族共享相似的基因组组织，并可能使用相同的信号通路。这反过来表明，整合和处理细胞表面结合事件信息的机制是保守的，提供了一个稳定的框架，允许免疫基因家族的快速进化。

Botryllus schlosseri是一种被囊动物，是脊椎动物的姐妹群，为研究多态性歧视的细胞和分子机制以及脊椎动物免疫的进化提供了强大的模型。当两个个体生长接近时，Botryllus会经历自然移植反应。血管的末端突起，称为壶腹(ampullae)，发生接触。如果两个个体相容，壶腹将融合(fusion)，形成联合体(parabiosis)。如果它们不相容，血管将排斥(rejection)，这是一种炎症反应，阻止血管融合。融合或排斥由单个高度多态性位点fuhc控制，歧视通过 missing-self recognition 发生。具体来说，如果两个个体共享一个或两个fuhc等位基因则相容，但如果不共享任何等位基因则不相容。结果仅限于接触的壶腹。例如，一个群体可以在一侧融合，在另一侧排斥，并且一个fuhc杂合子的每个壶腹可以识别两个自身fuhc等位基因。

Botryllus种群有200到500个fuhc等位基因，全球范围内多达上千个。fuhc是共显性表达的，大多数个体是杂合子；因此，效应系统可以从数百个竞争的非自身等位基因中精确识别两个自身等位基因。然而，允许先天识别系统执行这种水平歧视的机制尚不清楚。先前的研究提供了一些见解：fuhc位点跨度约800 Kb，由两个不同区域组成。一侧是四个多态性基因(bhf, fuhc-sec, fuhc-tm和hsp40l)，位于一个保守的110 Kb连锁群中，称为fuhc-L，其中一个或多个编码fuhc配体。另一侧编码一个动态的、多态性的受体复合物。我们最初在这个复合物中发现了两个基因：fester，它是高度多态性、旁系同源的，并且是融合所必需的；以及uncle fester，它是单态的，是排斥所必需的。我们发现每个基因控制一个独立的通路：uncle fester激活排斥反应，而fester控制融合反应。来自两个通路的信号被整合，结果决定壶腹是融合还是排斥。虽然 missing-self recognition 和信号整合类似于NK细胞反应性，但两种蛋白质均未编码已知的信号结构域，并且不清楚其他受体是否对特异性有贡献。

Results

fester和Uncle Fester是一个大基因家族的成员

fester和uncle fester共享相似的结构域结构；它们是I型跨膜蛋白，具有细胞外Ig和Sushi结构域，随后是3个跨膜结构域和一个短的细胞内尾部。总体而言，两个基因的 pairwise identity 为55%，但这种相似性在蛋白质中分布不均。细胞外结构域具有较低的氨基酸同一性(37%)，而蛋白质的COOH半部分（三个跨膜结构域和细胞质区域）具有较高的氨基酸同一性(91%)。在分析一个相关海鞘(Botrylloides diegensis)的fuhc位点时，我们发现了多个低相似性（约20%氨基酸同一性）的FF同源物，具有完全相同的二级结构。这些FF同源物在B. diegensis基因组的同线区域编码，靠近fuhc-L。这一发现使我们怀疑在先前的研究中是否遗漏了其他低相似性的FF位点，因此我们在26个来自野生型和实验室饲养个体的批量转录组以及四个B. schlosseri基因组数据库中搜索同源物。虽然fester和uncle fester在许多个体中表达，但每个个体平均还表达8个其他低相似性的FF同源物，具有等效的结构域结构。总共，我们鉴定了43个独特序列：26个由多个(n > 5)个体表达，而其余17个仅在一或两个个体中鉴定到，其中六个是仅编码胞外域的 partial sequences。 pairwise identity 分析显示这些序列的同一性范围从20%到92%，平均为32%。相比之下，人类KIR位点的平均 pairwise identity 为78%。这表明大多数这43个序列是独立的位点，而密切相关的序列可能是同一基因位点的等位基因。总之，fester和uncle fester是一个大的、多样化的多基因家族的一部分。我们称这些序列为fester家族(FF)，fester和uncle fester基因已分别重命名为FF1和FF3。

FF家族的多态性和多样性

我们先前发现FF1是高度多态性的，在美国的种群中鉴定出超过60个该基因的等位基因，其中23个也在本研究中发现。FF1也是旁系同源的，因为我们发现了两个单倍型，一个编码单个FF1位点，另一个编码两个。为了估计43个新FF序列中独特位点的数量，我们使用先前表征的FF1等位基因的蛋白质和核苷酸 pairwise identity 范围作为阈值。两个最多样化的FF1等位基因在氨基酸水平上有78%的同一性，在核苷酸水平上有88%的同一性，因此任何43个新序列中 pairwise identity 高于这些值（在整个比对中）的被分类为等位基因，低于这些值的被分类为独特位点。这表明只有四个新位点有多个等位基因并且是寡态性的。FF12和FF22各有2个等位基因，FF28有3个等位基因，FF13有4个等位基因。相比之下，我们在相同的数据库中鉴定出23个FF1等位基因。在合并43个新鉴定序列的等位基因后，我们将36个这些序列分类为新的FF基因。排除四个寡态性基因，22个新位点显然是单态的，因为在>5个个体中鉴定到相同的核苷酸序列。然而，对于十个新位点，我们无法估计多态性，因为它们仅在一或两个个体中表达。

总之，在对26个转录组和4个基因组数据库的调查中，我们发现了uncle fester（现为FF3）、fester（现为FF1）的多个等位基因，并且还鉴定出36个新的FF位点。迄今为止，FF基因家族包括38个成员：一个多态性基因(FF1)，四个寡态性基因(FF12, FF13, FF22和FF28)，23个单态性基因（包括FF3），以及十个过于罕见而无法表征的基因。然而，由于我们的位点/阈值度量是一个估计值，并且多个基因仅在一或两个个体中发现，我们的结果只是对FF家族整体多样性以及多态性位点数量的近似估计。尽管如此，36个新位点中有22个似乎是单态的。

系统发育分析显示，FF蛋白质被分为大约七个得到良好支持的进化枝（bootstrap >96%, posterior probability >88%）。此外，FF基因有两个主要进化枝，与它们的基因组位置（染色体5和11）相关。此外，每个个体表达几乎独特的FF基因 repertoire，平均每个个体表达10个FF基因，范围从7到13个。

FF蛋白质编码一个NH2-末端Ig样结构域

FF蛋白质在细胞外和细胞内区域的平均蛋白质同一性分别为36%和41%。我们接下来使用AlphaFold比较了所有FF蛋白质的预测结构。我们证实了所有FF蛋白质细胞外区域中存在一个Sushi结构域，但新的结构预测技术还检测到一个免疫球蛋白结构域。我们发现38个FF基因中有34个编码的Ig样结构域与免疫球蛋白超家族成员显示出显著匹配（e-value范围3.48E-01到4.59E-06）。此外，所有FF蛋白质Ig样结构域的结构比对显示两个β-片的保守性（平均TM-score 0.59）。我们进一步用icn3d软件表征了Ig样结构域的β-片，发现38个FF基因中有15个具有V型Ig样结构域。例如，FF2的Ig样结构域包含九个β-链，包括存在C'' β-链，这是在V型Ig结构域中观察到的特征。支持这一分类，FF2 Ig样结构域与抗体Ig结构域在icn3d软件中的重叠显示出高分（PDB: 5ESV; TM-score 0.62）。这些分析表明，尽管平均蛋白质相似性低，但FF蛋白质共享等效的结构域结构：一个由N末端Ig样结构域组成的胞外域，与脊椎动物V型Ig结构域高度相似，随后是一个Sushi结构域，以及三个跨膜结构域。

如上所述，FF1是迄今为止鉴定的唯一高度多态性的FF基因，在美国鉴定出60个等位基因。我们将FF1等位基因的可变位置映射到该蛋白质的AlphaFold模型上，发现116个可变位置中有52个(44.8%)集中在该蛋白质的Ig样结构域，表明该区域参与配体结合。

FF基因胞外和胞内区域的替代剪接

已知FF基因（fester和uncle fester）的一个共同特征是Sushi结构域和TM结构域之间的两个胞外外显子的替代剪接，使NH2-末端Ig和Sushi区域相对于质膜移动。利用转录组数据，我们发现38个基因中有26个在胞外区域剪接掉1、2或3个外显子。例如，FF7基因在Sushi和TM结构域之间有3个外显子，鉴定出八种可能组合中的七种。基于转录组数据，我们还在38个基因中的12个中检测到在胞内区域剪接掉1或2个外显子，或2个内含子。这些COOH末端剪接变体产生新的终止密码子，改变了细胞质尾部的结构。我们还量化了具有完整基因组序列的FF基因（FF1, FF3, FF12, FF13, FF22, FF26）在不同Botryllus个体中替代剪接变体的表达。我们发现不同替代剪接变体的表达具有基因型特异性，正如我们之前对FF1观察到的那样。

FF基因通过基因间重组多样化

FF1 (fester) 和 FF3 (uncle fester) 在C端区域共享高氨基酸序列同一性(91%)，但在胞外区域蛋白质同一性低(37%)。为了表征这些区域的进化，我们独立分析了全长FF蛋白质的胞外和胞内（跨膜和细胞质）区域。胞内区域的系统发育分析确定了五个得到良好支持的进化枝（bootstrap >95%, posterior probability 100%）。然而，当独立分析胞外区域时，共享胞内区域的FF蛋白质的大部分胞外域分裂到不同的进化枝中，这表明FF基因通过基因间重组多样化，混合和匹配胞外域和胞内域。有一个例外，因为一个FF基因进化枝没有与其他进化枝发生基因间重组（橙色部分）。如下所述，这是由于存在两个独立的FF基因簇，每个位于不同的染色体上（chr 5和11），将重组限制在每个簇内的基因。此外，我们分析了FF蛋白质的跨膜结构域和细胞质区域。未鉴定到保守基序。

FcoR基因家族的鉴定

我们搜索新FF基因时还鉴定了另一组保守序列，最初也是在B. diegensis fuhc位点中发现的。这些序列编码一个I型跨膜蛋白，其胞外区域由一个信号序列、N末端Ig结构域、Sushi结构域和另外两个Ig结构域组成，随后是一个单跨膜结构域和一个长度不等的细胞内尾部。我们在发现FF基因的相同转录组数据库中鉴定了87个独特序列。如下所述，其中20个序列是单个位点的等位基因，剩下68个独特序列。在这68个序列中，45个包含跨膜结构域，而23个是部分胞外域序列，没有预测的跨膜结构域和终止密码子。此外，每个全长序列还在细胞质尾部编码典型的ITIMs、hemITAMs或其他两个酪氨酸基序。如下所述，这些新蛋白质的多个遗传和基因组特征表明它们与FF蛋白质相互作用并触发信号通路，我们暂时将它们命名为FcoRs。

FcoR序列的特征与新的FF位点相似。这些序列也高度多样化，平均 pairwise amino acid identity 为32%，范围从20%到98%。与FF家族类似，其中一个位点(FcoR7)是高度多态性的，我们鉴定了20个等位基因，大部分多样性集中在胞外域。由于这是唯一鉴定的高度多态性FcoR基因，具有与FF1几乎相同的特征，我们使用上述相同的相似性值来估计其余67个独特序列中潜在位点与等位基因的数量。与FF家族类似，我们还发现了七个相关序列组，它们是寡态性的，每个位点有2-5个等位基因（位点指定为FcoR2, 3, 4, 9, 14, 19和27）。因此，使用这些 cutoff values，预测68个FcoR序列中有56个是独特基因。其中38个包含TM结构域，18个是部分序列。剩下的56个序列中有30个仅在一或两个个体中鉴定到。总之，FcoR家族包括56个位点：一个是高度多态性的(FcoR7)，七个是寡态性的(FcoR2, 3, 4, 9, 14, 19和27)，并且存在多个单态性位点，与FF家族有相同的注意事项。我们可能低估了FcoR家族的多样性和多态性，但许多新鉴定的位点似乎是单态的。

与FF家族类似，每个个体表达几乎独特的FcoR基因 repertoire，平均每个个体表达14个FcoR基因，范围从4到28个基因表达/个体。因此，两个基因家族有多个相同的特征。

FcoR蛋白质结构包含Ig样和Sushi结构域

使用AlphaFold对FcoR蛋白质进行结构预测，揭示了胞外区域有四个具有高分(pLDDT >80%)的结构域，以及一个跨膜结构域。使用Foldseek软件将这些结构域与PDB数据库中的结构进行比较，鉴定出第一个（e-values 0.503 to 2.65e-05）、第三个（e-values 7.82 to 1.16E-03）和第四个（e-values 1.76 to 1.52E-04）结构域为Ig样结构域，而第二个结构域是Sushi结构域（e-values 1.03 to 3.60E-02）。使用Foldseek软件将每个结构域与其在PDB数据库中的对应物进行结构比对显示出高度相似性。第一个Ig结构域与抗体Ig结构域结构比对（TM-score 0.59），而Sushi结构域与CD46受体比对（TM-score 0.55），第二个Ig样结构域与CD22受体的C2型结构域比对（TM-score 0.59），第三个Ig样结构域与果蝇DIP蛋白质的Ig结构域比对（TM-score 0.66）。此外，我们对26个全长FcoR蛋白质的第一个Ig样结构域进行了比对，发现该结构域共享平均TM-score为0.62。我们接下来用icn3d软件分析了那些Ig样结构域的结构，发现在26个FcoR蛋白质中的7个中，第一个Ig样结构域被分类为具有九个β-链的V型，包括一个C'' β-链。相比之下，第二个和第三个Ig样结构域比第一个Ig样结构域显示出更少的β-链，并且缺乏C'' β-链，表明这些Ig样结构域不是V型。例如，FcoR23蛋白质的第二个Ig样结构域缺乏D β-链，表明它是一个C2型结构域，而FcoR1蛋白质的第三个Ig样结构域包含A到G β-链。因此，这些结果表明FcoR蛋白质在胞外区域包含三个Ig样结构域和一个Sushi结构域，并且一些第一个Ig样结构域被分类为V型。

FcoR基因的基因间重组和替代剪接

系统发育分析显示，独特的FcoR序列比FF基因进化枝分组到更多数量的进化枝中。为了分析FcoR基因是否像FF基因那样多样化胞外和胞内区域，对43个包含TM结构域的FcoR蛋白质的胞外结构域和TM/胞内区域进行了独立分析。我们发现FcoR基因的TM/胞内区域比FF基因具有更多数量的进化枝（八个进化枝，bootstrap >78%, posterior probability >80%）（FF基因有五个进化枝，bootstrap >95%, posterior probability 100%）。如下所述，FcoR基因在三个不同的染色体上编码在单倍型中，解释了这种更高的多样性。此外，我们观察到FcoR7、FcoR33和FcoR34在胞外和胞内树中被分组到不同的进化枝中，这表明这些基因通过基因间重组多样化。然而，我们的结果表明FcoR基因中的重组事件少于FF基因。

我们还在FcoR基因的胞外和胞内区域发现了替代剪接。最常见的剪接变体包括第三个Ig样结构域和跨膜结构域之间的缺失（例如，FcoR33外显子8中的一个小缺失），产生一个更短的胞外域变体，但对预测的TM区域没有影响。也鉴定到不太常见的剪接变体，包括一个删除编码跨膜结构域外显子片段的变体（FcoR3；蓝色三角形），以及细胞质尾部中的几个剪接变体（内含子保留）（FcoR3和FcoR4；下文讨论）。然而，与FF基因相比，FcoR基因的替代剪接是最小的，我们也没有检测到任何基因型特异性模式。

由于FF和FcoR蛋白质在胞外区域共享Ig样和Sushi结构域，我们对这两个结构域进行了系统发育分析，以确定这些基因是否可能彼此重组。我们发现FF蛋白质在一个进化枝中分组（bootstrap 76%, posterior probability 78%），而FcoR蛋白质在多个进化枝中分组。然而，一个FcoR蛋白质进化枝（FcoR7, FcoR10, FcoR33和FcoR39; bootstrap 68%, posterior probability 78%）嵌套在FF蛋白质的进化枝内。这表明虽然大多数FF和FcoR基因彼此不重组，但一小部分子集是可能的。

FcoR在细胞内尾部编码典型ITIMs、hemITAMs和其他酪氨酸基序

每个具有跨膜结构域且细胞质尾部长于60 aa的FcoR蛋白质序列编码两个或多个酪氨酸基序。三个基因(FcoR3, 4, 7)编码一个典型的免疫受体酪氨酸-based抑制基序(ITIM: I/L/VxYxxI/L/V)，一个基因(FcoR4)编码一个典型的半免疫受体酪氨酸-based激活基序(hemITAM: [E/D][E/D][E/D]xYxxL)，一个(FcoR3)有一个hemITAM-like基序，在第一个酸性残基处有一个替换。鉴定出两个额外的酪氨酸基序，我们称之为core-1 (YxxI/L/V)和core-2 ([A/D]VYxxV)，并且除一个例外外，在每个蛋白质上都发现了一个core-1或core-2基序。有趣的是，core-2基序仅成对发现，两个基序总是相隔29-33个残基，并在蛋白质的C末端编码。相比之下，core-1基序以各种排列方式发现（每个基因1-4个），没有明显的空间模式，并且大多数具有ITIM或hemITAM的基因也至少有一个core-1基序。

虽然core基序的功能未知，但大多数排列类似于ITAMs、hemITAMs、ITIMs、ITSM和ITT-like中靶酪氨酸周围的序列，以及LAT上的几个ZAP-70底物。这些基序也在硬骨鱼的先天免疫受体(NILTs)中发现。此外，几个FcoR细胞内区域还编码预测的SH2 (Src Homology 2)基序，大多数基因具有基序组合，并且SH2结构域通常在共识序列内包含一个core-1基序。在任何FF基因上未发现酪氨酸基序，也未在任何FcoR基因上发现其他信号基序，例如在DAP10上发现的ITT结构域(YxNM)。

两个寡态性基因(FcoR3和FcoR4)编码在细胞质尾部不同的等位基因，并以几乎相同的模式交换ITIM和hemITAM基序。对于FcoR4，其中一个等位基因(FcoR4B)编码一个典型的ITIM基序(LAYAIV)和一个hemITAM-like基序(PDDVYAIL)，而另一个等位基因(FcoR4A)在ITIM基序上有一个替换(FAYAIV)，并编码一个典型的hemITAM (EDDVYAIL)。我们还发现了FcoR4A的一个替代剪接，它保留了内含子12并产生一个 premature stop codon。这个剪接变体编码另一个ITIM基序(VIYMTI)并排除了编码hemITAM基序的外显子。FcoR3有一个类似的等位基因模式，但替代剪接更广泛。FcoR3B等位基因编码一个典型的ITIM (VAYAIV)，而FcoR3A等位基因编码一个ITIM-like序列(FAYAIV)，两个等位基因都包含一个hemITAM-like基序(ADDVYAIL)。还检测到每个等位基因的两个替代剪接(AS)变体，它们保留了内含子10 (FcoR3B-AS2)或14 (FcoR3A/B-AS1)并产生 premature stop codons，分别删除了core基序或hemITAM-like区域。总之，两个寡态性FcoR受体可以通过等位基因多态性和替代剪接